JMP Pro の火山プロットパラメータJMP Clinical または Genomic がないため、JMP Pro を使用してこの記事に従って火山プロットを作成しています。
JMP で火山プロットを構築する方法!
ほとんどの火山プロットの差は、X 軸を倍率変化または log2 (倍率変化) として参照します。 記事内の用語では「差異」を使用します。 また、差分のみを使用することも示されています。相対的な実際的な違い。
ウィキの記事では、フォールドチェンジ、への参照もあります。相対的な変化。
JMP の文脈では、これらすべての用語は倍率変化または log2 (倍率変化) にどのように関連しますか?
高度な統計モデリング品質およびプロセスエンジニアリングRe: JMP Pro の Volcano Plot パラメータ@mjmg X 軸のゴールポストのこれらのしきい値ラインを「境界線」と呼ぶ人もいますが、それは誤った呼び名だと思います。 投稿の外側にあるもの (右または左) が必要ですが、それが何であるべきかは分析またはデータ次第です。遺伝子発現では、1.5 ～ 2 倍の変化が使用されます。 実際には、それは実際的なもの、または意味のあるものです。 私は経験から、一部の遺伝子は発現を 1.2 倍変化させるだけで、細胞の活動 (通常は代謝経路または環境シグナル伝達経路の変化) に影響を与えることを知っています。
y 軸のしきい値についても同じことが当てはまります。 多くの文献では p 値のカットオフ 0.05 が使用されていますが、そのカットオフには実際の意味はありません。 それは任意です。実験のリスクやニーズに応じて選択します。 遺伝子をスクリーニングしている場合は、おそらく Y 軸のしきい値をより緩やかにして (0.1 で十分だと言う人もいます)、X 軸で 1.5 倍の変化を確認します。 そうすれば、研究しているシステムに影響を与える可能性のあるものを見逃す可能性が低くなります。次に、解釈を助けるためにその大規模なセットによって影響を受けるネットワークと経路を調べ、観察をよりよく理解して確認するために追跡実験を行う遺伝子のリストを絞り込みます。 おそらくその実験を拡張して、私のシステムに影響を与える可能性のあるより多くの要因をテストするかもしれません。
Re: JMP Pro の Volcano Plot パラメータ良い説明をありがとう。 いくつかの論文では、y 軸のしきい値または有効数字のみが使用されているのを見てきました。 差分用語を使用した JMP の場合、X 軸上の適切なしきい値は何でしょうか?Re: JMP Pro の Volcano Plot パラメータ@mjmg
差 (または変化) という用語は、変化倍数または log2(変化倍数) と同等です。
倍率変化は一種の差 (一方の値と他方の値の比率を使用して他方の値を比較する) であると言えますが、倍率変化の範囲は通常、火山プロットには適していません (0 から無限大、値は 1)差がないことを表すため、0 から 1 のスケールは、1 から非常に大きな正の数に比べて圧縮されます)。 通常、log2 (または log10) を使用するのは、範囲が無限大から無限大に設定され、0 がグラフの中心点になるか、2 つの治療法または対照と治療法の間に差や変化がないことを表すためです。
あなたの状況では、データがすでに中心化され、スケーリングされ、正規化されている場合は、それを X 軸に配置するだけで十分だと思います。 プロットの右側に比べて左側のサイズが圧縮されているかどうかが問題となります。 分析的な問題というよりも、美的な問題です。 主な概念は、X 軸に 0 または中心点があり、対照と治療の間の差異/変化がないこと (または 1 倍の変化) を表すということです。 このため、人々は通常、データのログを取得します。 フィルタリングとプロットが容易になります。
どちら側のコントロールグループにするかについては、あなた次第です。 あなたの選択。ほとんどの人は、次のように対照をリストしています: 治療/対照、または log2 治療 - log 2 対照。このようにして、プロットの右側のデータは処理においてより大きく、左側のデータは制御においてより大きくなります。
Re: JMP Pro の Volcano Plot パラメータ@Chris_Kirchberg火山プロットをより主流にするためのいくつかの努力に感謝しますが、用語についてはまだ少し混乱しています。 あなたのチームが火山プロットの生成をより合理化するか、よりわかりやすく説明できるようになれば幸いです。
主に、JMP ボルケーノ プロットによって生成されたデータの方向 (ControlGroup-NotControlGroup か NotControlGroup-ControlGroup か、ControlGroup が左側にあるのか右側にあるのかなど) を見つけ、倍数の変更や差異を設定する必要があります。 x 軸のしきい値は、公開されている参考文献と比較できます (x1 または x2 変化倍数、または log2(変化倍数) = +/-1)。 チュートリアルでは、差分という用語が使用されている場合の説明があまり明確ではありません。また、それは倍数変化または log2(倍数変化) と同等ですか?
私のデータはlog2変換されていませんが、(参照に対して)正規化され、中心化され、自動スケールされたデータに取り組んでいます。 したがって、データがすでに正規化され、中心化され、自動スケーリングされている場合でも、データに log2 変換を適用し、前処理プロセスに log2 変換を含めて、Difference パラメーターが log2 Fold Change と直接等価になるようにする方がよいでしょうか。
Re: JMP Pro の Volcano Plot パラメータこんにちは@mjmg 、
コミュニティへようこそ！
変化倍数と Log2 (変化倍数) は両方とも、ゼロを中心とする負から正の範囲の差分尺度 (ブログ投稿の差分に相当) です。 したがって、火山プロットを作成するときは、それが X 軸上に表示されます。
ボルケーノ プロットは通常、ゲノム データ分析の視覚化に使用される統計プロットですが、より一般的に他のデータや業界に適用できる可能性があります。 私たちは、そのアプリケーションを一般化して、火山プロットを作成するためにそれらの差異を取得し、大規模なデータセットのログ (p 値) を取得するために、応答スクリーニングなどの JMP プラットフォームから開始したいと考えました。
倍率変化または log2(倍率変化) がない場合は、応答スクリーニング プラットフォームを使用してそれらを生成できます。 応答スクリーニングを使用する前に、データの log2 から開始します。 次に、比較平均を選択すると、それらは log2 (倍数変化) 値になります。
それは役に立ちますか？
結局のところ、フォールドの変化や p 値をどこから取得、生成するかは問題ではありません。 グラフビルダーを使用して JMP でプロットを作成できます。
