JMP Pro 中的火山图参数我们没有 JMP Clinical 或 Genomic，因此我们使用 JMP Pro 根据本文创建火山图：
如何在 JMP 中构建火山图！
大多数火山图差异将 x 轴称为倍数变化或 log2（倍数变化）。 文章中的术语使用差异。 它还表明仅使用差异而不是相对实际差异。
在维基百科文章中倍数变化，还有一个参考相对变化。
在 JMP 上下文中，所有这些术语与倍数变化或 log2（倍数变化）有何关系？
高级统计建模质量和工艺工程回复：JMP Pro 中的火山图参数@mjmg有些人称这些阈值线为 x 轴球门柱，但我认为这是用词不当。 你想要这些帖子之外的内容（右或左），它们应该是什么取决于分析或数据。在基因表达中，人们使用1.5到2倍的变化。 事实上，它是实用的或有意义的。 我从经验中知道，一些基因只需要表达 1.2 倍的变化就能对细胞的行为产生影响（通常是代谢途径或环境信号传导途径的变化）。
y 轴阈值也是如此。 许多文献使用 0.05 的 p 值截止值，但该截止值背后没有真正的含义。 这是任意的。我根据实验的风险和/或需要进行选择。 如果我正在筛选基因，我可能需要 y 轴上更宽松的阈值（有人说 0.1 就足够了），然后查看 x 轴上 1.5 倍的变化。 这样我就不太可能错过可能影响我正在研究的系统的东西。然后，我查看受该大组影响的网络和通路，以帮助解释并缩小我想要进行后续实验的基因列表的范围，以更好地理解和确认我的观察结果。 也许可以扩展该实验以测试更多可能影响我的系统的因素。
回复：JMP Pro 中的火山图参数感谢您的良好解释。 我见过一些论文仅使用 y 轴上的阈值或有效数字。 对于具有差异术语的 JMP，x 轴上的良好阈值是多少？回复：JMP Pro 中的火山图参数@mjmg
术语差异（或变化）相当于倍数变化或 log2（倍数变化）。
人们可以说倍数变化是一种差异（通过使用一个值与另一个值的比率来比较一个值），但倍数变化的范围通常不适合火山图（0 到无穷大，值为 1）表示没有差异，因此与 1 相比，0 到 1 的范围被压缩为非常大的正数）。 通常人们使用 log2（或 log10），因为它将范围置于无穷大到无穷大之间，其中 0 是图表上的中心点或表示两种治疗或对照与治疗之间没有差异或变化。
我认为在你的情况下，如果你已经有居中、缩放和标准化的数据，那么将其放在 x 轴上就足够了。 如果与图的右侧相比，左侧尺寸被压缩，则会出现问题。 更多的是一个美学问题，而不是一个分析问题。 主要概念是 x 轴上有一个 0 或中心点，表示对照和治疗之间没有差异/变化（或倍数变化为 1）。 这就是人们通常记录数据的原因。 更容易过滤和更容易绘制。
至于对照组应该是哪一边，那就由你决定了。 你的选择。大多数人都有这样列出的对照：治疗/对照或 log2 治疗 - log 2 对照。这样，图右侧的数据在治疗中更大，而左侧的数据在控制中更大。
回复：JMP Pro 中的火山图参数@克里斯_基希伯格感谢您为使火山图变得更加主流所做的一些努力，我仍然对术语有点困惑。 希望您的团队能够使火山图的生成更加简化或更好地解释。
主要是需要找到JMP火山图生成的数据的方向（是ControlGroup-NotControlGroup还是NotControlGroup-ControlGroup；ControlGroup是在左边还是在右边等等...），设置倍数变化或者差异x 轴中的阈值可与已发表的参考文献进行比较（x1 或 x2 倍数变化或 log2（倍数变化）= +/-1）。 当使用术语“差异”时，教程中的解释不是很清楚，它是否相当于“折叠变化”或“log2（折叠变化）？”。
我的数据没有经过 log2 转换，但我正在处理标准化（相对于参考）、居中和自动缩放的数据。 因此，最好对我的数据进行 log2 变换，即使它已经标准化、居中和自动缩放，并在预处理过程中包含 log2 变换，以便 Difference 参数直接相当于 log2 Fold Change？
回复：JMP Pro 中的火山图参数你好@mjmg ,
欢迎来到社区！
Fold Change 和 Log2（倍数变化）都是差异度量（因此相当于博客文章中的差异），范围从负到正，中心为零。 因此，当创建火山图时，该值将位于 x 轴上。
尽管火山图是通常用于基因组数据分析可视化的统计图，但它可以更普遍地应用于其他数据和行业。 我们想要推广其应用，并从 JMP 平台（例如响应筛选）开始，获取大量数据的差异和日志（p 值），以便绘制火山图。
如果您没有倍数变化或 log2（倍数变化），那么您可以使用响应筛选平台来生成它们。 在使用响应筛选之前，我会从数据的 log2 开始。 然后，当您选择比较平均值时，它们将是 log2（倍数变化）值。
这有帮助吗？
最终，从哪里获得并不重要。生成倍数变化或 p 值。 您可以使用图形生成器在 JMP 中绘制图形。
