Paramètres du tracé du volcan dans JMP ProNous n'avons pas JMP Clinical ou Genomic, nous utilisons donc JMP Pro pour créer un tracé de volcan selon cet article :
Comment créer un tracé de volcan dans JMP !
La plupart des différences entre les tracés des volcans se réfèrent à l'axe des x sous le nom de changement de pli ou log2 (changement de pli). La terminologie de l'article utilise Différence. Il indiquait également d'utiliser la différence uniquement, par opposition à Différence pratique relative.
Dans l'article wiki sur changement de pli , il y a aussi une référence à changement relatif .
Dans le contexte JMP, quel est le lien entre tous ces termes et le changement de pli ou log2 (changement de pli) ?
Modélisation statistique avancéeIngénierie Qualité et ProcédésRe : Paramètres du tracé du volcan dans JMP Pro@mjmg Certaines personnes appellent ces lignes de seuil les poteaux d'objectif de l'axe des X, mais je pense que c'est un terme abusif. Vous voulez ce qui se trouve en dehors de ces messages (à droite ou à gauche). Ce qu'ils devraient être dépend de l'analyse ou des données.Dans l’expression des gènes, les gens utilisent un changement de 1,5 à 2 fois. En réalité, c'est tout ce qui est pratique ou qui a un sens. Je sais par expérience que certains gènes n'ont besoin que d'un changement d'expression de 1,2 fois pour avoir un impact sur ce que font les cellules (généralement des changements dans les voies métaboliques ou les voies de signalisation environnementale).
Il en va de même pour le seuil de l’axe y. De nombreux ouvrages utilisent un seuil de valeur p de 0,05, mais ce seuil n’a aucune signification réelle. C'est arbitraire.Je choisis en fonction du risque et/ou de la nécessité de l'expérience. Si je teste des gènes, je veux probablement un seuil plus détendu sur l'axe des y (certains disent que 0,1 est suffisant), puis regarder un changement de 1,5 fois sur l'axe des x. De cette façon, je risque moins de rater quelque chose qui pourrait avoir un impact sur le système que j'étudie.J'examine ensuite les réseaux et les voies qui sont impactés par ce vaste ensemble pour aider à interpréter, puis à affiner la liste des gènes sur lesquels je souhaite effectuer une expérience de suivi pour mieux comprendre et confirmer mes observations. Peut-être étendre cette expérience pour tester davantage de facteurs susceptibles d'influencer mon système.
Re : Paramètres du tracé du volcan dans JMP ProMerci pour la bonne explication. J'ai vu certains articles utiliser uniquement le seuil sur l'axe des y ou des chiffres significatifs. Pour JMP avec la terminologie Différence, quels seraient les bons seuils sur l'axe des x ?Re : Paramètres du tracé du volcan dans JMP Pro@mjmg
Le terme différence (ou changement) est équivalent à Fold Change ou Log2 (fold Change).
On pourrait dire que le changement de pli est un type de différence (une valeur comparée à une autre en utilisant un rapport de l'une sur l'autre) mais la plage de changement de pli n'est généralement pas adaptée à un tracé de volcan (0 à l'infini avec la valeur de 1). ne représentant aucune différence, donc l'échelle de 0 à 1 est compressée par rapport à 1 à un très grand nombre positif). Habituellement, les gens utilisent log2 (ou log10) car cela place la plage entre l'infini et l'infini, 0 étant le point central du graphique ou ne représentant aucune différence ou changement entre deux traitements ou contrôle par rapport au traitement.
Je pense que dans votre situation, si vous avez déjà des données centrées, mises à l'échelle et normalisées, il suffirait de les mettre sur l'axe des x. Le problème se posera si la taille de gauche est compressée par rapport au côté droit du tracé. Une question plus esthétique qu’analytique. Le concept principal est qu'il y a un 0 ou un point central sur l'axe des x qui ne représente aucune différence/changement entre le contrôle et le traitement (ou un changement de 1). C'est pourquoi les gens prennent généralement le journal des données. Plus facile à filtrer et plus facile à tracer.
Quant à savoir quel groupe de contrôle latéral devrait être, cela dépend de vous. Votre choix.La plupart des gens ont un contrôle répertorié comme ceci : traitement/contrôle ou traitement log2 - contrôle log 2.De cette façon, les données à droite du graphique sont plus importantes en termes de traitement et les données à gauche ont un meilleur contrôle.
Re : Paramètres du tracé du volcan dans JMP Pro@Chris_Kirchberg merci pour certains efforts visant à rendre les intrigues de volcans plus courantes, je suis encore un peu confus avec la terminologie. J'espère que votre équipe pourra rendre la génération de tracés volcaniques plus rationalisée ou mieux expliquée.
J'ai principalement besoin de trouver la direction des données générées par le tracé du volcan JMP (qu'il s'agisse de ControlGroup-NotControlGroup ou de NotControlGroup-ControlGroup ; ControlGroup est-il à gauche ou à droite, etc...), de configurer un changement de pli ou des différences. seuils sur l'axe des X qui seraient comparables aux références publiées (changement de pli x1 ou x2 ou log2 (changement de pli) = +/-1). L'explication n'est pas très claire dans le didacticiel lorsque le terme Différences est utilisé et est-il équivalent à Fold Change ou log2 (Fold Change) ?.
Mes données ne sont pas transformées en log2, mais je travaille sur des données normalisées (par rapport à une référence), centrées et mises à l'échelle automatiquement. Il est donc préférable d'avoir la transformation log2 sur mes données même si elles sont déjà normalisées, centrées et mises à l'échelle automatiquement et d'inclure la transformation log2 dans le processus de prétraitement afin que le paramètre Difference soit directement équivalent à log2 Fold Change ?
Re : Paramètres du tracé du volcan dans JMP ProSalut @mjmg ,
Bienvenue dans la communauté !
Fold Change et Log2 (fold change) sont tous deux des mesures de différence (donc équivalentes aux différences dans le billet de blog) qui vont du négatif au positif avec un centre zéro. Cela irait donc sur l'axe des x lors de la création d'un tracé de volcan.
Bien que les tracés volcaniques soient un tracé statistique généralement utilisé pour la visualisation de l’analyse des données génomiques, ils pourraient être appliqués plus généralement à d’autres données et industries. Nous voulions généraliser son application et partir d'une plate-forme JMP, comme Response Screening, pour obtenir ces différences et enregistrer (valeurs p) pour un grand ensemble de données afin de créer un tracé de volcan.
Si vous n'avez pas de changement de pli ou de log2 (changement de pli), vous pouvez utiliser la plateforme de filtrage des réponses pour les générer. Je commencerais par log2 des données avant d'utiliser le filtrage des réponses. Ensuite, lorsque vous choisirez de comparer les moyennes, ce seront les valeurs log2 (changement de pli).
Est ce que ça aide?
En fin de compte, peu importe d'où vous générez les changements de pli ou les valeurs p. Vous pouvez créer le tracé dans JMP à l'aide du générateur de graphiques.
