Parametri di Volcano Plot in JMP ProNon abbiamo JMP Clinical o Genomic, quindi stiamo usando JMP Pro per creare un diagramma del vulcano secondo questo articolo:
Come costruire un diagramma vulcanico in JMP!
La maggior parte delle differenze di grafico del vulcano si riferisce all'asse x come cambio di piega o log2 (cambio di piega). La terminologia nell'articolo utilizza Differenza. Indicava inoltre di utilizzare solo Differenza anziché Differenza pratica relativa.
Nell'articolo wiki su cambio di piega , c'è anche un riferimento a cambiamento relativo .
Nel contesto JMP, in che modo tutti questi termini sono correlati a fold change o log2 (fold change)?
AltroOggetto: parametri di Volcano Plot in JMP ProCiao @mjmg ,
Benvenuto nella community!
Fold Change e Log2 (fold change) sono entrambe misure di differenza (quindi equivalenti alle differenze nel post del blog) che vanno da negativo a positivo con un centro zero. Quindi andrebbe sull'asse x. Quando si crea un grafico del vulcano.
Sebbene Volcano Plots sia un grafico statistico tipicamente utilizzato per la visualizzazione dell'analisi dei dati genomici, potrebbe essere applicato più in generale ad altri dati e settori. Volevamo generalizzare la sua applicazione e partire da una piattaforma JMP, come Response Screening, per ottenere quelle differenze e registrare (valori p) per un ampio insieme di dati al fine di creare un diagramma vulcanico.
Se non si dispone di fold change o log2 (fold change), è possibile utilizzare la piattaforma di screening delle risposte per generarli. Inizierei con log2 dei dati prima di utilizzare lo screening della risposta. Quindi, quando scegli le medie di confronto, saranno i valori log2 (fold change).
Questo aiuta?
In definitiva, non importa da dove ottieni. Genera le modifiche di piegatura o i valori p. È possibile creare il grafico in JMP utilizzando il generatore di grafici.
Oggetto: parametri di Volcano Plot in JMP Pro@chris_kirchberg grazie per alcuni degli sforzi nel rendere le trame dei vulcani più mainstream, sono ancora un po 'confuso con la terminologia. Si spera che il tuo team possa rendere la generazione di grafici sui vulcani più snelli o meglio spiegati.
Principalmente ho bisogno di trovare la direzione dei dati generati dal grafico del vulcano JMP (che si tratti di ControlGroup-NotControlGroup o NotControlGroup-ControlGroup; è ControlGroup a sinistra oa destra, ecc ...), impostare il cambio di piega o le differenze soglie nell'asse x che sarebbero paragonabili ai riferimenti pubblicati (cambio di piega x1 o x2 o log2 (cambio di piega) = +/- 1). La spiegazione non è così chiara dal tutorial quando viene utilizzato il termine Differenze ed è equivalente a Fold Change o log2 (Fold Change) ?.
I miei dati non vengono trasformati in log2, ma sto lavorando su dati normalizzati (rispetto a un riferimento), centrati e scalati automaticamente. Quindi è meglio avere la trasformazione log2 sui miei dati anche se è già normalizzata, centrata e scalata automaticamente e includere la trasformazione log2 nel processo di pre-elaborazione in modo che il parametro Difference sia direttamente equivalente a log2 Fold Change?
