JMPProのVolcanoPlotパラメータJMP ClinicalまたはGenomicがないため、この記事に従ってJMPProを使用して火山プロットを作成しています。
JMPで火山プロットを構築する方法！
ほとんどの火山プロットの違いは、x軸を倍率変化またはlog2（倍率変化）と呼んでいます。 この記事の用語はDifferenceを使用しています。 また、Differenceのみを使用することを示しました。相対的な実用上の違い。
のwiki記事で倍率変化、への参照もあります相対的な変化。
JMPのコンテキストでは、これらすべての用語は、倍数変更またはlog2（倍数変更）とどのように関連していますか？
その他Re：JMPProのVolcanoPlotパラメーターこんにちは@mjmg 、
コミュニティへようこそ！
Fold ChangeとLog2（fold change）はどちらも、中心がゼロの負から正の範囲の差異測定値（ブログ投稿の差異と同等）です。 したがって、火山プロットを作成するときは、x軸になります。
Volcano Plotsは、ゲノムデータ分析の視覚化に通常使用される統計プロットですが、他のデータや業界により一般的に適用できます。 そのアプリケーションを一般化し、応答スクリーニングなどのJMPプラットフォームから開始して、火山プロットを作成するために、これらの差異と大量のデータのログ（p値）を取得したいと考えました。
fold changeまたはlog2（fold change）がない場合は、Response ScreeningPlatformを使用してそれらを生成できます。 応答スクリーニングを使用する前に、データのlog2から始めます。 次に、比較平均を選択すると、それらはlog2（倍数変化）値になります。
それは役に立ちますか？
最終的には、どこから取得するかは重要ではありません。フォールドの変更またはp値をどこから生成します。 グラフビルダーを使用して、JMPでプロットを作成できます。
Re：JMPProのVolcanoPlotパラメーター@chris_kirchberg火山プロットをより主流にするための努力のおかげで、私はまだ用語に少し混乱しています。 うまくいけば、あなたのチームは火山プロットの生成をより合理化またはよりよく説明することができます。
主に、JMP火山プロットによって生成されたデータの方向を見つける必要があります（ControlGroup-NotControlGroupまたはNotControlGroup-ControlGroup、左側または右側のControlGroupなど）、倍率の変更または違いを設定します公開された参照に匹敵するx軸のしきい値（x1またはx2の倍数変化またはlog2（倍数変化）= +/- 1）。 違いという用語が使用されている場合、チュートリアルからの説明はそれほど明確ではなく、Fold Changeまたはlog2（Fold Change）と同等ですか？
私のデータはlog2変換されていませんが、正規化（参照に対して）、中央揃え、自動スケーリングされたデータに取り組んでいます。 したがって、データがすでに正規化、中央揃え、自動スケーリングされている場合でも、log2変換を使用し、前処理プロセスにlog2変換を含めて、Differenceパラメーターがlog2 Fold Changeと直接同等になるようにすることをお勧めしますか？
