Paramètres de parcelle de volcan dans JMP ProNous n'avons pas JMP Clinical ou Genomic, nous utilisons donc JMP Pro pour créer un graphique de volcan selon cet article:
Comment construire une parcelle de volcan dans JMP!
La plupart des différences de parcelle de volcan se réfèrent à l'axe des x comme changement de pli ou log2 (changement de pli). La terminologie de l'article utilise la différence. Il a également indiqué de n'utiliser la différence que par opposition à Différence pratique relative.
Dans l'article du wiki sur changement de pli , il y a aussi une référence à changement relatif .
Dans le contexte JMP, comment tous ces termes se rapportent-ils au changement de pli ou log2 (changement de pli)?
AutreRe: Paramètres de parcelle de volcan dans JMP Prosalut @mjmg ,
Bienvenue dans la communauté!
Fold Change et Log2 (fold change) sont tous deux des mesures de différence (donc équivalentes aux différences dans le billet de blog) qui vont de négatif à positif avec un centre zéro. Cela irait donc sur l'axe des x lors de la création d'un graphique de volcan.
Bien que les parcelles de volcan soient un graphique statistique généralement utilisé pour la visualisation de l'analyse des données génomiques, il pourrait être plus généralement appliqué à d'autres données et industries. Nous voulions généraliser son application et partir d'une plate-forme JMP, comme le dépistage des réponses, pour obtenir ces différences et enregistrer (valeurs p) pour un grand ensemble de données afin de faire un tracé de volcan.
Si vous n'avez pas de changement de pli ou de log2 (changement de pli), vous pouvez utiliser la plateforme de filtrage des réponses pour les générer. Je commencerais par log2 des données avant d'utiliser le dépistage des réponses. Ensuite, lorsque vous avez choisi les moyennes de comparaison, ce seront les valeurs log2 (changement de pli).
Est ce que ça aide?
En fin de compte, peu importe où vous obtenez, générez les changements de pli ou les valeurs p. Vous pouvez créer le tracé dans JMP à l'aide du générateur de graphiques.
Re: Paramètres de parcelle de volcan dans JMP Pro@chris_kirchberg merci pour certains des efforts déployés pour rendre les parcelles de volcan plus courantes, je suis encore un peu confus avec la terminologie. J'espère que votre équipe pourra simplifier la génération des parcelles de volcan ou mieux l'expliquer.
Je dois principalement trouver la direction des données générées par le tracé du volcan JMP (qu'il s'agisse de ControlGroup-NotControlGroup ou NotControlGroup-ControlGroup; est ControlGroup à gauche ou à droite, etc.), configurer le changement de pli ou les différences seuils sur l'axe des x qui seraient comparables aux références publiées (x1 ou x2 fois la variation ou log2 (fois la variation) = +/- 1). L'explication n'est pas si claire dans le didacticiel lorsque le terme Différences est utilisé et est-il équivalent à Fold Change ou log2 (Fold Change) ?.
Mes données ne sont pas transformées en log2, mais je travaille sur des données normalisées (par rapport à une référence), centrées et autoscalées. Il est donc préférable d'avoir une transformation log2 sur mes données même si elle est déjà normalisée, centrée et mise à l'échelle automatiquement et d'inclure la transformation log2 dans le processus de prétraitement afin que le paramètre Difference soit directement équivalent à log2 Fold Change?
