JMP Pro中的火山图参数我们没有JMP Clinical或Genomic,因此根据本文,我们正在使用JMP Pro创建火山图:
如何在JMP中建立火山图!
大多数火山图差异都将x轴称为倍数变化或log2(倍数变化)。 本文中的术语使用“差异”。 它还表明仅使用差异而不是相对实际差异。
在Wiki文章中倍数变化,也有提及相对变化。
在JMP上下文中,所有这些术语如何与倍数变化或log2(倍数变化)相关?
其他回复:JMP Pro中的火山图参数你好@mjmg ,
欢迎来到社区!
倍数变化和Log2(倍数变化)都是差异度量(等同于博客文章中的差异),范围从负到正,中心为零。 因此,在创建火山图时,它将在x轴上显示。
尽管“火山图”是通常用于基因组数据分析可视化的统计图,但它可能更广泛地应用于其他数据和行业。 我们想要概括其应用程序,并从像响应筛选之类的JMP平台开始,以获得那些差异并记录大量数据的记录(p值),以便绘制火山图。
如果没有倍数更改或log2(倍数更改),则可以使用响应筛选平台生成它们。 在使用响应筛选之前,我将从数据的log2开始。 然后,当您选择比较均值时,它们将是log2(倍数变化)值。
有帮助吗?
最终,无论您从何处获得都可以。生成倍数变化或p值。 您可以使用图形生成器在JMP中绘制图。
回复:JMP Pro中的火山图参数@chris_kirchberg感谢您为使火山地带成为主流而付出的努力,但我对术语还是有些困惑。 希望您的团队可以使生成的火山图更加简化或得到更好的解释。
主要是我需要找到JMP火山图生成的数据的方向(无论是ControlGroup-NotControlGroup还是NotControlGroup-ControlGroup; ControlGroup在左侧还是右侧,等等...),设置倍数变化或差异x轴上的阈值可与已发表的参考文献相比较(x1或x2倍数变化或log2(倍数变化)= +/- 1)。 使用术语“差异”时,从教程中得到的解释不是很清楚,它等同于折叠更改或log2(折叠更改)?
我的数据没有经过log2转换,但是我正在处理标准化(相对于参考),居中和自动缩放的数据。 因此,最好对我的数据进行log2转换,即使它已经进行了标准化,居中和自动缩放,也将log2转换包括在预处理过程中,因此Difference参数直接等于log2的倍数变化?