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Per quanto riguarda il calcolo del valore P di FDR in JMP

Ciao,

Ho eseguito due test non parametrici campione (Wilcoxon) per vedere la differenza significativa tra maschio e femmina per ca. Espressione genica di 100 geni in JMP. Ora, mi piacerebbe vedere FDR p vale per questa analisi. Potresti suggerirmi come posso eseguire questa analisi in JMP?

Grazie

Neeraj

AnaliticaRi: Riguardo al calcolo del valore P di FDR in JMP

Ho scavato un vecchio pezzo di JSL che ho usato per calcolare il FDR.In allegato è riportata una tabella di dati di esempio che rappresenta i risultati di una piattaforma di Screening della risposta.L'ho ridotto per avere solo i PValues ei valori FDR calcolati dalla piattaforma Response Screening.Lo script seguente prende i valori p dalla tabella dei dati e calcola in modo indipendente il FDR.

Names Default To Here( 1 );

dt = Current Data Table();

pValues = dt:PValue << get values;

index = Rank Index( pvalues ); // removes missing values
n = N Row( index );

ordPValue = pvalues[index];
adkPValue = J( n, 1, . );

For( i = 1, i <= n, i++,
 k = n - i + 1;
 ratio = n / (n - i + 1);
 adkPValue[k] = If( i == 1,
  ordPValue[k],
  Min( ratio * ordPValue[k], adkPValue[k + 1] )
 );
);
dt << New Column( "kEN Calculated FDR PValue", Format( "Scientific" ) );
For( i = 1, i <= N Rows( adkPValue ), i++,
 dt:kEN Calculated FDR PValue[index[i]] = adkPValue[i]
);

Ri: Riguardo al calcolo del valore P di FDR in JMP

Grazie!

Ri: Riguardo al calcolo del valore P di FDR in JMP

Ciao Neeraj,

Con un po' di ricerche, sono riuscito a trovare un add-in sviluppato da John Sall di JMP che calcola correttamente il FDR p Value False Discovery Rate PValue

Se non hai familiarità con i componenti aggiuntivi, scarica il file sul tuo computer e fai doppio clic sul file: dovrebbe installarsi automaticamente

Migliore,

ST