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关于 JMP 中的 FDR P 值计算

你好，

我已经进行了两个样本非参数检验（Wilcoxon），以查看男性和女性之间的显着性差异。 JMP中的100个基因基因表达。 现在，我想看看这个分析的 FDR p vale。 您能否建议我如何在 JMP 中执行此分析？

谢谢

尼拉吉

分析回复：关于 JMP 中的 FDR P 值计算

我挖出了一块用来计算 FDR 的旧 JSL。附件是一个示例数据表，它是来自响应筛选平台的结果。我将其缩减为仅从响应筛选平台计算 PValues 和 FDR 值。下面的脚本从数据表中获取 p 值并独立计算 FDR。

Names Default To Here( 1 );

dt = Current Data Table();

pValues = dt:PValue << get values;

index = Rank Index( pvalues ); // removes missing values
n = N Row( index );

ordPValue = pvalues[index];
adkPValue = J( n, 1, . );

For( i = 1, i <= n, i++,
 k = n - i + 1;
 ratio = n / (n - i + 1);
 adkPValue[k] = If( i == 1,
  ordPValue[k],
  Min( ratio * ordPValue[k], adkPValue[k + 1] )
 );
);
dt << New Column( "kEN Calculated FDR PValue", Format( "Scientific" ) );
For( i = 1, i <= N Rows( adkPValue ), i++,
 dt:kEN Calculated FDR PValue[index[i]] = adkPValue[i]
);

回复：关于 JMP 中的 FDR P 值计算

谢谢！

回复：关于 JMP 中的 FDR P 值计算

嗨，尼拉吉，

经过一番挖掘，我找到了一个由 JMP 的 John Sall 开发的插件，它可以正确计算 FDR p 值错误发现率 PValue

如果您不熟悉加载项，只需将文件下载到您的计算机并双击文件：它应该会自动安装

最好的，

TS