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關於 JMP 中的 FDR P 值計算

你好，

我進行了兩個樣本非參數檢定（Wilcoxon），以查看男性和女性之間約 10% 的顯著差異。 JMP中100個基因的基因表現。 現在，我想查看用於此分析的 FDR p 值。 您能否建議我如何在 JMP 中執行此分析？

謝謝

尼拉傑

品質和工藝工程回覆：關於 JMP 中的 FDR P 值計算

我挖出了一段舊的 JSL，用來計算 FDR。隨附的範例資料表是來自回應篩選平台的結果。我將其縮減為僅從響應篩選平台計算 P 值和 FDR 值。下面的腳本從資料表中取得 p 值並獨立計算 FDR。

Names Default To Here( 1 );

dt = Current Data Table();

pValues = dt:PValue << get values;

index = Rank Index( pvalues ); // removes missing values
n = N Row( index );

ordPValue = pvalues[index];
adkPValue = J( n, 1, . );

For( i = 1, i <= n, i++,
 k = n - i + 1;
 ratio = n / (n - i + 1);
 adkPValue[k] = If( i == 1,
  ordPValue[k],
  Min( ratio * ordPValue[k], adkPValue[k + 1] )
 );
);
dt << New Column( "kEN Calculated FDR PValue", Format( "Scientific" ) );
For( i = 1, i <= N Rows( adkPValue ), i++,
 dt:kEN Calculated FDR PValue[index[i]] = adkPValue[i]
);

回覆：關於 JMP 中的 FDR P 值計算

謝謝！

回覆：關於 JMP 中的 FDR P 值計算

嗨尼拉吉，

經過一番挖掘，我找到了 JMP 的 John Sall 開發的插件，可以正確計算 FDR p 值錯誤發現率P值

如果您不熟悉加載項，只需將檔案下載到您的電腦並雙擊該檔案：它應該會自動安裝

最好的，

TS