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liliconcom

Concernant le calcul de la valeur P FDR dans JMP

Salut,

J'ai effectué deux tests non paramétriques d'échantillons (Wilcoxon) pour voir la différence de signification entre les hommes et les femmes pendant env. 100 gènes d'expression génique dans JMP. Maintenant, je voudrais voir FDR p vale pour cette analyse. Pourriez-vous me suggérer comment puis-je effectuer cette analyse dans JMP ?

Merci

Neeraj

AnalytiqueRe : Concernant le calcul de la valeur P FDR dans JMP

J'ai déterré un vieux morceau de JSL que j'ai utilisé pour calculer le FDR.Vous trouverez ci-joint un exemple de tableau de données contenant les résultats d'une plateforme de filtrage des réponses.Je l'ai réduit pour n'avoir que les PValues et les valeurs FDR calculées à partir de la plate-forme Response Screening.Le script ci-dessous prend les valeurs p de la table de données et calcule indépendamment le FDR.

Names Default To Here( 1 );

dt = Current Data Table();

pValues = dt:PValue << get values;

index = Rank Index( pvalues ); // removes missing values
n = N Row( index );

ordPValue = pvalues[index];
adkPValue = J( n, 1, . );

For( i = 1, i <= n, i++,
 k = n - i + 1;
 ratio = n / (n - i + 1);
 adkPValue[k] = If( i == 1,
  ordPValue[k],
  Min( ratio * ordPValue[k], adkPValue[k + 1] )
 );
);
dt << New Column( "kEN Calculated FDR PValue", Format( "Scientific" ) );
For( i = 1, i <= N Rows( adkPValue ), i++,
 dt:kEN Calculated FDR PValue[index[i]] = adkPValue[i]
);

Re : Concernant le calcul de la valeur P FDR dans JMP

Merci!

Re : Concernant le calcul de la valeur P FDR dans JMP

Salut Neeraj,

En creusant un peu, j'ai pu trouver un complément développé par John Sall de JMP qui calcule correctement la valeur FDR p Taux de fausses découvertes PValue

Si vous n'êtes pas familier avec les Add-Ins, téléchargez simplement le fichier sur votre ordinateur et double-cliquez dessus : il devrait s'installer automatiquement

Meilleur,

TS