Hi,
Ich habe einen nichtparametrischen Test mit zwei Stichproben (Wilcoxon) durchgeführt, um den Signifikanzunterschied zwischen Männern und Frauen für ca. 100 Gene Genexpression in JMP. Jetzt würde ich gerne den FDR p-Wert für diese Analyse sehen. Können Sie mir bitte vorschlagen, wie ich diese Analyse in JMP durchführen kann?
Vielen Dank
Neeraj
Ich habe ein altes Stück JSL ausgegraben, mit dem ich den FDR berechnet habe.Im Anhang finden Sie eine Beispieldatentabelle, die die Ergebnisse einer Response-Screening-Plattform darstellt.Ich habe es reduziert, um nur die PValues und die FDR-Werte von der Response Screening-Plattform berechnen zu lassen.Das folgende Skript nimmt die p-Werte aus der Datentabelle und berechnet unabhängig den FDR.
Names Default To Here( 1 );
dt = Current Data Table();
pValues = dt:PValue << get values;
index = Rank Index( pvalues ); // removes missing values
n = N Row( index );
ordPValue = pvalues[index];
adkPValue = J( n, 1, . );
For( i = 1, i <= n, i++,
k = n - i + 1;
ratio = n / (n - i + 1);
adkPValue[k] = If( i == 1,
ordPValue[k],
Min( ratio * ordPValue[k], adkPValue[k + 1] )
);
);
dt << New Column( "kEN Calculated FDR PValue", Format( "Scientific" ) );
For( i = 1, i <= N Rows( adkPValue ), i++,
dt:kEN Calculated FDR PValue[index[i]] = adkPValue[i]
);
Hallo Neeraj,
Mit ein wenig Suchen konnte ich ein von John Sall von JMP entwickeltes Add-In finden, das den FDR-p-Wert korrekt berechnet Falscherkennungsrate PValue
Wenn Sie mit Add-Ins nicht vertraut sind, laden Sie einfach die Datei auf Ihren Computer herunter und doppelklicken Sie auf die Datei: Sie sollte automatisch installiert werden
Am besten,
TS
