PLS «large» avec SVD et plusieurs prédicteurs catégorielsJ'ai une table de 92 000 colonnes (gènes) x 12 lignes (échantillons) et j'aimerais utiliser PLS pour modéliser les effets du traitement. Cependant, mes traitements (site d'origine et température) sont catégoriques. Si j'utilise une analyse discriminante, je ne peux en tester qu'une à la fois. Si j'utilise PLS sous la plate-forme Fit Model, je peux faire un modèle de prédicteur factoriel complet, MAIS il n'y a pas de SVD (vraisemblablement), donc l'analyse se bloque. Y a-t-il quelque chose qui ressemble à SVD dans une plate-forme de type PLS qui n'est PAS une analyse discriminante? Alternativement, est-il possible d'avoir plus d'un prédicteur (X) dans l'analyse discriminante? J'ai joint la table. Idéalement, j'aurais les 92 960 gènes comme Y et le site d'origine, la température et leur interaction comme prédicteurs (3 termes). Peut-être que mon ordinateur est trop vieux (8 Go de RAM avec un processeur 1,7 Ghz)! Je me demande si ce que je veux faire est UNIQUEMENT réalisable avec JMP Genomics (que, ennuyeusement, l'Université de Miami refuse d'acheter, même après ma hargne!).
AnalytiqueRe: PLS «large» avec SVD et plusieurs prédicteurs catégorielsL'une de vos options pourrait être l'une des méthodes de régression pénalisées? Ils n'utilisent pas SVD, mais abordent le problème de la réduction des variables d'un point de vue analytique différent ... pas de la réduction de dimensionnalité qui est intégrée dans PLS. Votre ordinateur peut encore se bloquer en raison du nombre de modèles qui seront `` adaptés '' en arrière-plan ... mais vaut-il la peine d'essayer?
Re: PLS «large» avec SVD et plusieurs prédicteurs catégorielsBonne idée. Je suis en train de l'essayer maintenant (1 heure de "pendaison" à ce stade). Même si je reproduis la sortie de votre microréseau de cancer, qui était d'environ 11000 colonnes x 230 lignes ( Utilisation des moindres carrés partiels: lorsque la régression des moindres carrés ordinaires ne fonctionnera tout simplement pas ), il y a un blocage avec l'analyse discriminante, mais ce n'est pas mal (1-2 minutes), et cette étude a eu beaucoup plus de sujets. Peut-être que si je peux éliminer ces (probablement la majorité) des gènes sans pratiquement aucune variation entre les échantillons (peut-être en utilisant le dépistage des réponses ou le dépistage des prédicteurs), je peux réessayer PLS ou Gen-reg avec les gènes "informatifs" seulement puisque je suppose que vous pourrait expliquer pourquoi incluriez-vous un gène sans variation (par exemple, un gène domestique) dans une telle analyse?
