PLS "ampio" con SVD e predittori categoriali multipliHo una tabella di 92.000 colonne (geni) x 12 righe (campioni) e vorrei utilizzare PLS per modellare gli effetti del trattamento. Tuttavia, i miei trattamenti (luogo di origine e temperatura) sono categorici. Se utilizzo l'analisi discriminante, posso testarne solo una alla volta. Se utilizzo PLS nella piattaforma Fit Model, posso creare un modello predittore fattoriale completo, MA non c'è SVD (presumibilmente), quindi l'analisi si blocca. C'è qualcosa di simile a SVD in qualsiasi piattaforma simile a PLS che NON è un'analisi discriminante? In alternativa, è possibile avere più di un predittore (X) nell'analisi discriminante? Ho attaccato il tavolo. Idealmente, avrei tutti i 92.960 geni come Y e il sito di origine, la temperatura e la loro interazione come predittori (3 termini). Forse il mio computer è troppo vecchio (8 GB di RAM con processore da 1,7 Ghz)! Mi chiedo se quello che voglio fare sia realizzabile SOLO con JMP Genomics (che, fastidiosamente, l'Università di Miami si rifiuta di acquistare, anche dopo i miei fastidi!).
AnalyticsOggetto: PLS "ampio" con SVD e predittori categoriali multipliUna delle tue opzioni potrebbe essere uno dei metodi di regressione penalizzati? Non usano SVD, ma affrontano il problema della riduzione variabile da un diverso punto di vista analitico ... non la riduzione della dimensionalità che è incorporata in PLS. Il tuo computer potrebbe ancora bloccarsi a causa del numero di modelli che si "adattano" in background ... ma vale la pena provare?
Oggetto: PLS "ampio" con SVD e predittori categoriali multipliBuona idea. Lo sto provando ora (1 ora di "sospensione" a questo punto). Anche se riproduco l'output del microarray del cancro, che era ~ 11.000 colonne x 230 righe ( Utilizzo dei minimi quadrati parziali: quando la normale regressione dei minimi quadrati non funziona ), c'è un blocco con l'analisi discriminante, ma non è male (1-2 minuti) e quello studio aveva molti più soggetti. Forse, se riesco a eliminare quei geni (probabilmente la maggioranza dei) senza alcuna variazione tra i campioni (magari usando lo screening della risposta o lo screening predittivo), posso riprovare PLS o Gen-reg con i geni "informativi" solo perché immagino che tu potrebbe argomentare perché includeresti un gene senza variazioni (ad esempio, un gene per il mantenimento della casa) in tale analisi?
