"Wide" PLS mit SVD und mehreren kategorialen PrädiktorenIch habe eine Tabelle mit 92.000 Spalten (Genen) x 12 Zeilen (Proben) und möchte PLS zur Modellierung von Behandlungseffekten verwenden. Meine Behandlungen (Herkunftsort und Temperatur) sind jedoch kategorisch. Wenn ich eine Diskriminanzanalyse verwende, kann ich jeweils nur eine testen. Wenn ich PLS unter der Fit Model-Plattform verwende, kann ich ein vollständiges faktorielles Prädiktormodell erstellen, ABER es gibt (vermutlich) keine SVD, sodass die Analyse abstürzt. Gibt es eine SVD-ähnliche Plattform in einer PLS-ähnlichen Plattform, bei der es sich NICHT um eine Diskriminanzanalyse handelt? Ist es alternativ möglich, mehr als einen Prädiktor (X) in der Diskriminanzanalyse zu haben? Ich habe den Tisch angehängt. Idealerweise hätte ich alle 92.960 Gene als Y und Ursprungsort, Temperatur und deren Wechselwirkung als Prädiktoren (3 Terme). Vielleicht ist mein Computer einfach zu alt (8 GB RAM mit 1,7 GHz Prozessor)! Ich frage mich, ob das, was ich tun möchte, NUR mit JMP Genomics erreichbar ist (was die Universität von Miami ärgerlicherweise auch nach meinem Nörgeln nicht kauft!).
AnalytikBetreff: "Wide" PLS mit SVD und mehreren kategorialen PrädiktorenEine Ihrer Optionen könnte eine der bestraften Regressionsmethoden sein? Sie verwenden keine SVD, kommen aber aus einem anderen analytischen Blickwinkel auf das Problem der variablen Reduktion ... nicht auf die in PLS eingebrannte Dimensionsreduktion. Ihr Computer hängt möglicherweise immer noch aufgrund der Anzahl der Modelle, die im Hintergrund "passen" ... aber einen Versuch wert?
Betreff: "Wide" PLS mit SVD und mehreren kategorialen PrädiktorenGute Idee. Ich versuche es jetzt (1 Stunde "hängen" an diesem Punkt). Selbst wenn ich Ihre Krebs-Microarray-Ausgabe reproduziere, die ~ 11.000 Spalten x 230 Zeilen betrug ( Verwenden von partiellen kleinsten Quadraten: Wenn die normale Regression der kleinsten Quadrate einfach nicht funktioniert ) gibt es einen Hang mit Diskriminanzanalyse, aber es ist nicht schlecht (1-2 Minuten), und diese Studie hatte viel mehr Probanden. Wenn ich diese (wahrscheinlich die Mehrheit der) Gene aussortieren kann, die im Wesentlichen keine Variation zwischen den Proben aufweisen (möglicherweise mithilfe des Antwort-Screenings oder des Prädiktor-Screenings), kann ich PLS oder Gen-reg möglicherweise nur dann mit den "informativen" Genen wiederholen, wenn ich Sie vermute könnte argumentieren, warum Sie ein Gen ohne Variation (z. B. ein Housekeeping-Gen) in eine solche Analyse einbeziehen würden?
