Ayuda PCA 3DTal vez una pregunta tonta de PCA: solo para estar seguro, quiero comparar mis salidas gráficas de PCA entre diferentes programas. Anteriormente, cargaba mis puntos espaciales x, y, z para cada punto de referencia en R, ejecutaba el PCA y veía los gráficos, puntajes, etc. Pero comencé a obtener algunos resultados extraños en R cuando volvía a ejecutar el mismo conjunto de datos (Secuaz queriendo comparar). Cuando cargué mis valores x, y, z en JMP y seleccioné Analizar > Métodos multivariados > Componentes principales, parece que solo está tratando los puntos como valores normales. Estos puntos de referencia son de objetos altamente 3D, sin embargo, en JMP PCA, la salida gráfica 3D tiene todos los especímenes prácticamente en un solo plano. (y esto se ve 100% diferente de la salida realizada en R) Entonces, ¿puedo cargar los puntajes de la PC en JMP y ejecutar el análisis desde allí? (¿o de alguna manera estaría generando nuevos puntajes derivados de los puntajes que ya existen?) Si hay algo que me estoy perdiendo, o una alternativa mejor, agradecería enormemente cualquier consejo/asistencia.
Re: Ayuda PCA 3DEstá bien, pero lo que no tiene sentido en su tabla de Excel es por qué aparentemente tiene un puntaje de componente principal para cada uno de los 36 puntos de referencia 3D (X1, Y1, Z1, X2, Y2, Z2, etc.) para cada espécimen. No es así como funciona PCA.
PCA se utiliza principalmente como una técnica de reducción variable. Por lo tanto, generalmente reduce una gran cantidad de variables a una pequeña cantidad de PC. Luego, puede usar los puntajes de cada PC como una descripción más simple de las observaciones (o especímenes).
O alternativamente, usa PCA para comprender la correlación entre variables.
No estoy seguro de cuál es el propósito de usar PCA aquí.
¡Lo siento!Re: Ayuda PCA 3DEspero poder aclarar las cosas. Para cada uno de los especímenes hay 36 puntos de referencia 3D (X1,Y1,Z1,X2,Y2,Z2, etc.). En el programa que usé originalmente para obtener las coordenadas espaciales (un programa llamado Landmark), el resultado fue organizar todo el conjunto de datos con una columna X, Y y Z, con las filas constituyendo los puntos de referencia. Cuando traté originalmente de cargar esa forma del conjunto de datos, JMP estaba leyendo cada fila (es decir, cada punto de referencia) como una muestra separada. Cuando busqué ayuda en una publicación anterior de JMP Community, se me recomendó convertir cada espécimen y todos sus puntos X, Y, Z en una sola fila (enganche las entradas bajas de 108 filas). Luego descubrí que el gráfico 3D de salida solo estaba creando un diagrama de dispersión de los puntos espaciales; por ejemplo, estaba trazando literalmente un punto de referencia con la coordenada 3D 1,2,3 y otro con 3,4,5 en esas dimensiones espaciales, no el valores de PC.
Entonces, a partir de ahí, tomé los valores de PC de mi conjunto de datos que obtuve en R y "JMP los convirtió" (una fila que constituye una muestra y todos sus puntajes de PC). Aunque tengo las muestras físicas a mano, quiero comparar sus relaciones espaciales a través de un PCA. Es por eso que pensé que seguir los pasos para ver el PCA 3D en JMP que mencioné en el comentario anterior está bien... pero quería volver a verificar antes de ir demasiado lejos.
Re: Ayuda PCA 3DLo siento, no entiendo los datos. Parece que hay 109 variables en este conjunto de datos (incluida la especificación). ¿Por qué hay 36 valores XYZ diferentes para cada espécimen y cómo usa estas variables en PCA para crear las 109 variables en la pestaña de puntajes de PCA? De hecho, sería mejor volver a lo básico y preguntar cuál es el objetivo del análisis y para qué está utilizando PCA.Re: Ayuda PCA 3Dgracias phil Para los gráficos en 3D, quiero visualizar las coordenadas x, y, z de las puntuaciones de los componentes principales. Si ayuda a aclarar, adjunto una hoja de cálculo de Excel. Verá una pestaña que es solo las coordenadas espaciales x, y, z para cada punto de referencia de cada espécimen. La segunda pestaña son las puntuaciones de PC para cada punto de referencia. Quiero visualizar la relación espacial 3D derivada de las puntuaciones de la PC, pero quiero asegurarme de que los pasos que estoy siguiendo para crear el gráfico son la secuencia correcta.
Re: Ayuda PCA 3DHola,
¿Puede aclarar algo? En el gráfico 3D, ¿está tratando de visualizar las coordenadas x, y, z o las puntuaciones de los componentes principales?
Esperaría que las puntuaciones de los componentes principales se sentaran en un avión. Una forma de pensar en PCA es que es una técnica de reducción de dimensiones. Esto es lo que está viendo en el gráfico de puntajes 3D en el PCA en JMP. La variación "altamente 3D" se ha reducido a una variación 2D en los primeros 2 componentes principales.
¿Tiene sentido?
Feliz de ver sus datos si puede compartirlos.
Salud,
phil
