Ayuda de 3D PCAQuizás una pregunta tonta de PCA: solo para estar seguro, quiero comparar las salidas gráficas de mi PCA entre diferentes programas. Anteriormente, cargaba mis puntos espaciales x, y, z para cada hito en R, ejecutaba el PCA y veía los gráficos, las puntuaciones, etc. Pero comencé a obtener algunos resultados extraños en R cuando volvía a ejecutar el mismo conjunto de datos (hench queriendo comparar). Cuando cargué mis valores x, y, z en JMP y seleccioné Analizar> Métodos multivariados> Componentes principales, parece que solo trata los puntos como valores normales. Estos puntos de referencia son de objetos altamente 3D, sin embargo, en el JMP PCA, la salida gráfica 3D tiene todas las muestras prácticamente en un solo plano. (y esto se ve 100% diferente de la salida realizada en R) Entonces, ¿podría cargar las puntuaciones de la PC en JMP y ejecutar el análisis desde allí? (¿O eso de alguna manera estaría generando nuevos puntajes derivados de puntajes ya?) Si hay algo que me falta, o una alternativa mejor, agradecería mucho cualquier consejo / ayuda.
Re: Ayuda de 3D PCAEstá bien, pero lo que no tiene sentido en su tabla de Excel es por qué aparentemente tiene una puntuación de componente principal para cada uno de los 36 puntos de referencia 3D (X1, Y1, Z1, X2, Y2, Z2, etc.) para cada espécimen. No es así como funciona la PCA.
La PCA se utiliza principalmente como técnica de reducción variable. Por lo tanto, generalmente reduce una gran cantidad de variables a una pequeña cantidad de PC. Luego, puede utilizar las puntuaciones de cada PC como una descripción más simple de las observaciones (o muestras).
O, alternativamente, usa PCA para comprender la correlación entre variables.
No estoy seguro de cuál es el propósito de usar PCA aquí.
¡Lo siento!Re: Ayuda de 3D PCAOjalá pueda aclarar las cosas. Para cada una de las muestras hay 36 puntos de referencia 3D (X1, Y1, Z1, X2, Y2, Z2, etc.). En el programa que solía obtener originalmente las coordenadas espaciales (un programa llamado Landmark), el resultado fue organizar todo el conjunto de datos con una columna X, Y y Z, con las filas que constituyen los puntos de referencia. Cuando traté originalmente de cargar esa forma del conjunto de datos, JMP estaba leyendo cada fila (es decir, cada punto de referencia) como una muestra separada. Cuando busqué ayuda en una publicación anterior de JMP Community, se me recomendó convertir cada espécimen y todos sus puntos X, Y, Z en una sola fila (oprima las 108 filas de entradas bajas). Luego descubrí que el gráfico 3D de salida solo estaba creando un diagrama de dispersión de los puntos espaciales; por ejemplo, literalmente estaba trazando un punto de referencia con las coordenadas 3D 1, 2, 3 y otro con 3, 4, 5 en esas dimensiones espaciales, no el Valores de PC.
Así que a partir de ahí tomé los valores de PC de mi conjunto de datos que obtuve en R y los "JMP convirtió" (una fila que constituye una muestra y todas sus puntuaciones de PC). Aunque tengo las muestras físicas en la mano, quiero comparar sus relaciones espaciales a través de un PCA. Es por eso que pensé que seguir los pasos para ver el 3D PCA en JMP que mencioné en el comentario anterior está bien ... pero quería verificar antes de ir demasiado lejos.
Re: Ayuda de 3D PCALo siento, no entiendo los datos. Parece haber 109 variables en este conjunto de datos (incluida la especificación). ¿Por qué hay 36 valores XYZ diferentes para cada muestra y cómo está utilizando estas variables en PCA para crear las 109 variables en la pestaña de puntuaciones de PCA? De hecho, podría ser mejor volver a lo básico y preguntar cuál es el objetivo del análisis y para qué está utilizando PCA.Re: Ayuda de 3D PCAGracias Phil. Para los gráficos 3D, quiero visualizar las coordenadas x, y, z de las puntuaciones de los componentes principales. Si ayuda a aclarar, adjunto una hoja de cálculo de Excel. Verá una pestaña que es solo las coordenadas espaciales x, y, z para cada punto de referencia de cada espécimen. La segunda pestaña son las puntuaciones de PC para cada punto de referencia. Quiero visualizar la relación espacial 3D derivada de las puntuaciones de la PC, pero quiero asegurarme de que los pasos que sigo para crear el gráfico sean la secuencia correcta.
Re: Ayuda de 3D PCAHola,
¿Puede aclarar algo? En el gráfico 3D, ¿está tratando de visualizar las coordenadas x, y, z o las puntuaciones de los componentes principales?
Esperaría que las puntuaciones de los componentes principales se sientan en un avión. Una forma de pensar sobre el PCA es que es una técnica de reducción de dimensiones. Esto es lo que está viendo en el gráfico de puntuaciones 3D en el PCA en JMP. La variación "altamente 3D" se ha reducido a una variación 2D en los 2 primeros componentes principales.
¿Tiene sentido?
Feliz de ver sus datos si puede compartirlos.
Salud,
Phil
