Aiuto PCA 3DForse una stupida domanda PCA: solo per sicurezza, voglio confrontare i miei output grafici PCA tra diversi programmi. In precedenza, caricavo i miei punti spaziali x, y, z per ogni punto di riferimento in R, eseguivo il PCA e visualizzavo i grafici, i punteggi, ecc. Ma ho iniziato a ottenere alcuni risultati strani in R quando ri-eseguivo lo stesso set di dati (poiché volendo confrontare). Quando ho caricato i miei valori x, y, z in JMP e ho selezionato Analizza > Metodi multivariati > Componenti principali, sembra che stia solo trattando i punti come valori normali. Questi punti di riferimento provengono da oggetti altamente 3D, ma in JMP PCA, l'output grafico 3D presenta tutti i campioni praticamente su un unico piano. (e questo sembra diverso al 100% dall'output fatto in R) Quindi, posso caricare i punteggi del PC in JMP ed eseguire l'analisi da lì? (o questo in qualche modo genererebbe già nuovi punteggi derivati dai punteggi?) Se c'è qualcosa che mi manca, o un'alternativa migliore, apprezzerei molto qualsiasi consiglio/assistenza.
Ri: Aiuto PCA 3DVa bene, ma ciò che non ha senso nella tua tabella Excel è il motivo per cui apparentemente hai un punteggio del componente principale per ciascuno dei 36 punti di riferimento 3D (X1, Y1, Z1, X2, Y2, Z2, ecc.) Per ogni campione. Non è così che funziona PCA.
La PCA è utilizzata principalmente come tecnica di riduzione variabile. Quindi generalmente riduci un gran numero di variabili a un piccolo numero di PC. Quindi potresti utilizzare i punteggi per ogni PC come descrizione più semplice delle osservazioni (o campioni).
O in alternativa usi PCA per comprendere la correlazione tra le variabili.
Non sono sicuro di quale sia lo scopo dell'utilizzo di PCA qui.
Scusa!Ri: Aiuto PCA 3DSpero di poter chiarire le cose. Per ciascuno dei campioni ci sono 36 punti di riferimento 3D (X1, Y1, Z1, X2, Y2, Z2, ecc.). Nel programma che ho utilizzato per ottenere originariamente le coordinate spaziali (un programma chiamato Landmark), l'output consisteva nell'organizzare l'intero set di dati con una colonna X, Y e Z, con le righe che costituivano i punti di riferimento. Quando inizialmente ho provato a caricare quella forma del set di dati, JMP stava leggendo ogni riga (ovvero ogni punto di riferimento) come un campione separato. Quando ho cercato aiuto in un precedente post della community di JMP, mi è stato consigliato di convertire ogni campione e tutti i suoi punti X, Y, Z in una singola riga (quindi le voci basse di 108 righe). Poi ho scoperto che il grafico 3D di output stava semplicemente creando un grafico a dispersione dei punti spaziali - ad esempio, stava letteralmente tracciando un punto di riferimento con coordinate 3D 1,2,3 e un altro con 3,4,5 in quelle dimensioni spaziali, non il Valori PC.
Quindi da lì ho preso i valori PC dal mio set di dati che ho ottenuto in R e li ho "convertiti in JMP" (una riga che costituisce un campione e tutti i suoi punteggi PC). Anche se ho i campioni fisici in mano, voglio confrontare le loro relazioni spaziali tramite un PCA. Ecco perché ho pensato che i passaggi per visualizzare il PCA 3D in JMP che ho menzionato nel commento precedente andassero bene ... ma volevo ricontrollare prima di andare troppo lontano.
Ri: Aiuto PCA 3DScusa, non capisco i dati. Sembra che ci siano 109 variabili in questo set di dati (compreso specimin). Perché ci sono 36 diversi valori XYZ per ogni campione e come stai utilizzando queste variabili in PCA per creare le 109 variabili nella scheda dei punteggi PCA? In effetti, potrebbe essere meglio tornare alle origini e chiedere qual è l'obiettivo dell'analisi e per cosa stai utilizzando PCA.Ri: Aiuto PCA 3DGrazie Fil. Per i grafici 3D voglio visualizzare le coordinate x,y,z dai punteggi dei componenti principali. Se aiuta a chiarire, ho allegato un foglio di calcolo Excel. Vedrai una scheda che è solo le coordinate spaziali x, y, z per ogni punto di riferimento di ogni esemplare. La seconda scheda contiene i punteggi del PC per ogni punto di riferimento. Voglio visualizzare la relazione spaziale 3D derivata dai punteggi del PC, ma voglio assicurarmi che i passaggi che sto seguendo per creare il grafico siano la sequenza corretta.
Ri: Aiuto PCA 3DCIAO,
Puoi chiarire qualcosa - Nella trama 3D, stai cercando di visualizzare le coordinate x, y, z, o i punteggi dei componenti principali?
Mi aspetterei che i punteggi dei componenti principali si trovino su un aereo. Un modo di pensare alla PCA è che si tratta di una tecnica di riduzione delle dimensioni. Questo è ciò che vedi nel grafico dei punteggi 3D nel PCA in JMP. La variazione "altamente 3D" è stata ridotta a variazione 2D sui primi 2 componenti principali.
Ha senso?
Felice di guardare i tuoi dati se sei in grado di condividerli.
Saluti,
Fil
