안녕하세요,
일부 Python 코드를 게시로 변환하고 웹 사이트에서 데이터를 가져오려면 도움말/지침이 필요합니다( https://maayanlab.cloud/Enrichr/help#api ) 유전자 목록 또는 일부 생물학적 경로에 농축이 있는지 확인하도록 설계되었습니다. 이를 해결하기 위해 '새 HTTP 요청'을 사용하여 REST API와 상호 작용하는 데 필요한 구문에 익숙하지 않습니다.
해당 서비스에서 정보를 얻는 기능은 기본 유전자 발현 분석을 수행하도록 설계된 추가 기능에 병합됩니다. 추가 기능 사용자가 필요하지 않은 경우 컴퓨터에 Python을 설치하지 않도록 하고 싶기 때문에 JMP 내에서 Python에 의존하지 않으려고 합니다.
1단계 - 서비스에 유전자 목록 게시 - 파이썬 코드는 아래와 같습니다.
JSON 가져오기
가져오기 요청
ENRICHR_URL = ' http://maayanlab.cloud/Enrichr/addList '
gene_str = '\n'.join([
'PHF14', 'RBM3', 'MSL1', 'PHF21A', 'ARL10', 'INSR', 'JADE2', 'P2RX7',
'LINC00662', 'CCDC101', 'PPM1B', 'KANSL1L', 'CRYZL1', 'ANAPC16', 'TMCC1',
'CDH8', 'RBM11', 'CNPY2', 'HSPA1L', 'CUL2', 'PLBD2', 'LARP7', 'TECPR2',
'ZNF302', 'CUX1', 'MOB2', 'CYTH2', 'SEC22C', 'EIF4E3', 'ROBO2',
'ADAMTS9-AS2', 'CXXC1', 'LINC01314', 'ATF7', 'ATP5F1'
])
description = '예제 유전자 목록'
페이로드 = {
'목록': (없음, gene_str),
'description': (없음, 설명)
}
응답 = requests.post(ENRICHR_URL, 파일=페이로드)
응답이 아닌 경우:
raise Exception('유전자 목록 분석 오류')
데이터 = json.loads(response.text)
인쇄(데이터)
이렇게 하면 분석에서 데이터를 검색하는 데 사용되는 userListId가 생성됩니다.
2단계 - 서비스에서 일부 유전자 농축을 보여주는 생물학적 경로 목록 가져오기 - 파이썬 코드는 아래와 같습니다.
수입 json
수입 요청
ENRICHR_URL = ' http://maayanlab.cloud/Enrichr/enrich '
쿼리_문자열 = '?userListId=%s&backgroundType=%s'
user_list_id = 363320
gene_set_library = 'KEGG_2015'
응답 = requests.get( ENRICHR_URL + query_string % (user_list_id, gene_set_library) )
만약에 ~ 아니다 응답.ok:
들어올리다 예외( '인리치먼트 결과를 가져오는 중 오류 발생' )
데이터 = json.loads(response.text)
인쇄(데이터)
위의 예에서 이상적으로는 3가지가 발생해야 합니다.
- (HTTP 요청은 여러 gene_set 라이브러리(gene_set_library= {"KEGG_2015", "Panther_2016", "WikiPathways_2016", " Reactome_2016"} //더 많은 라이브러리 사용 가능)
- 검색된 Json은 쉽게 구문 분석되지 않는 것으로 보이며 헤더( 순위, 용어 이름, P-값, Z-점수, 결합 점수, 중복 유전자, 조정된 p-값, 이전 p-값, 이전 조정된 p-값)
- 검색된 각 Json 파일은 JMP 테이블에 연결되어야 합니다.
작은 도전을 찾고 있는 누군가가 있기를 바랍니다.
친애하는,
세바스티앙
