여보세요,
웹 사이트에서 데이터를 게시하고 가져올 Python 코드를 변환하려면 도움말 / 지침이 필요합니다. https://maayanlab.cloud/Enrichr/help#api ) 유전자 목록 또는 일부 생물학적 경로에 풍부함이 있는지 결정하도록 설계되었습니다. 나는 이것을 풀기 위해 '새 HTTP 요청'을 사용하여 REST API와 상호 작용하는 데 필요한 구문에 충분히 익숙하지 않습니다.
해당 서비스에서 정보를 얻는 기능은 몇 가지 기본적인 유전자 발현 분석을 수행하도록 설계된 추가 기능에 통합됩니다. 추가 기능 사용자가 필요하지 않은 경우 자신의 컴퓨터에 Python을 설치하지 않도록하고 싶기 때문에 JMP 내에서 Python에 의존하지 않으려 고합니다.
1 단계-서비스에 유전자 목록 게시 -Python 코드는 다음과 같습니다.
json 가져 오기
수입 요청
ENRICHR_URL = ' http://maayanlab.cloud/Enrichr/addList '
genes_str = '\ n'.join ([
'PHF14', 'RBM3', 'MSL1', 'PHF21A', 'ARL10', 'INSR', 'JADE2', 'P2RX7',
'LINC00662', 'CCDC101', 'PPM1B', 'KANSL1L', 'CRYZL1', 'ANAPC16', 'TMCC1',
'CDH8', 'RBM11', 'CNPY2', 'HSPA1L', 'CUL2', 'PLBD2', 'LARP7', 'TECPR2',
'ZNF302', 'CUX1', 'MOB2', 'CYTH2', 'SEC22C', 'EIF4E3', 'ROBO2',
'ADAMTS9-AS2', 'CXXC1', 'LINC01314', 'ATF7', 'ATP5F1'
])
설명 = '유전자 목록 예시'
페이로드 = {
'목록': (없음, genes_str),
'description': (없음, 설명)
}
응답 = requests.post (ENRICHR_URL, 파일 = 페이로드)
response.ok가 아닌 경우 :
예외 발생 ( '유전자 목록 분석 오류')
데이터 = json.loads (response.text)
인쇄 (데이터)
이렇게하면 분석에서 데이터를 검색하는 데 사용되는 userListId가 생성됩니다.
2 단계-서비스에서 일부 유전자 농축을 보여주는 생물학적 경로 목록 가져 오기- Python 코드는 다음과 같습니다.
수입 json
수입 요청
ENRICHR_URL = ' http://maayanlab.cloud/Enrichr/enrich '
query_string = '? userListId = % s & backgroundType = % s'
user_list_id = 363320
gene_set_library = 'KEGG_2015'
응답 = requests.get (ENRICHR_URL + query_string % (user_list_id, gene_set_library))
만약 아니 response.ok :
올리다 예외( '인리 치먼트 결과를 가져 오는 동안 오류가 발생했습니다.' )
데이터 = json.loads (response.text)
인쇄 (데이터)
위의 예에서-이상적으로는 3 가지 일이 발생해야합니다.
- (HTTP 요청은 여러 gene_set 라이브러리 (gene_set_library = { "KEGG_2015", "Panther_2016", "WikiPathways_2016", "Reactome_2016"} // 더 많은 라이브러리를 사용할 수 있습니다.)
- 검색된 Json은 쉽게 구문 분석되지 않는 것으로 보이며 헤더가 있어야합니다 ( 순위, 용어 이름, P- 값, Z- 점수, 결합 된 점수, 중복 유전자, 조정 된 p- 값, 이전 p- 값, 이전 조정 된 p- 값)과 관련된
- 검색된 각 Json 파일은 JMP 테이블에 연결되어야합니다.
나는 누군가가 약간의 도전을 찾고 있고 기꺼이 기회를주기를 바랍니다.
친애하는,
Sebastien
