Fichiers FCS : JMP les ouvre, mais où vont les informations d'en-tête ?J'aide un collègue dans certains travaux avec les fichiers FCS. JMP ouvre les données assez facilement, ce qui est génial, mais je cherche à extraire les informations d'en-tête et je n'arrive pas à trouver un moyen simple - surtout si je voulais le faire pour un tas de fichiers.
Je n'ai aucune option comme pour les fichiers CSV, donc la seule solution que j'ai trouvée est de changer l'extension en .txt et d'ouvrir le fichier avec les préférences de texte. Cela fonctionne, mais cela semblerait gênant si je dois faire cela pour tous les fichiers avant l'ouverture.
1) existe-t-il un moyen d'ouvrir un seul fichier FCS pour voir l'en-tête sans changer l'extension
2) pouvez-vous utiliser un script et forcer l'utilisation des préférences de texte même si l'extension n'est pas une extension de texte standard.
Merci!
Accès aux donnéesRe : Fichiers FCS : JMP les ouvre, mais où vont les informations d'en-tête ?Je suis presque sûr que JMP dispose d'une liste de clés standard qu'il reconnaît et peut ignorer d'autres clés (spécifiques au fournisseur ?).
Il existe également des informations dans les propriétés de chaque colonne, peut-être pour interpréter les plages.
@Anonyme @briancorcoran
Re : Fichiers FCS : JMP les ouvre, mais où vont les informations d'en-tête ?Oui, je suis curieux de savoir pourquoi vous ne voyez pas les informations d'en-tête.Je suppose que c'est soit la version des fichiers FCS (je testais avec FCS3.0), soit JMP est sélectif dans les informations d'en-tête qu'il recherche.
Re : Fichiers FCS : JMP les ouvre, mais où vont les informations d'en-tête ?Merci! Je devrai contacter le support pour voir pourquoi ce fichier ne contient pas les informations d'en-tête dans les variables du tableau, mais je peux utiliser le script que vous avez envoyé pour au moins fouiller dans les fichiers. Même avec la surcharge liée au chargement d'un fichier entier, cela bat les alternatives 
-Nate
Re : Fichiers FCS : JMP les ouvre, mais où vont les informations d'en-tête ?J'ai poussé le code un peu plus loin pour décocher certains champs dans l'en-tête
fcsFile = "my-fcs.fcs";
str = loadtextfile(fcsFile);
// extract header
pat = "FCS" + PatArb()>>hdr + "$BEGINANALYSIS";
isMatch = PatMatch(str,pat);
if (!isMatch,
throw("oops")
);
// extract selected header info
system = ""; // computer system
pat = "$SYS" + "|" + PatArb()>>system + "|";
PatMatch(hdr,pat);
cytometer = ""; // type of cytometer
pat = "$CYT" + "|" + PatArb()>>cytometer + "|";
PatMatch(hdr,pat);
startTime = ""; // start time
pat = "$BTIM" + "|" + PatArb()>>startTime + "|";
PatMatch(hdr,pat);
endTime = ""; // end time
pat = "$ETIM" + "|" + PatArb()>>endTime + "|";
PatMatch(hdr,pat);
show(system,cytometer,startTime,endTime);
Pour mon fichier de données de test, cela donne
system = "Summit V5.2.0.7477 / Windows NT Version 5.1 / Intel Processor";
cytometer = "MoFlo XDP";
startTime = "12:34:07";
endTime = "12:38:15";
J'ai utilisé certains identifiants de champ basés sur cette documentation
https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/flowCore/inst/doc/fcs3.html#3.1
Re : Fichiers FCS : JMP les ouvre, mais où vont les informations d'en-tête ?Je vais essayer ça... En ouvrant le fichier dans un éditeur de texte, l'en-tête contient de nombreuses informations (apparemment telles que JMP ne les extrait pas en tant qu'informations d'en-tête).
Peut-être que cela m'aidera à comprendre pourquoi...
Merci!Re : Fichiers FCS : JMP les ouvre, mais où vont les informations d'en-tête ?Une option que vous voudrez peut-être essayer consiste à utiliser la fonction LoadTextFile, cela vous donnera au moins une visibilité sur les données d'en-tête (bien que cela puisse être lent car les fichiers FCS contiennent de gros blocs de données binaires) :
fcsFile = "c:\my-fcs-file.fcs";
str = loadtextfile(fcsFile);
// extract header
pat = "FCS" + PatArb()>>hdr + "$BEGINANALYSIS";
isMatch = PatMatch(str,pat);
if (isMatch,
show(hdr)
,
show("oops")
);
Re : Fichiers FCS : JMP les ouvre, mais où vont les informations d'en-tête ?@David_Burnham , Ce serait génial! ... mais je ne vois pas ça. Je suis sur JMP 15.2.1 sous Windows 10.
Re : Fichiers FCS : JMP les ouvre, mais où vont les informations d'en-tête ?Lorsque JMP ouvre un fichier FCS, il place les informations d'en-tête sous forme de variables de table.
Vous pouvez interroger la table pour obtenir la liste des noms (dt<
dt<
