FCS 파일: JMP가 파일을 열지만 헤더 정보는 어디로 가나요?저는 동료의 FCS 파일 작업을 돕고 있습니다. JMP는 데이터를 쉽게 열 수 있어서 좋습니다. 하지만 헤더 정보를 추출하려고 하는데 쉬운 방법을 찾을 수 없습니다. 특히 여러 파일에 대해 이 작업을 수행하려는 경우에는 더욱 그렇습니다.
CSV 파일과 같은 옵션이 없으므로 제가 찾은 유일한 해결책은 확장자를 .txt로 변경하고 텍스트 기본 설정으로 파일을 여는 것입니다. 작동하지만 열기 전에 모든 파일에 대해 이 작업을 수행해야 한다면 번거로울 것 같습니다.
1) 확장자를 변경하지 않고 단일 FCS 파일을 열어 헤더를 볼 수 있는 방법이 있습니까?
2) 확장 프로그램이 표준 텍스트 확장 프로그램이 아니더라도 스크립트를 사용하고 텍스트 기본 설정을 강제 사용할 수 있습니까?
감사해요!
데이터 접근답변: FCS 파일: JMP가 파일을 열지만 헤더 정보는 어디로 가나요?나는 JMP가 인식하고 다른(공급업체별?) 키를 무시할 수 있는 표준 키 목록을 가지고 있다고 확신합니다.
각 열의 속성에는 범위 해석을 위한 정보도 있습니다.
@익명의 @briancorcoran
답변: FCS 파일: JMP가 파일을 열지만 헤더 정보는 어디로 가나요?네, 왜 헤더 정보가 보이지 않는지 궁금합니다.나는 그것이 FCS 파일의 버전이거나(FCS3.0으로 테스트 중이었습니다) JMP가 찾는 헤더 정보에서 선택적이라고 추측합니다.
답변: FCS 파일: JMP가 파일을 열지만 헤더 정보는 어디로 가나요?감사해요! 이 파일에 테이블 변수에 헤더 정보가 없는 이유를 알아보려면 지원팀에 문의해야 하지만 최소한 파일을 파헤치기 위해 보낸 스크립트를 사용할 수 있습니다. 전체 파일을 로드하는 오버헤드가 있어도 다른 방법보다 낫습니다. 
-네이트
답변: FCS 파일: JMP가 파일을 열지만 헤더 정보는 어디로 가나요?헤더의 일부 필드를 선택 해제하기 위해 코드를 조금 더 사용했습니다.
fcsFile = "my-fcs.fcs";
str = loadtextfile(fcsFile);
// extract header
pat = "FCS" + PatArb()>>hdr + "$BEGINANALYSIS";
isMatch = PatMatch(str,pat);
if (!isMatch,
throw("oops")
);
// extract selected header info
system = ""; // computer system
pat = "$SYS" + "|" + PatArb()>>system + "|";
PatMatch(hdr,pat);
cytometer = ""; // type of cytometer
pat = "$CYT" + "|" + PatArb()>>cytometer + "|";
PatMatch(hdr,pat);
startTime = ""; // start time
pat = "$BTIM" + "|" + PatArb()>>startTime + "|";
PatMatch(hdr,pat);
endTime = ""; // end time
pat = "$ETIM" + "|" + PatArb()>>endTime + "|";
PatMatch(hdr,pat);
show(system,cytometer,startTime,endTime);
내 테스트 데이터 파일의 경우 이것은 다음과 같습니다.
system = "Summit V5.2.0.7477 / Windows NT Version 5.1 / Intel Processor";
cytometer = "MoFlo XDP";
startTime = "12:34:07";
endTime = "12:38:15";
이 문서를 기반으로 일부 필드 식별자를 사용했습니다.
https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/flowCore/inst/doc/fcs3.html#3.1
답변: FCS 파일: JMP가 파일을 열지만 헤더 정보는 어디로 가나요?나는 그것을 시도해 볼 것이다 ... 텍스트 편집기에서 파일을 열면 헤더에 많은 정보가 있습니다(분명히 JMP에서는 헤더 정보로 가져오지 않습니다).
어쩌면 이것이 이유를 이해하는 데 도움이 될 것입니다 ...
감사해요!답변: FCS 파일: JMP가 파일을 열지만 헤더 정보는 어디로 가나요?시도해 볼 수 있는 한 가지 옵션은 LoadTextFile 함수를 사용하는 것입니다. 이는 최소한 헤더 데이터에 대한 가시성을 제공합니다(FCS 파일에 큰 바이너리 데이터 블록이 포함되어 있기 때문에 속도가 느릴 수 있음).
fcsFile = "c:\my-fcs-file.fcs";
str = loadtextfile(fcsFile);
// extract header
pat = "FCS" + PatArb()>>hdr + "$BEGINANALYSIS";
isMatch = PatMatch(str,pat);
if (isMatch,
show(hdr)
,
show("oops")
);
답변: FCS 파일: JMP가 파일을 열지만 헤더 정보는 어디로 가나요?@David_Burnham , 정말 좋을 것 같아요! ...하지만 나는 그것을 볼 수 없습니다. 저는 Windows 10에서 JMP 15.2.1을 사용하고 있습니다.
답변: FCS 파일: JMP가 파일을 열지만 헤더 정보는 어디로 가나요?JMP는 FCS 파일을 열 때 헤더 정보를 테이블 변수로 배치합니다.
테이블을 조사하여 이름 목록(dt<
dt<
