FCS 檔案:JMP 打開它們,但標頭資訊去了哪裡?我正在幫助一位同事處理 FCS 檔案。 JMP 打開數據很容易,這很棒,但我希望提取標題信息,但我找不到一種簡單的方法 - 特別是如果我想對一堆文件執行此操作。
我沒有像處理 CSV 檔案那樣獲得任何選項,因此我找到的唯一解決方案是將擴展名更改為 .txt 並使用文字首選項開啟檔案。 這可行,但如果我需要在打開之前對所有文件執行此操作,則會顯得很麻煩。
1)有沒有辦法開啟單一FCS檔案來查看標題而不更改副檔名
2) 即使擴展不是標準文字擴展,您是否可以使用腳本並強制使用文字首選項。
謝謝!
資料存取回覆:FCS 檔案:JMP 開啟它們,但標頭資訊去了哪裡?我很確定 JMP 有一個它可以識別的標準鍵列表,並且可能會忽略其他(特定於供應商的?)鍵。
每列的屬性中還有信息,可能用於解釋範圍。
@匿名的@briancorcoran
回覆:FCS 檔案:JMP 開啟它們,但標頭資訊去了哪裡?是的,我很好奇為什麼你沒有看到標題資訊。我猜測要么是FCS檔案的版本(我正在使用FCS3.0進行測試),要么JMP在它查找的標頭資訊中是有選擇性的。
回覆:FCS 檔案:JMP 開啟它們,但標頭資訊去了哪裡?謝謝! 我需要與支援人員聯繫以了解為什麼該文件在表變數中沒有標頭訊息,但我可以使用您發送的腳本至少深入了解這些文件。 即使載入整個檔案的開銷,它也勝過其他選擇:)
-內特
回覆:FCS 檔案:JMP 開啟它們,但標頭資訊去了哪裡?我進一步使用代碼來取消選擇標頭中的一些字段
fcsFile = "my-fcs.fcs";
str = loadtextfile(fcsFile);
// extract header
pat = "FCS" + PatArb()>>hdr + "$BEGINANALYSIS";
isMatch = PatMatch(str,pat);
if (!isMatch,
throw("oops")
);
// extract selected header info
system = ""; // computer system
pat = "$SYS" + "|" + PatArb()>>system + "|";
PatMatch(hdr,pat);
cytometer = ""; // type of cytometer
pat = "$CYT" + "|" + PatArb()>>cytometer + "|";
PatMatch(hdr,pat);
startTime = ""; // start time
pat = "$BTIM" + "|" + PatArb()>>startTime + "|";
PatMatch(hdr,pat);
endTime = ""; // end time
pat = "$ETIM" + "|" + PatArb()>>endTime + "|";
PatMatch(hdr,pat);
show(system,cytometer,startTime,endTime);
對於我的測試數據文件,這給出了
system = "Summit V5.2.0.7477 / Windows NT Version 5.1 / Intel Processor";
cytometer = "MoFlo XDP";
startTime = "12:34:07";
endTime = "12:38:15";
我根據本文檔使用了一些字段標識符
https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/flowCore/inst/doc/fcs3.html#3.1
回覆:FCS 檔案:JMP 開啟它們,但標頭資訊去了哪裡?我會嘗試一下 ... 在文字編輯器中開啟文件,標題包含大量資訊(顯然 JMP 不會將其作為標題資訊提取)。
也許這會讓我明白為什麼......
謝謝!回覆:FCS 檔案:JMP 開啟它們,但標頭資訊去了哪裡?您可能想要嘗試的一種選擇是使用函數 LoadTextFile,這至少可以讓您看到標頭資料(儘管可能會很慢,因為 FCS 檔案包含大塊二進位資料):
fcsFile = "c:\my-fcs-file.fcs";
str = loadtextfile(fcsFile);
// extract header
pat = "FCS" + PatArb()>>hdr + "$BEGINANALYSIS";
isMatch = PatMatch(str,pat);
if (isMatch,
show(hdr)
,
show("oops")
);
回覆:FCS 檔案:JMP 開啟它們,但標頭資訊去了哪裡?@大衛_伯納姆, 那將會是真棒! ……但我沒有看到這一點。 我使用的是 Windows 10 上的 JMP 15.2.1。

回覆:FCS 檔案:JMP 開啟它們,但標頭資訊去了哪裡?當 JMP 開啟 FCS 檔案時,它將標題資訊作為表變數放置。

您可以詢問表格以取得名稱清單 (dt<
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