File FCS: JMP li apre, ma dove vanno le informazioni sull'intestazione?Sto aiutando un collega a lavorare con i file FCS. JMP apre i dati abbastanza facilmente, il che è fantastico, ma sto cercando di estrarre le informazioni dell'intestazione e non riesco a trovare un modo semplice, soprattutto se volessi farlo per un gruppo di file.
Non ho alcuna opzione come faccio per i file CSV, quindi l'unica soluzione che ho trovato è cambiare l'estensione in .txt e aprire il file con le preferenze di testo. Funziona, ma sembrerebbe problematico se dovessi farlo su tutti i file prima dell'apertura.
1) esiste un modo per aprire un singolo file FCS per vedere l'intestazione senza modificare l'estensione
2) puoi utilizzare uno script e forzare l'uso delle preferenze di testo anche se l'estensione non è un'estensione di testo standard.
Grazie!
Accesso ai datiRif. File FCS: JMP li apre, ma dove vanno le informazioni sull'intestazione?Sono abbastanza sicuro che JMP abbia un elenco di chiavi standard che riconosce e potrebbe ignorare altre chiavi (specifiche del fornitore?).
Sono presenti anche informazioni nelle proprietà di ciascuna colonna, forse per interpretare gli intervalli.
@Anonimo @briancorcoran
Rif. File FCS: JMP li apre, ma dove vanno le informazioni sull'intestazione?Sì, sono curioso di sapere perché non vedi le informazioni dell'intestazione.Immagino che si tratti della versione dei file FCS (stavo testando con FCS3.0) oppure che JMP sia selettivo nelle informazioni di intestazione che cerca.
Rif. File FCS: JMP li apre, ma dove vanno le informazioni sull'intestazione?Grazie! Dovrò contattare l'assistenza per capire perché questo file non ha le informazioni sull'intestazione nella tabella vars, ma posso usare lo script che hai inviato almeno per scavare nei file. Anche con il sovraccarico di caricare un intero file, batte le alternative 
-Nate
Rif. File FCS: JMP li apre, ma dove vanno le informazioni sull'intestazione?Ho portato il codice un po' oltre per deselezionare alcuni campi nell'intestazione
fcsFile = "my-fcs.fcs";
str = loadtextfile(fcsFile);
// extract header
pat = "FCS" + PatArb()>>hdr + "$BEGINANALYSIS";
isMatch = PatMatch(str,pat);
if (!isMatch,
throw("oops")
);
// extract selected header info
system = ""; // computer system
pat = "$SYS" + "|" + PatArb()>>system + "|";
PatMatch(hdr,pat);
cytometer = ""; // type of cytometer
pat = "$CYT" + "|" + PatArb()>>cytometer + "|";
PatMatch(hdr,pat);
startTime = ""; // start time
pat = "$BTIM" + "|" + PatArb()>>startTime + "|";
PatMatch(hdr,pat);
endTime = ""; // end time
pat = "$ETIM" + "|" + PatArb()>>endTime + "|";
PatMatch(hdr,pat);
show(system,cytometer,startTime,endTime);
Per il mio file di dati di test questo dà
system = "Summit V5.2.0.7477 / Windows NT Version 5.1 / Intel Processor";
cytometer = "MoFlo XDP";
startTime = "12:34:07";
endTime = "12:38:15";
Ho utilizzato alcuni identificatori di campo basati su questa documentazione
https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/flowCore/inst/doc/fcs3.html#3.1
Rif. File FCS: JMP li apre, ma dove vanno le informazioni sull'intestazione?Lo proverò ... Aprendo il file in un editor di testo, l'intestazione contiene molte informazioni (apparentemente tali che JMP non le estrae come informazioni di intestazione).
Magari questo mi darà una mano a capire il perché...
Grazie!Rif. File FCS: JMP li apre, ma dove vanno le informazioni sull'intestazione?Un'opzione che potresti provare è utilizzare la funzione LoadTextFile, questo ti darà almeno visibilità sui dati dell'intestazione (anche se può essere lento perché i file FCS contengono grandi blocchi di dati binari):
fcsFile = "c:\my-fcs-file.fcs";
str = loadtextfile(fcsFile);
// extract header
pat = "FCS" + PatArb()>>hdr + "$BEGINANALYSIS";
isMatch = PatMatch(str,pat);
if (isMatch,
show(hdr)
,
show("oops")
);
Rif. File FCS: JMP li apre, ma dove vanno le informazioni sull'intestazione?@David_Burnham , Sarebbe fantastico! ... ma non lo vedo. Utilizzo JMP 15.2.1 su Windows 10.
Rif. File FCS: JMP li apre, ma dove vanno le informazioni sull'intestazione?Quando JMP apre un file FCS, inserisce le informazioni dell'intestazione come variabili di tabella.
È possibile interrogare la tabella per ottenere l'elenco dei nomi (dt<
dt<
