FCS ファイル: JMP はファイルを開きますが、ヘッダー情報はどこに行くのでしょうか?私は同僚の FCS ファイルに関する作業を手伝っています。 JMP はデータを簡単に開くことができ、これは素晴らしいことですが、ヘッダー情報を抽出したいと考えていますが、特に多数のファイルに対してこれを実行したい場合には、簡単な方法が見つかりません。
CSV ファイルの場合のようにオプションが表示されないため、私が見つけた唯一の解決策は、拡張子を .txt に変更し、テキスト設定でファイルを開くことです。 これは機能しますが、開く前にすべてのファイルに対してこれを行う必要がある場合は面倒に思えます。
1) 単一の FCS ファイルを開いて拡張子を変更せずにヘッダーを確認する方法はありますか
2) 拡張子が標準のテキスト拡張子でない場合でも、スクリプトを使用してテキスト設定を強制的に使用できますか。
ありがとう！
データアクセスRe: FCS ファイル: JMP はファイルを開きますが、ヘッダー情報はどこに行くのでしょうか?JMP には認識される標準キーのリストがあり、他の (ベンダー固有の?) キーは無視される可能性があると確信しています。
各列のプロパティにも、おそらく範囲を解釈するための情報があります。
@匿名@ブライアンコーコラン
Re: FCS ファイル: JMP はファイルを開きますが、ヘッダー情報はどこに行くのでしょうか?はい、なぜヘッダー情報が表示されないのか不思議です。FCS ファイルのバージョン (私は FCS3.0 でテストしていました) か、JMP が検索するヘッダー情報を選択しているかのどちらかだと思います。
Re: FCS ファイル: JMP はファイルを開きますが、ヘッダー情報はどこに行くのでしょうか?ありがとう！ このファイルのテーブル変数にヘッダー情報がない理由を確認するには、サポートに問い合わせる必要がありますが、送信されたスクリプトを使用して、少なくともファイルを詳しく調べることはできます。 ファイル全体をロードするオーバーヘッドがあるとしても、他の方法よりも優れています:)
-ネイト
Re: FCS ファイル: JMP はファイルを開きますが、ヘッダー情報はどこに行きますか?コードをもう少し進めて、ヘッダー内のいくつかのフィールドを選択解除しました
fcsFile = "my-fcs.fcs";
str = loadtextfile(fcsFile);
// extract header
pat = "FCS" + PatArb()>>hdr + "$BEGINANALYSIS";
isMatch = PatMatch(str,pat);
if (!isMatch,
throw("oops")
);
// extract selected header info
system = ""; // computer system
pat = "$SYS" + "|" + PatArb()>>system + "|";
PatMatch(hdr,pat);
cytometer = ""; // type of cytometer
pat = "$CYT" + "|" + PatArb()>>cytometer + "|";
PatMatch(hdr,pat);
startTime = ""; // start time
pat = "$BTIM" + "|" + PatArb()>>startTime + "|";
PatMatch(hdr,pat);
endTime = ""; // end time
pat = "$ETIM" + "|" + PatArb()>>endTime + "|";
PatMatch(hdr,pat);
show(system,cytometer,startTime,endTime);
私のテストデータファイルの場合、これは次のようになります
system = "Summit V5.2.0.7477 / Windows NT Version 5.1 / Intel Processor";
cytometer = "MoFlo XDP";
startTime = "12:34:07";
endTime = "12:38:15";
このドキュメントに基づいていくつかのフィールド識別子を使用しました
https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/flowCore/inst/doc/fcs3.html#3.1
Re: FCS ファイル: JMP はファイルを開きますが、ヘッダー情報はどこに行きますか?試してみます... テキストエディタでファイルを開くと、ヘッダーには多くの情報が含まれています (どうやら、JMP がヘッダー情報として抽出していないようです)。
もしかしたら、これでその理由が理解できるかもしれません...
ありがとう！Re: FCS ファイル: JMP はファイルを開きますが、ヘッダー情報はどこに行くのでしょうか?試してみたいオプションの 1 つは、関数 LoadTextFile を使用することです。これにより、少なくともヘッダー データが表示されます (ただし、FCS ファイルにはバイナリ データの大きなブロックが含まれているため、処理が遅くなる可能性があります)。
fcsFile = "c:\my-fcs-file.fcs";
str = loadtextfile(fcsFile);
// extract header
pat = "FCS" + PatArb()>>hdr + "$BEGINANALYSIS";
isMatch = PatMatch(str,pat);
if (isMatch,
show(hdr)
,
show("oops")
);
Re: FCS ファイル: JMP はファイルを開きますが、ヘッダー情報はどこに行くのでしょうか?@David_Burnham , それはすごいですね！ ...しかし、私にはそれが見えません。 Windows 10 上の JMP 15.2.1 を使用しています。
Re: FCS ファイル: JMP はファイルを開きますが、ヘッダー情報はどこに行くのでしょうか?JMP は FCS ファイルを開くときに、ヘッダー情報をテーブル変数として配置します。
テーブルに問い合わせて名前のリストを取得し (dt<
dt<
