Archivos FCS: JMP los abre, pero ¿a dónde va la información del encabezado?Estoy ayudando a un colega a trabajar con archivos FCS. JMP abre los datos con bastante facilidad, lo cual es genial, pero estoy buscando extraer la información del encabezado y no puedo encontrar una manera fácil, especialmente si quisiera hacer esto para un montón de archivos.
No tengo ninguna opción como ocurre con los archivos CSV, por lo que la única solución que encontré es cambiar la extensión a .txt y abrir el archivo con preferencias de texto. Eso funciona, pero parecería problemático si tuviera que hacer esto con todos los archivos antes de abrirlos.
1) ¿Hay alguna manera de abrir un solo archivo FCS para ver el encabezado sin cambiar la extensión?
2) ¿puede utilizar un script y forzar el uso de preferencias de texto incluso si la extensión no es una extensión de texto estándar?
¡Gracias!
Acceso a los datosRe: Archivos FCS: JMP los abre, pero ¿dónde va la información del encabezado?Estoy bastante seguro de que JMP tiene una lista de claves estándar que reconoce y puede ignorar otras claves (¿específicas del proveedor?).
También hay información en las propiedades de cada columna, tal vez para interpretar rangos.
@Anónimo @briancorcoran
Re: Archivos FCS: JMP los abre, pero ¿dónde va la información del encabezado?Sí, tengo curiosidad por saber por qué no ves la información del encabezado.Supongo que es la versión de los archivos FCS (estaba probando con FCS3.0) o JMP es selectivo en la información del encabezado que busca.
Re: Archivos FCS: JMP los abre, pero ¿dónde va la información del encabezado?¡Gracias! Necesitaré comunicarme con soporte para ver por qué este archivo no tiene la información del encabezado en las variables de la tabla, pero puedo usar el script que enviaste para al menos profundizar en los archivos. Incluso con la sobrecarga de cargar un archivo completo, supera a las alternativas 
-Nate
Re: Archivos FCS: JMP los abre, pero ¿dónde va la información del encabezado?Llevé el código un poco más lejos para eliminar algunos de los campos del encabezado.
fcsFile = "my-fcs.fcs";
str = loadtextfile(fcsFile);
// extract header
pat = "FCS" + PatArb()>>hdr + "$BEGINANALYSIS";
isMatch = PatMatch(str,pat);
if (!isMatch,
throw("oops")
);
// extract selected header info
system = ""; // computer system
pat = "$SYS" + "|" + PatArb()>>system + "|";
PatMatch(hdr,pat);
cytometer = ""; // type of cytometer
pat = "$CYT" + "|" + PatArb()>>cytometer + "|";
PatMatch(hdr,pat);
startTime = ""; // start time
pat = "$BTIM" + "|" + PatArb()>>startTime + "|";
PatMatch(hdr,pat);
endTime = ""; // end time
pat = "$ETIM" + "|" + PatArb()>>endTime + "|";
PatMatch(hdr,pat);
show(system,cytometer,startTime,endTime);
Para mi archivo de datos de prueba esto da
system = "Summit V5.2.0.7477 / Windows NT Version 5.1 / Intel Processor";
cytometer = "MoFlo XDP";
startTime = "12:34:07";
endTime = "12:38:15";
Utilicé algunos identificadores de campo basados en esta documentación.
https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/flowCore/inst/doc/fcs3.html#3.1
Re: Archivos FCS: JMP los abre, pero ¿dónde va la información del encabezado?Le voy a dar una oportunidad ... Al abrir el archivo en un editor de texto, el encabezado tiene mucha información (aparentemente tal que JMP no lo muestra como información de encabezado).
Quizás esto me ayude a entender por qué...
¡Gracias!Re: Archivos FCS: JMP los abre, pero ¿dónde va la información del encabezado?Una opción que quizás quieras probar es usar la función LoadTextFile, esto al menos te dará visibilidad de los datos del encabezado (aunque puede ser lento porque los archivos FCS contienen grandes bloques de datos binarios):
fcsFile = "c:\my-fcs-file.fcs";
str = loadtextfile(fcsFile);
// extract header
pat = "FCS" + PatArb()>>hdr + "$BEGINANALYSIS";
isMatch = PatMatch(str,pat);
if (isMatch,
show(hdr)
,
show("oops")
);
Re: Archivos FCS: JMP los abre, pero ¿dónde va la información del encabezado?@David_Burnham , ¡Que sería increíble! ... pero no veo eso. Estoy en JMP 15.2.1 en Windows 10.
Re: Archivos FCS: JMP los abre, pero ¿adónde va la información del encabezado?Cuando JMP abre un archivo FCS, coloca la información del encabezado como variables de tabla.
Puede interrogar la tabla para obtener la lista de nombres (dt<
dt<
