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FCS-Dateien: JMP öffnet sie, aber wohin gehen die Header-Informationen?

Ich helfe einem Kollegen bei der Arbeit mit FCS-Dateien. JMP öffnet die Daten ganz einfach, was großartig ist, aber ich möchte die Header-Informationen extrahieren und finde keinen einfachen Weg – insbesondere, wenn ich dies für eine Reihe von Dateien tun wollte.

 

Ich erhalte keine Optionen wie bei CSV-Dateien, daher besteht die einzige Lösung, die ich gefunden habe, darin, die Erweiterung in .txt zu ändern und die Datei mit Texteinstellungen zu öffnen. Das funktioniert, würde aber mühsam erscheinen, wenn ich dies vor dem Öffnen für alle Dateien tun müsste.

1) Gibt es eine Möglichkeit, eine einzelne FCS-Datei zu öffnen, um den Header anzuzeigen, ohne die Erweiterung zu ändern?
2) Können Sie ein Skript verwenden und die Verwendung von Texteinstellungen erzwingen, auch wenn es sich bei der Erweiterung nicht um eine Standardtexterweiterung handelt?

Danke!

DatenzugriffBetreff: FCS-Dateien: JMP öffnet sie, aber wohin gehen die Header-Informationen?

Ich bin mir ziemlich sicher, dass JMP über eine Liste von Standardschlüsseln verfügt, die es erkennt, und möglicherweise andere (herstellerspezifische?) Schlüssel ignoriert.

Es gibt auch Informationen in den Eigenschaften jeder Spalte, möglicherweise zur Interpretation von Bereichen.

@Anonym @briancorcoran

Betreff: FCS-Dateien: JMP öffnet sie, aber wohin gehen die Header-Informationen?

Ja, ich bin neugierig, warum Sie die Header-Informationen nicht sehen.Ich würde vermuten, dass es entweder an der Version der FCS-Dateien liegt (ich habe mit FCS3.0 getestet) oder dass JMP bei der Suche nach Header-Informationen selektiv vorgeht.

Betreff: FCS-Dateien: JMP öffnet sie, aber wohin gehen die Header-Informationen?

Danke! Ich muss mich mit dem Support in Verbindung setzen, um herauszufinden, warum diese Datei nicht über die Header-Informationen in den Tabellenvariablen verfügt, aber ich kann das von Ihnen gesendete Skript verwenden, um zumindest in die Dateien einzutauchen. Trotz des Mehraufwands, eine ganze Datei zu laden, übertrifft es die Alternativen

 

-Nate

Betreff: FCS-Dateien: JMP öffnet sie, aber wohin gehen die Header-Informationen?

Ich habe den Code etwas weiter entwickelt, um einige Felder in der Kopfzeile aufzuheben

 

fcsFile = "my-fcs.fcs";
str = loadtextfile(fcsFile);
// extract header
pat = "FCS" + PatArb()>>hdr + "$BEGINANALYSIS";
isMatch = PatMatch(str,pat);
if (!isMatch,
 throw("oops")
);
// extract selected header info
system = "";  // computer system
pat = "$SYS" + "|" + PatArb()>>system + "|";
PatMatch(hdr,pat);
cytometer = ""; // type of cytometer
pat = "$CYT" + "|" + PatArb()>>cytometer + "|";
PatMatch(hdr,pat);
startTime = ""; // start time
pat = "$BTIM" + "|" + PatArb()>>startTime + "|";
PatMatch(hdr,pat);
endTime = ""; // end time
pat = "$ETIM" + "|" + PatArb()>>endTime + "|";
PatMatch(hdr,pat);

show(system,cytometer,startTime,endTime);

Für meine Testdatendatei ergibt dies

system = "Summit V5.2.0.7477 / Windows NT Version 5.1 / Intel Processor";
cytometer = "MoFlo XDP";
startTime = "12:34:07";
endTime = "12:38:15";

 

Ich habe einige Feldbezeichner basierend auf dieser Dokumentation verwendet

https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/flowCore/inst/doc/fcs3.html#3.1

 

Betreff: FCS-Dateien: JMP öffnet sie, aber wohin gehen die Header-Informationen?Ich werde es mal versuchen... Wenn Sie die Datei in einem Texteditor öffnen, enthält der Header viele Informationen (anscheinend so, dass JMP sie nicht als Header-Informationen herausruft).

Vielleicht hilft mir das dabei, zu verstehen, warum ...

Danke!Betreff: FCS-Dateien: JMP öffnet sie, aber wohin gehen die Header-Informationen?

Eine Option, die Sie vielleicht ausprobieren möchten, ist die Verwendung der Funktion LoadTextFile. Dadurch erhalten Sie zumindest Sichtbarkeit auf die Header-Daten (obwohl dies langsam sein kann, da FCS-Dateien große Blöcke mit Binärdaten enthalten):

 

fcsFile = "c:\my-fcs-file.fcs";
str = loadtextfile(fcsFile);
// extract header
pat = "FCS" + PatArb()>>hdr + "$BEGINANALYSIS";
isMatch = PatMatch(str,pat);
if (isMatch,
 show(hdr)
,
 show("oops")
);

 

 

Betreff: FCS-Dateien: JMP öffnet sie, aber wohin gehen die Header-Informationen?

@David_Burnham , Das wäre großartig! ... aber das sehe ich nicht. Ich verwende JMP 15.2.1 unter Windows 10.

 

Betreff: FCS-Dateien: JMP öffnet sie, aber wohin gehen die Header-Informationen?

Wenn JMP eine FCS-Datei öffnet, platziert es die Header-Informationen als Tabellenvariablen.

 

Sie können die Tabelle abfragen, um die Liste der Namen zu erhalten (dt<

dt<