交叉驗證混淆矩陣應包含所有交叉驗證數據，而不僅僅是最後一批數據。對於允許交叉驗證的二元預測模型（例如 k 折交叉驗證或留一交叉驗證），混淆矩陣僅反映交叉分類的最後一次迭代結果。例如，在 5 折交叉驗證中，訓練集包含 80% 的數據，驗證集包含 20%。驗證集應該包含所有 5 折的數據，以達到 100% 的覆蓋率。對於留一交叉驗證，混淆矩陣的實用性更低，因為驗證集僅包含一個觀測值。
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