Hallo zusammen,
Dies mag wirklich grundlegend sein, aber da ich für JMP relativ neu bin, hatte ich einige Probleme mit der Einrichtung eines DOE, mit dem ich eine Reihe von Faktoren bewerten kann, einschließlich der Spalten- und Zeilennummer (und ihrer Wechselwirkung) in einer 24-Well-Platte . Mein Problem war, dass beim Versuch, Spalten und Zeilen in das Design aufzunehmen, einige Positionen möglicherweise zweimal und andere überhaupt nicht angezeigt werden. Wenn ich versuchte, ein Design mit allen anderen Faktoren zu erstellen und dann manuell Positionen zur resultierenden Tabelle und zum Modell hinzuzufügen, waren die VIFs (dh die Co-Linearität) manchmal sehr hoch. Dies könnte auch ein Problem für 96-Well-Assays sein, wenn auch wahrscheinlich weniger, da Replikate vermutlich eher zufällig verteilt würden.
Nachdem ich eine Weile damit zu kämpfen hatte, habe ich anscheinend eine Lösung gefunden, die darin besteht, Spalten und Zeilen als kovariate Faktoren in das Design einzubeziehen. Insbesondere habe ich eine Datentabelle mit allen Zeilen- / Spaltenkombinationen erstellt und mit dieser Tabelle aktiv das benutzerdefinierte Design aus dem DOE-Menü ausgewählt. Dadurch konnte ich Zeilen und Spalten als kovariate Faktoren in das eigentliche Design einbeziehen, und es scheint, dass die Randomisierung jetzt die Positionen berücksichtigt und die Kolinearität in der Designtabelle minimiert.
Beachten Sie, dass Sie, wenn Ihr Entwurf mehr als eine Platte umfasst, die 24 verschiedenen Zeilen- / Spaltenkombinationen so oft kopieren müssen, wie die Anzahl der Platten, die Sie einschließen möchten. Die angehängte Datei "24_plate-9_runs" besteht einfach aus 9x24 Positionen, die ich als Eingabe für das DOE in "24DWP_DOE-Beispiel" verwendet habe. Hier habe ich 3 Platten x 3 Tage als "schwer" bzw. "sehr schwer" eingefügt, um die Faktoren zu ändern, was zu einem Design führte, das es mir ermöglicht, Tag für Tag, Platte für Platte und gut für gut zu bewerten Variation sowie systematische Auswirkungen der Spalten- oder Zeilennummer. Beachten Sie, dass ich im beigefügten Beispiel die Vertiefungspositionen manuell sortiert habe, damit ich das Enzym mit einem Liquid-Handler dosieren kann.
Bitte lassen Sie mich wissen, ob es einen einfacheren Weg gibt, dies zu erreichen, oder ob mein Ansatz aus irgendeinem Grund hinsichtlich der Qualität des resultierenden Designs fehlerhaft ist.
Großartig, es sieht so aus, als ob es funktioniert! Danke für die Eingabe 
Johan
Hallo
Ich bin auch ziemlich neu in DoE und hatte ein ähnliches Problem. Ich fand heraus, dass die Verwendung des D-optimalen Designs als Optimalitätskriterium (benutzerdefiniertes Design (rotes Dreieck) -> Optimalitätskriterium) mir die genaue Verteilung ergab, wenn ich die Zeilen und Spalten als kategoriale Faktoren hinzufügte. Manchmal musste ich die Berechnungszeit erhöhen, um die korrekte Verteilung sicherzustellen (benutzerdefiniertes Design (rotes Dreieck) -> Design-Suchzeit). 60 s waren in meinem Fall genug.
Ich hoffe das hilft,
Katrine
