Ciao a tutti,
Questo potrebbe essere davvero semplice, ma essendo relativamente nuovo a JMP ho faticato un po 'con la creazione di un DOE che mi consentirà di valutare una serie di fattori tra cui il numero di colonna e di riga (e la loro interazione) in una piastra a 24 pozzetti . Il mio problema era che quando provavo a includere colonne e righe nel design, alcune posizioni potevano apparire due volte e altre per niente. Se provassi a fare un progetto includendo tutti gli altri fattori e poi aggiungessi manualmente le posizioni alla tabella risultante e al modello i VIF (cioè la co-linearità) a volte erano davvero alti. Questo potrebbe anche essere un problema per i dosaggi a 96 pozzetti, anche se probabilmente meno perché le repliche verrebbero presumibilmente distribuite maggiormente per coincidenza.
Dopo aver lottato con questo per un po ', apparentemente ho trovato una soluzione che consiste nell'includere colonne e righe nel progetto come fattori covariati. Nello specifico, ho creato una tabella dati con tutte le combinazioni riga / colonne e con questa tabella attiva un design personalizzato selezionato dal menu DOE. Ciò mi ha permesso di includere righe e colonne come fattori covariati nel progetto effettivo e sembra che la randomizzazione ora tenga conto delle posizioni e riduca al minimo la colinearità nella tabella dati.
Nota che se il tuo progetto prevede più piatti di uno, devi copiare le 24 diverse combinazioni riga / colonna tante volte quanto il numero di piatti che desideri includere. Il file allegato "24_plate-9_runs" è semplicemente 9x24 posizioni che ho usato come input per il DOE trovato in "24DWP_DOE-example". Qui, ho incluso 3 piastre x 3 giorni rispettivamente come "Hard" e "Very Hard" per modificare i fattori, risultando in un design che mi permette di valutare giorno per giorno, da piatto a piatto e da pozzetto a pozzetto variazione così come qualsiasi effetto sistematico del numero di colonna o di riga. Si noti che nell'esempio allegato ho ordinato manualmente le posizioni dei pozzetti per permettermi di dosare l'enzima utilizzando un liquid handler.
Per favore fatemi sapere se esiste un modo più semplice per raggiungere questo obiettivo o se per qualche motivo il mio approccio è difettoso in termini di qualità del design risultante.
Fantastico, sembra che funzioni! Grazie per l'input:-)
Johan
Ciao
Sono anche abbastanza nuovo in DoE e ho avuto un problema simile. Ho scoperto che l'utilizzo del D-design ottimale come criterio di ottimalità (Design personalizzato (triangolo rosso) -> Criterio di ottimalità) mi ha fornito la distribuzione accurata quando ho aggiunto le righe e le colonne come fattori categoriali. A volte ho dovuto aumentare il tempo di calcolo per garantire la corretta distribuzione (Design personalizzato (triangolo rosso) -> Tempo di ricerca del design). 60 s sono stati sufficienti nel mio caso.
Spero che aiuti,
Katrine
