Hola a todos,
Esto puede ser realmente básico, pero siendo relativamente nuevo en JMP, he tenido muchos problemas para configurar un DOE que me permita evaluar una serie de factores, incluido el número de columna y fila (y su interacción) en una placa de 24 pocillos. . Mi problema era que cuando intenté incluir columnas y filas en el diseño, algunas posiciones podían aparecer dos veces y otras no. Si intentaba hacer un diseño que incluyera todos los demás factores y luego agregaba manualmente posiciones a la tabla resultante y al modelo, los VIF (es decir, la colinealidad) eran a veces muy altos. Esto también podría ser un problema para los ensayos de 96 pozos, aunque probablemente menos porque las réplicas presumiblemente se dispersarían más por coincidencia.
Después de luchar con esto por un tiempo, aparentemente encontré una solución que consiste en incluir columnas y filas en el diseño como factores covariables. Específicamente, hice una tabla de datos con todas las combinaciones de filas / columnas y con esta tabla activa el diseño personalizado seleccionado en el menú DOE. Esto me permitió incluir filas y columnas como factores covariables en el diseño real y parece que la aleatorización ahora toma en cuenta las posiciones y minimiza la colinealidad en la tabla de diseño.
Tenga en cuenta que si su diseño incluye más placas que una, debe copiar las 24 combinaciones diferentes de filas / columnas tantas veces como la cantidad de placas que desee incluir. El archivo adjunto "24_plate-9_runs" es simplemente 9x24 posiciones que utilicé como entrada para el DOE que se encuentra en "24DWP_DOE-example". Aquí, incluí 3 placas x 3 días como "Difícil" y "Muy Difícil" para cambiar los factores, respectivamente, lo que resultó en un diseño que me permite evaluar el día a día, placa a placa y pozo a pozo. variación, así como cualquier efecto sistemático del número de columna o fila. Tenga en cuenta que en el ejemplo adjunto he ordenado manualmente las posiciones de los pocillos para permitirme dosificar la enzima con un manipulador de líquidos.
Por favor, avíseme si hay una manera más fácil de lograr esto o si por alguna razón mi enfoque es defectuoso en términos de la calidad del diseño resultante.
¡Genial, parece que funciona! Gracias por el aporte:-)
Johan
Hola
También soy bastante nuevo en DoE y tuve un problema similar. Descubrí que el uso del diseño D-óptimo como criterio de optimización (diseño personalizado (triángulo rojo) -> criterio de optimización) me dio la distribución precisa cuando agregué las filas y columnas como factores categóricos. A veces tuve que aumentar el tiempo de cálculo para asegurar la distribución correcta (Diseño personalizado (triángulo rojo) -> Tiempo de búsqueda de diseño). 60 s fue suficiente en mi caso.
Espero que esto ayude,
Katrine
