Salut à tous,
Cela peut être très basique, mais étant relativement nouveau pour JMP, j'ai eu un peu de mal à configurer un DOE qui me permettra d'évaluer un certain nombre de facteurs, y compris le numéro de colonne et de ligne (et leur interaction) dans une plaque à 24 puits. . Mon problème était que lorsque j'essayais d'inclure des colonnes et des lignes dans la conception, certaines positions pouvaient apparaître deux fois et d'autres pas du tout. Si j'essayais de faire une conception incluant tous les autres facteurs, puis d'ajouter manuellement des positions au tableau résultant et au modèle, les VIF (c'est-à-dire la colinéarité) étaient parfois très élevés. Cela pourrait également être un problème pour les dosages à 96 puits, bien que probablement moins, car les répliques seraient probablement plus étalées par coïncidence.
Après avoir lutté avec cela pendant un certain temps, j'ai apparemment trouvé une solution qui consiste à inclure des colonnes et des lignes dans la conception en tant que facteurs de covariable. Plus précisément, j'ai créé une table de données avec toutes les combinaisons de lignes / colonnes et avec cette table active la conception personnalisée sélectionnée dans le menu DOE. Cela m'a permis d'inclure des lignes et des colonnes en tant que facteurs de covariable dans la conception réelle et il semble que la randomisation prend désormais en compte les positions et minimise la colinéarité dans la table de conception.
Notez que si votre conception comporte plusieurs plaques, vous devez copier les 24 combinaisons de lignes / colonnes différentes autant de fois que le nombre de plaques que vous souhaitez inclure. Le fichier joint "24_plate-9_runs" est simplement 9x24 positions que j'ai utilisé comme entrée pour le DOE trouvé dans "24DWP_DOE-example". Ici, j'ai inclus 3 plaques x 3 jours comme "Dur" et "Très difficile" pour changer les facteurs, respectivement, ce qui me permet d'évaluer au jour le jour, plaque à plaque et puits à puits variation ainsi que tout effet systématique du numéro de colonne ou de ligne. Notez que dans l'exemple ci-joint, j'ai trié manuellement les positions des puits pour me permettre de doser l'enzyme à l'aide d'un manipulateur de liquide.
Veuillez me faire savoir s'il existe un moyen plus simple d'y parvenir ou si, pour une raison quelconque, mon approche est imparfaite en termes de qualité du design résultant.
Super, on dirait que ça marche! Merci pour la contribution 
Johan
salut
Je suis également assez nouveau au DoE et j'ai eu un problème similaire. J'ai trouvé que l'utilisation de la conception D-optimale comme critère d'optimalité (conception personnalisée (triangle rouge) -> critère d'optimalité) m'a donné la distribution précise lorsque j'ai ajouté les lignes et les colonnes en tant que facteurs catégoriels. J'ai parfois dû augmenter le temps de calcul pour assurer la bonne distribution (Design personnalisé (triangle rouge) -> Temps de recherche de design). 60 s suffisaient dans mon cas.
J'espère que ça aide,
Katrine
