Complément pour déterminer la réduction de doseLorsque nous introduisons un nouveau produit dans la biomasse, nous le caractérisons souvent en termes de réduction de dose par rapport à un produit de référence. C'est à dire au lieu de déterminer que la même quantité de protéine enzymatique est plus active d'une certaine quantité, nous aimerions déterminer combien moins d'enzyme nous pouvons utiliser tout en obtenant la même activité.
Le plus souvent, nous l'avons fait par une simple lecture de la différence horizontale entre les deux courbes dose-réponse, mais cette approche ne permet aucune évaluation systématique de l'incertitude. Nous avons maintenant développé une méthodologie pour cette finalité, qui est statistiquement un peu plus sonore que la lecture visuelle, et créé un complément qui peut être utilisé pour effectuer rapidement une telle analyse et tracer les résultats. En bref, l'analyse est basée sur l'ajustement de l'équation de Hill aux données dose-réponse pour deux enzymes ou plus.
Toute contribution pour un développement ultérieur est plus que bienvenue. Merci au MTOF et LCK pour leur aide.
Re: Add-in pour déterminer la réduction de doseJe pense vraiment que nous discuterons plusieurs fois la semaine prochaine, c'est sûr!Re: Add-in pour déterminer la réduction de dose @JPKO , Je serai heureux de vous faire une petite démo la semaine prochaine! Vous devez probablement charger le complément Solver dans Excel.
Jesper
Re: Add-in pour déterminer la réduction de dose @ jfri0 : C'est drôle, j'attendais juste que quelqu'un me dise qu'ils l'avaient déjà fait - après tout, les réductions de dose sont une base relativement bien établie pour comparer les produits enzymatiques.
Je n'ai pas pu faire fonctionner votre macro (quelque chose avec une bibliothèque que je n'ai peut-être pas) ou lire la documentation (probablement quelque chose avec LUNA), mais cela pourrait être amusant de comparer les deux approches. J'ai une affiche à ce sujet dans la session d'affiches sur la bioénergie pendant le jamboree la semaine prochaine. Ce serait formidable si vous pouviez trouver le temps de vous arrêter pour discuter. Et cela vaut aussi pour toi @Michael_MXAK 
Re: Add-in pour déterminer la réduction de dose @JPKO Merci! J'ai ajouté le script à NovoJMP Experimental sous Analyse: http://gitlab.nzcorp.net/nznarddatascience/NovoJMPAddin/blob/Experimental/NovoJMP.jmpaddin
@ jfri0 Ew .xls 
Re: Add-in pour déterminer la réduction de dosehttp: //nz/fast/link.pl? luna = 2002-29536
Jesper
Re: Add-in pour déterminer la réduction de doseContent que tu aies aimé! Cela ne me dérangerait pas du tout, si cela ne vous dérange pas mon code sporadiquement documenté non optimisé? De plus, j'ai un peu dérangé avec quelques alternatives à l'utilisation du modèle Hill, et depuis que j'ai publié le complément, je l'ai changé pour utiliser la "croissance mécanique" à la place car il a un paramètre de moins et correspond apparemment aux données ainsi que. Cela pourrait être quelque chose que les utilisateurs voudraient changer, mais je ne l'ai pas implémenté comme une option à ce stade.
Le script complet est collé ci-dessous. Si vous préférez que je le dépose quelque part, faites-le moi savoir.
Johan
// this script will fit a Mecanistic Growth model to any number of dose-response
// data sets with a minimum of 4 observations each, and calculate the percentage
// difference between the dose needed to achieve a given response.
//
// JPKO@novozymes.com - 19/10 2017
//
Names default to here(1);
dt=current data table();
dt << clear Select;
// delete previous prediction columns
col_name_list = dt << get column names(string);
if (contains(col_name_list, "Prediction formula"),
dt<< delete column("Prediction formula" )
);
// ------- create dialog to define columns ----------
dlg = Column Dialog(
Title( "Specify data columns" ),
groupCol = Col List( "Enzyme", Min Col( 1 ), Max Col( 1 ) ),
xCol = Col List( "Dose", Min Col( 1 ), Max Col( 1 ), DataType( "Numeric" ) ),
yCol = Col List( "Response", Min Col( 1 ), Max Col( 1 ), DataType( "Numeric" ) )
);
// check if user decides to quit.
If( dlg["Button"] == -1,
Throw( "User cancelled" )
);
// process information returned from dialog.
Remove From( dlg );
Eval List( dlg );
dt:groupCol << set property( "Row Order Levels", (1) );
// ----- create dialog to determine the response at which the inverse comparison should be made ------
New Window( "Select response",
<<MODAL></MODAL>Re: Add-in pour déterminer la réduction de doseC'est bien, et je pense que cela serait également utile dans les biocarburants 1G! Cela vous dérangerait-il si je l’intégrais dans la suite de modules complémentaires NovoJMP? ( http://gitlab.nzcorp.net/nznarddatascience/NovoJMPAddin )
Si cela vous convient, avez-vous le fichier de script original disponible?
~ Michael
Re: Add-in pour déterminer la réduction de doseVoici un exemple de tableau de données pour montrer la structure nécessaire. Vous trouverez ci-dessous un aperçu du tracé généré.
