Componente aggiuntivo per determinare la riduzione della doseQuando introduciamo un nuovo prodotto nella biomassa, spesso lo caratterizziamo in termini di riduzione della dose rispetto a un prodotto di riferimento. Cioè invece di determinare che la stessa quantità di proteina enzimatica è più attiva di una certa quantità, vorremmo determinare quanto meno enzima possiamo usare e ottenere comunque la stessa attività.
Molto spesso lo abbiamo fatto con una semplice lettura della differenza orizzontale tra le due curve dose-risposta, ma questo approccio non consente alcuna valutazione sistematica dell'incertezza. Abbiamo ora sviluppato una metodologia per questo scopo, che è statisticamente un po 'più sonora della lettura visiva, e abbiamo creato un componente aggiuntivo che può essere utilizzato per eseguire rapidamente tale analisi e tracciare i risultati. In breve, l'analisi si basa sull'adattamento dell'equazione di Hill ai dati dose-risposta per due o più enzimi.
Qualsiasi contributo per un ulteriore sviluppo è più che benvenuto. Grazie a MTOF e LCK per la loro assistenza.
Ri: Add-in per determinare la riduzione della doseSicuramente penso che chatteremo più volte la prossima settimana, di sicuro!Ri: Add-in per determinare la riduzione della dose @JPKO , Sarò felice di darti una piccola demo la prossima settimana! Probabilmente è necessario caricare il componente aggiuntivo Risolutore in Excel.
Jesper
Ri: Add-in per determinare la riduzione della dose @ jfri0 : Divertente, stavo solo aspettando che qualcuno mi dicesse di averlo fatto prima - dopo tutto, le riduzioni della dose sono una base relativamente consolidata per confrontare i prodotti enzimatici.
Non sono riuscito a far funzionare la tua macro (qualcosa con una libreria che potrei non avere) o leggere la documentazione (probabilmente qualcosa con LUNA), ma potrebbe essere divertente confrontare i due approcci. Ho un poster su questo nella sessione poster bioenergetica durante il jamboree della prossima settimana. Sarebbe fantastico se trovassi il tempo di fermarti per una chiacchierata. E questo vale anche per te @Michael_MXAK 
Ri: Add-in per determinare la riduzione della dose @JPKO Grazie! Ho aggiunto lo script a NovoJMP Experimental in Analysis: http://gitlab.nzcorp.net/nznarddatascience/NovoJMPAddin/blob/Experimental/NovoJMP.jmpaddin
@ jfri0 Ew .xls 
Ri: Add-in per determinare la riduzione della dosehttp: //nz/fast/link.pl? luna = 2002-29536
Jesper
Ri: Add-in per determinare la riduzione della doseLieto che ti sia piaciuto! Non mi dispiacerebbe affatto, se non ti dispiace il mio codice documentato sporadicamente non ottimizzato? Inoltre, ho fatto un po 'di confusione con un paio di alternative all'uso del modello Hill e da quando ho pubblicato il componente aggiuntivo l'ho modificato per utilizzare invece la "crescita meccanica" perché ha un parametro in meno e apparentemente si adatta ai dati anche. Potrebbe essere qualcosa che gli utenti vorrebbero cambiare, ma a questo punto non l'ho implementato come opzione.
Lo script completo è incollato di seguito. Se preferisci che lo depositi da qualche parte, fammelo sapere.
Johan
// this script will fit a Mecanistic Growth model to any number of dose-response
// data sets with a minimum of 4 observations each, and calculate the percentage
// difference between the dose needed to achieve a given response.
//
// JPKO@novozymes.com - 19/10 2017
//
Names default to here(1);
dt=current data table();
dt << clear Select;
// delete previous prediction columns
col_name_list = dt << get column names(string);
if (contains(col_name_list, "Prediction formula"),
dt<< delete column("Prediction formula" )
);
// ------- create dialog to define columns ----------
dlg = Column Dialog(
Title( "Specify data columns" ),
groupCol = Col List( "Enzyme", Min Col( 1 ), Max Col( 1 ) ),
xCol = Col List( "Dose", Min Col( 1 ), Max Col( 1 ), DataType( "Numeric" ) ),
yCol = Col List( "Response", Min Col( 1 ), Max Col( 1 ), DataType( "Numeric" ) )
);
// check if user decides to quit.
If( dlg["Button"] == -1,
Throw( "User cancelled" )
);
// process information returned from dialog.
Remove From( dlg );
Eval List( dlg );
dt:groupCol << set property( "Row Order Levels", (1) );
// ----- create dialog to determine the response at which the inverse comparison should be made ------
New Window( "Select response",
<<MODAL></MODAL>Ri: Add-in per determinare la riduzione della doseQuesto è bello e penso che sarebbe utile anche con i biocarburanti 1G! Ti dispiacerebbe se lo integrassi nella suite di componenti aggiuntivi NovoJMP? ( http://gitlab.nzcorp.net/nznarddatascience/NovoJMPAddin )
Se ti va bene, ti capita di avere il file di script originale disponibile?
~ Michael
Ri: Add-in per determinare la riduzione della doseEcco un esempio di tabella dati per mostrare la struttura necessaria. Di seguito è riportato uno screendump del grafico generato.
