Add-In zur Bestimmung der DosisreduktionWenn wir ein neues Produkt in Biomasse einführen, charakterisieren wir dies häufig als Dosisreduktion im Vergleich zu einem Referenzprodukt. Dh Anstatt zu bestimmen, dass dieselbe Menge an Enzymprotein um eine bestimmte Menge aktiver ist, möchten wir bestimmen, wie viel weniger Enzym wir verwenden können und trotzdem dieselbe Aktivität erhalten.
Meistens haben wir dies durch einfaches Ablesen des horizontalen Unterschieds zwischen den beiden Dosis-Wirkungs-Kurven getan, aber dieser Ansatz erlaubt keine systematische Bewertung der Unsicherheit. Wir haben jetzt eine Methodik für diesen Zweck entwickelt, die statistisch gesehen etwas fundierter ist als das visuelle Lesen, und ein Add-In erstellt, mit dem eine solche Analyse schnell durchgeführt und die Ergebnisse aufgezeichnet werden können. Kurz gesagt basiert die Analyse auf der Anpassung der Hill-Gleichung an Dosis-Wirkungs-Daten für zwei oder mehr Enzyme.
Beiträge zur Weiterentwicklung sind herzlich willkommen. Vielen Dank an MTOF und LCK für ihre Unterstützung.
Betreff: Add-In zur Bestimmung der DosisreduktionIch denke definitiv, wir werden nächste Woche sicher mehrmals chatten!Betreff: Add-In zur Bestimmung der Dosisreduktion @ JPKO Ich werde Ihnen nächste Woche gerne eine kleine Demo geben! Sie müssen wahrscheinlich das Solver-Add-In in Excel laden.
Jesper
Betreff: Add-In zur Bestimmung der Dosisreduktion @ jfri0 : Komisch, ich habe nur darauf gewartet, dass mir jemand sagt, dass er das schon einmal gemacht hat - schließlich sind Dosisreduktionen eine relativ gut etablierte Grundlage für den Vergleich von Enzymprodukten.
Ich konnte Ihr Makro nicht zum Laufen bringen (etwas mit einer Bibliothek, die ich möglicherweise nicht habe) oder die Dokumentation lesen (wahrscheinlich etwas mit LUNA), aber es könnte Spaß machen, die beiden Ansätze zu vergleichen. Ich habe ein Poster dazu in der Bioenergie-Postersession während des Jamborees nächste Woche. Es wäre großartig, wenn Sie die Zeit finden würden, um sich zu unterhalten. Und das gilt auch für Sie @ Michael_MXAK 
Betreff: Add-In zur Bestimmung der Dosisreduktion @ JPKO Vielen Dank! Ich habe das Skript unter Analyse zu NovoJMP Experimental hinzugefügt: http://gitlab.nzcorp.net/nznarddatascience/NovoJMPAddin/blob/Experimental/NovoJMP.jmpaddin
@ jfri0 Ew .xls 
Betreff: Add-In zur Bestimmung der Dosisreduktionhttp: //nz/fast/link.pl? luna = 2002-29536
Jesper
Betreff: Add-In zur Bestimmung der DosisreduktionSchön, dass es dir gefallen hat! Es würde mir überhaupt nichts ausmachen, wenn Ihnen mein nicht optimierter, sporadisch dokumentierter Code nichts ausmacht? Außerdem habe ich ein bisschen mit ein paar Alternativen zur Verwendung des Hill-Modells herumgespielt, und seit ich das Add-In veröffentlicht habe, habe ich es geändert, um stattdessen das "mechanische Wachstum" zu verwenden, da es einen Parameter weniger hat und anscheinend zu den Daten passt auch. Dies könnte etwas sein, das Benutzer ändern möchten, aber ich habe es zu diesem Zeitpunkt nicht als Option implementiert.
Das vollständige Skript wird unten eingefügt. Wenn Sie es lieber irgendwo hinterlegen lassen möchten, lassen Sie es mich wissen.
Johan
// this script will fit a Mecanistic Growth model to any number of dose-response
// data sets with a minimum of 4 observations each, and calculate the percentage
// difference between the dose needed to achieve a given response.
//
// JPKO@novozymes.com - 19/10 2017
//
Names default to here(1);
dt=current data table();
dt << clear Select;
// delete previous prediction columns
col_name_list = dt << get column names(string);
if (contains(col_name_list, "Prediction formula"),
dt<< delete column("Prediction formula" )
);
// ------- create dialog to define columns ----------
dlg = Column Dialog(
Title( "Specify data columns" ),
groupCol = Col List( "Enzyme", Min Col( 1 ), Max Col( 1 ) ),
xCol = Col List( "Dose", Min Col( 1 ), Max Col( 1 ), DataType( "Numeric" ) ),
yCol = Col List( "Response", Min Col( 1 ), Max Col( 1 ), DataType( "Numeric" ) )
);
// check if user decides to quit.
If( dlg["Button"] == -1,
Throw( "User cancelled" )
);
// process information returned from dialog.
Remove From( dlg );
Eval List( dlg );
dt:groupCol << set property( "Row Order Levels", (1) );
// ----- create dialog to determine the response at which the inverse comparison should be made ------
New Window( "Select response",
<<MODAL></MODAL>Betreff: Add-In zur Bestimmung der DosisreduktionDas ist schön und ich denke, es wäre auch bei 1G-Biokraftstoffen hilfreich! Würde es Ihnen etwas ausmachen, wenn ich es in die NovoJMP-Add-In-Suite integrieren würde? ( http://gitlab.nzcorp.net/nznarddatascience/NovoJMPAddin )
Wenn Sie damit einverstanden sind, haben Sie zufällig die ursprüngliche Skriptdatei zur Verfügung?
~ Michael
Betreff: Add-In zur Bestimmung der DosisreduktionHier ist eine Beispieldatentabelle, um die benötigte Struktur zu zeigen. Unten sehen Sie einen Screendump des generierten Plots.
