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| 凯尔西·J·米克劳斯 | 您好，欢迎来到 JMP Discovery Online。 今天我将讨论不良事件总结和临床试验分析。 |
| 我是 SAS JMP 生命科学部门高级分析小组的高级经理，我们与客户密切合作，在他们的研究中使用基因组和临床数据。 |
| 因此，在详细介绍使用 JMP 进行不良事件分析之前，我想先介绍一下我们团队创建的 JMP Clinical 软件。 |
| JMP Clinical 是产品系列之一，该产品系列目前包括五种官方产品以及插件，它们可以扩展 JMP，真正让您拥有任意类型的垂直应用程序或 JMP 扩展。 |
| 我的开发团队支持 JMP Genomics 和 JMP Clinical。 JMP Genomics 和 JMP Clinical 分别是基于 JMP 构建的定制垂直应用程序，用于基因组研究和临床试验研究。 |
| 今天我将讨论我们如何在 JMP Clinical 中创建评论和分析 |
| 正在进行临床试验安全性和早期疗效分析的制药行业。 |
| JMP Clinical的最初目的以及这款产品的怂恿实际上是通过对FDA的协助，FDA是JMP的重度用户 |
| 还有他们的 CDER 小组，即药物评价与研究中心。 他们的医学审评员通常使用 JMP 来帮助审阅药物提交。 |
| 他们喜欢它。 他们对此非常有成就。 但他们发现的一件事是，某些重复操作，尤其是在非常标准的临床数据上可能会非常痛苦。 |
| 这里的例子是一种称为“位移图”的想法，用于实验室测量 |
| 您可以将实验室的试验平均值与治疗组的基线进行比较。 为了创建这个，至少需要八到十个步骤 |
| 在 JMP 界面中打开数据，标准化数据，将其子集到基线与试验中，分别为那些将其合并回来的组进行统计，然后通过实验室测试拆分该数据，以便您可以制作此类图对于每个实验室。 |
| 这甚至还没有达到图形生成器中构建它的步骤数。 |
| 所以 JMP 显然可以做到这一点，但我们想做的是解决他们对这种非常标准的临床数据类型的痛苦 |
| 例如，使用一键式实验室班次图。 事实上，我们希望在我们的基础设施中创建临床评论，我们称之为评论构建器 |
| 这些是一键式标准化可重复审查，适用于临床试验研究中评估药物安全性和有效性所需或预期的许多高度通用的标准分析和可视化。 |
| 因此，自从第一次为移位图创建自定义应用程序以来，JMP Clinical 已经不断发展 |
| 成为全方位服务的临床...临床试验分析软件，涵盖医学监测和临床数据科学、医学写作团队、生物识别和生物统计学，以及与临床试验收集相关的研究数据的数据管理。 |
| 这既适用于安全性和有效性，也适用于临床数据收集中可能发现的操作完整性或操作异常。 |
| 我们发现 JMP Clinical 的一些关键功能是 |
| 对于那些使用 JMP 界面进行任何类型分析的人尤其有用 |
| 是诸如虚拟连接之类的东西。 因此，我们有一个全球审查主题过滤器的想法，我将在不良事件演示期间向您展示它， |
| 这确实允许您将临床试验中受试者的人口统计信息或人口统计数据整合并链接到收集的所有临床领域数据。 |
| 这种架构是通过 JMP 接口内的虚拟连接和行状态同步来实现的， |
| 让您能够真正进行即时交互式审查，而在临床试验数据分析中可能进行的所有类型的分析中，只需很少甚至无需进行数据操作。 |
| 我们在软件中添加的另一项新功能也利用了 JMP 数据过滤器的一些功能，以及 |
| 创建 JMP 指标列时，这种能力能够在您交互式审查临床试验数据时， |
| 找到有趣的信号，在这个例子中，显示的屏幕截图是在临床试验中发生严重不良事件的受试者，找到那些有趣的信号， |
| 立即创建一个指标标记，该标记与您在 JMP Clinical 中的研究一起存储在元数据中 |
| 这适用于您可能执行的所有其他类型的分析。 所以你可以说，我现在想查看发生严重不良事件的患者与未发生严重不良事件的患者的实验室结果，看看是否存在可能与不良事件严重程度发生相关的异常情况。 |
| 我还将通过 JMP Clinical 展示的另一个功能以及围绕不良事件分析的演示是 |
| 我们已将 JMP Clinical API 内置到系统中。 提供、创建和开发垂直应用程序最困难的事情之一 |
| 具有开箱即用的一键式报告的是 |
| 你已经完成了 90%，然后客户可能会说，哦，好吧，我真的想调整它，或者我真的想以这种方式查看它，或者我需要更改数据视图的显示方式。 |
| 因此，我们的开发团队一直在努力做的事情之一就是使用 JMP 脚本 JSL |
| 将 API 引入临床审查，控制对象、显示、仪表板、分析，甚至进入临床审查的数据集。 因此，我还将在不良事件分析中展示其中的一些内容。 |
| 现在我们已经了解了 JMP Clinical 的概况，让我们稍微回顾一下不良事件和临床试验的实质内容。 |
| 实际上有两种关键的思考方式。 临床试验的安全审查方面通常是对可能发生的不良事件进行计数和百分比。 |
| 许多医生、监察员或审查员经常使用这些数据来了解医疗异常情况，你知道，某种不良事件开始出现 |
| 更常见的是，使用一种可能具有医学意义的治疗方法。 |
| 还有统计信号检测，即统计评估以不寻常的速度发生的不良事件的想法 |
| 一个治疗组与另一个治疗组的比较。 例如，这里是一个传统的静态表，您可以在围绕临床试验不良事件分析的许多类型的研究、提交或交流中看到该表。 |
| 基本上它是一个带有计数百分比的静态表，如果它更面向统计，您还会看到诸如置信区间和 p 值之类的内容 |
| 围绕比值比、相对风险或利率差异等问题。 |
| 另一种查看方式也可以是视觉方式，而不是使用表格格式，因此信号检测，例如比值比或风险差异 |
| 例如，在这种情况下，可能会使用图形生成器来显示某些不良事件发生率的统计分析结果以及治疗组之间的差异。 |
| 这是两个例子。 事实上，从我们所做的工作以及与我们合作的客户来看，他们如何看待和分析不良事件， |
| JMP 临床系统现在提供几种常见的不良事件分析，从简单的计数和百分比到发生率或发生率 |
| 纳入统计指标，例如风险差异、相对风险、优势比，包括一些暴露调整的事件时间分析。 |
| 我们还可以使我们适合的模型类型变得更加复杂，并真正进入混合模型或贝叶斯模型，以及找到具有不良事件差异的某些信号。 |
| 我们还大量使用这些数据来审查医学写作叙述或患者档案中的医学数据。 |
| 因此，现在我将直接进入 JMP Clinical，并围绕许多常见分析进行回顾。 |
| 因此，您会注意到 JMP Clinical 的一件事是，它看起来并不完全像 JMP，但它确实像。 |
| 它是一个组合的集成解决方案，具有大量自定义 JSL 脚本来构建我们自己的接口类型。 例如，我们的入门窗口列出了研究、评论和设置。 |
| 我已经建立了评论 |
| 这里 |
| 这是使用我们的示例尼卡达平数据。 这是随产品附带的数据。 JMP 示例库中也提供了它。 |
| 这是一项真正的临床试验，研究的是蛛网膜下腔出血。 大约有 900 名患者。 |
| 因此，我们审查的第一个选项卡所关注的只是这些患者的人口统计特征的分布，男性与女性的比例，他们的种族分类， |
| 他们接受的治疗组是什么，数据的获取地点等等。所以这很常见，就像了解临床试验的临床数据的第一步一样。 |
| 您会注意到这里有一个报告导航器，它显示了我们在此构建的审核中可用的其余分析类型。 |
| 我将快速浏览每个选项卡，向您展示我们可以通过临床试验数据集查看不良事件的所有不同方式。 |
| 现在，临床试验收集数据的典型方式是称为 CDISC 格式的国际标准， |
| 这通常意味着我们有一个非常堆叠的数据集格式。 在这里我们可以看到它，每个受试者都有多个记录，表明随着时间的推移可能发生的不同不良事件。 |
| 该数据将与人口统计数据配对，如该人口统计数据所示，每个主题占一行。 我们有大约 900 名患者，您会在第一份报告中看到，我们有大约 5,000 或 5,500 条发生的不同不良事件的记录。 |
| 因此，这可能是许多评估不良事件信号的医学监测人员和医学审查人员最常用的报告。 |
| 我们这里基本上是一个仪表板，它将图形生成器计数图与随附的表格相结合，因为它们习惯于查看此类表格。 |
| 现在，JMP 的真正价值在于其交互性以及直接到数据的动态链接，以便您可以选择数据中的任何位置并在两个位置查看它。 或者更强大的是，您可以通过以下方式控制您的观点 |
| 列切换器。 |
| 现在，我们实际上可以从研究治疗的分布转向性别与种族。 你会注意到种族，如果我们记得的话，我们有很多人 |
| 在这项研究中，白色，所以当我们按百分比或计数查看时，这不是一个很好的图，因此我们可能会标准化并显示百分比。 |
| 我们也可以决定查看不良事件的总体计数。 |
| 使用它作为列切换器的另一部分是能够让您知道对这些事件进行分类。 这是严重的不良事件吗？ 事情的严重程度如何？ |
| 他们康复后的结果是还是没有？ 是什么原因造成的？ 与研究药物有关吗？ |
| 所有这些都是医学审查经常提出的问题，以发现有趣的或异常的信号以及发生的不良事件。 |
| 现在，您可能已经在此仪表板中注意到的一件事是，我在这里有一个控制组作为列切换器，它实际上控制我的图表和表格。 因此，当我切换到严重性时，这张表也会发生变化。 |
| 这是通过大量专门针对我们目的的自定义 JSL 脚本完成的，但是 |
| 我告诉你一个秘密，在 16 中，列切换器的开发人员将允许我们拥有这种类型的灵活性，这样您就可以将多个平台对象绑定到同一个列切换器中以驱动复杂的分析。 |
| 我将回到这个发生图，尽管它看起来很简单。 这是另一个例子，它实际上是在观察总体发生情况，其中某些不良事件可能在同一受试者身上多次发生。 |
| 我将回到这些，但快速浏览一下其余的分析和这些评论，然后再回到简单的图形生成器和表格分布报告的一些复杂性。 |
| 我们审查的下一部分是不良事件事件屏幕。 因此，我们在这里从仅关注计数和频率或可能的发病率来取得进展 |
| 进入更多的统计框架来测试一个治疗组与另一个治疗组中某些不良事件发生率的差异。 |
| 在这里，我们用火山图来表示这一点。 因此，我们实际上可以看到，与安慰剂组相比，接受尼卡地平治疗的治疗组中静脉炎、低血压和等体温尿的发生率更高。 |
| 因此，我们实际上可以选择这些并深入研究不良事件的非常常见的观点，这也是我们对细胞图的相对风险， |
| 当您只查看那些可能具有临床或统计显着差异的有趣信号时，很多时候仍然更容易阅读。 |
| 有时临床试验需要很长时间。 有时他们会持续几周，就像这项研究只有几周，但有时他们会持续数年。 |
| 因此，有时随着试验的进展，考虑不良事件事件的差异是很有趣的。 我们也有这个能力 |
| 发生率屏幕报告，您实际上可以将研究日分成几个部分，以了解不良事件的发生率如何随时间变化。 |
| 证明这一点的一个好方法可能是使用此处的火山爆发图，该图显示了这些信号在研究进展过程中如何变化。 |
| 因此，另一个强有力的想法，特别是当你有更长的临床试验或更复杂的临床试验时， |
| 不是只关注受试者之间的直接发生率，您可以考虑他们发生事件的时间或这些不良事件发生的暴露调整率。 |
| 这就是我们在时间范围内提供的事件分析，再次在火山图中显示，使用 Kaplan Meier 测试在此处查看 |
| 临床试验中发生的某些事件的发生时间的差异。 这里的好处之一是您可以选择这些事件并深入查看 JMP |
| 生存平台，以获得治疗组之间可能具有不同事件结果时间的每种不良事件的完整详细信息。 |
| 事件发生时间的另一种形式通常称为发生密度比，这是曝光调整的发生密度的想法。 基本上，这里的区别在于，它不是使用一些更传统的比例风险或 Kaplan Meier 分析，这更像是 |
| 根据他们实际接触药物的时间进行调整的泊松分布。 我们可以再次查看那些重要信号 |
| 并使用具有不良事件信号检测功能的特定类型模型的广义线性模型深入查看 JMP 中的类似报告。 |
| 实际上，我们甚至提供一些非常复杂的贝叶斯分析。 因此，此类数据的其中一件事通常是不良事件 |
| 存在于某些身体系统或类别......器官类别中。 因此，我们可以将很多帖子或先验知识强加到这些模型中。 因此，我们的一些客户及其生物识别团队决定在查看不良事件时使用相当复杂的模型。 |
| 所以，到目前为止，我们已经从我所说的考虑非常简单的数据分布视图开始了 |
| 进入分布并将不良事件图计算到非常复杂的统计分析中。 |
| 我现在要回来，回到什么是简单的计数和频率信息，我想花一些时间在这里展示我们拥有的 JMP 交互性的强大功能。 |
| 正如您所记得的，这里的区别之一是该表是一个堆叠表，其中包含每个受试者发生的所有不良事件， |
| 我们的人口统计表（我们知道有 900 名受试者）是独立的。 所以我们想要的不是静态图， |
| 就像我们这里的内容，或者 PDF 格式的典型报告中的内容，但我们希望能够交互式地探索我们的数据 |
| 并查看我们的数据子组，看看这些百分比会如何变化。 现在，困难在于百分比计算需要来自不同表中的主题计数。 |
| 因此，我们实际上是通过公式完成的...例如创建列公式来动态控制选择时百分比的重新计算，无论是在分类事件中 |
| 或者，更强大的是，使用我们的评论主题过滤工具。 例如，在这里，我们通过治疗来研究所有受试者。 |
| 也许是严重与不严重的不良事件，但我们可以使用这个全局数据过滤器，它会影响我们审查中的每个主题级别报告 |
| 并立即改变我们的人口统计群体并将我们的百分比更改为 |
| 与这种类型的子组探索互动。 因此，现在我们实际上可以对白人女性进行分组，看看她们的不良事件百分比和才能，或者您可能想更细致地了解每个站点，了解不同站点的数据如何变化。 |
| 因此，我们真正拥有的不是提交包或临床分析，生物识别团队在其中 |
| 将 70 个不同的图表和表格交给医学审阅者进行检查、筛选，他们有能力在一个界面中创建数百个不同的表格、不同的子集和不同的图形。 |
| 事实上，您确实可以筛选出那些有趣的类别。 所以如果他们正在寻找严重的不良事件 |
| 他们想尽快了解与药物治疗相关的严重不良事件，现在我们从 900 名患者中减少到一个非常小的子集 |
| 九名患者经历了被认为与治疗有关的严重不良事件。 因此，作为一名医学评论员，Ithen 可能希望了解这些患者的所有临床细节。 |
| 很快，我就可以使用报告中的一个操作按钮深入了解所谓的完整患者档案。 |
| 因此，我们现在可以看到所有信息，而不是摘要级别，而是在受试者个人级别上随时间推移发生在该患者身上的所有信息， |
| 包括当他们发生严重不良事件时以及同时进行的实验室或重要测量。 |
| 我们的 JMP 临床系统的其他主要用途之一以及医学审查、医学监测是医学写作团队。 因此，用另一种方式来看待这个问题，而不是在图形中甚至在表格中（这些是患者资料表），您实际上可以到这里 |
| 并生成自动叙述。 |
| 所以在这里我们要真正启动 |
| 到我们的不良事件叙事一代。 同样，我们的 JMP Clinical 的优势和价值之一是依赖标准数据的垂直应用程序 |
| 是我们只需通过研究就可以了解所有数据及其预先格式化的方式。 所以我们在这里能做的实际上就是运行这个叙述 |
| 那将会写给我们 |
| 每一个发生的不良事件的真实故事。 |
| 这将打开一个 Word 文档 |
| 其中包含该受试者的所有详细信息、他们的人口统计、他们的病史，以及每个不良事件以及与这些不良事件相关的结果或其他问题。 |
| 我们可以一次为一名患者执行此操作，甚至可以一次为所有 900 名患者执行此操作，包括 |
| 更复杂的细节，例如实验室测量、生命体征、基线或之前。 因此，医学评论家发现，能够标准地获取数据源并且在从数字表到实际叙述的数据传输中不出错是非常有价值的。 |
| 所以我认为仅仅通过这一点你就可以真正看到这些分布视图的一些力量，这些 |
| 计数图可让您深入了解非常精细的数据级别。 这种使用主题过滤器的能力 |
| 查看临床试验中的整个患者群体或您可能发现的相关亚组。 |
| 现在，关于我们的全局过滤器通过虚拟连接工作的方式的一件事是，这只是通常显示有关人口统计信息的信息。 |
| 我们在该系统中编写的其他自定义工具之一是能够选择所有发生严重不良事件的受试者。 |
| 我们可以得出一个人口标志，然后在进一步分析中使用它 |
| 或者我们甚至可以将该受试者的过滤器设置到我们的全局过滤器中，现在我们只关注严重的......发生严重不良事件的受试者，大约......临床试验中的近 300 名患者发生了严重的不良事件。严重不良事件。 |
| 现在，即使是这份报告，您也会看到实际上是经过过滤的。 因此，第二份报告是不良事件分布的不同类型，这是我们最新版本中的新增内容，即发病率。 |
| 在这里，我们的想法不是标准化或除以计算发生事件的受试者数量的百分比。 如果您要在不同国家/地区进行正在进行的试验或长期试验或研究试验，这些试验的启动时间不同， |
| 您可能想实际查看不良事件发生的速度。 这就是它正在计算的。 因此，在这种情况下，我们实际上会细分到任何发生严重不良事件的受试者。 我们可以看到发生率 |
| 在病人的岁月里。 例如，您看，第一个事件在安慰剂组中每 10 个患者年发生大约 86 次，而安慰剂组则为 71 次 |
| 尼卡地平中。 所以这实际上是为了治疗蛛网膜下腔出血，如果你不接受活性药物治疗，颅内压可能会增加。 |
| 这些百分比也是完全动态的，这些发生率。 因此，这些都是由自动输入表格的 JMP 公式完成的 |
| 尊重不同的群体，因为他们是由这个全局过滤器选择的。 因此，我们可以看看美国境内的比率及其变化，例如，包括基于来自美国的患者的标准化患者年数。 |
| 因此，尽管这些报告看起来非常简单，但 JSL 编码的复杂性超出了将其构建到仪表板的范围，这基本上是我们团队整天所做的事情。 |
| 我们尝试这样做，以便您拥有一个仪表板，可以帮助您轻松探索您所知道的数据，而无需进行所有这些可能变得非常复杂的操作。 |
| 现在我想展示的最后一件事就是这个习俗的想法 |
| 报告或定制报告。 因此，这也是展示这一点的好地方，因为我们在这里关注的是不良事件的发生率。 因此，我们正在关注每个事件。 |
| 我们有计数，或者您也可以将其更改为按患者年份发生频率的发生率。 另一种观点可能是真的希望看到这些不良事件随时间的推移而发生。 |
| 所以我想通过我们的临床 API 快速展示这一点。 所以这里的数据表完全可供您使用。 |
| 我首先需要做的事情之一就是创建一个数字日期变量，我们有一个小部件可以在数据表中执行此操作，我将把它转换为数字日期。 现在你会注意到最后有一个新列 |
| 不良事件的数字开始日期时间。 您还会注意到这里所有的力量都来自公式。 这些实际上都是根据创建这些视图的人群动态重新生成的公式。 |
| 现在我们有了包含这些数据的数字日期，现在我们可能想要增强此分析以包括一种新类型的绘图。 |
| 我有一个脚本可以做到这一点。 我马上要做的一件事就是在我们的月份和年份的数据集中创建几个额外的列。 |
| 接下来的 JSL 是我们的临床 API 调用。 我不会详细讨论这一点，除非这是一种让我们陷入困境的方式 |
| 临床审查和访问这些部分。 所以当我运行这段代码时， |
| 它实际上将在我的临床回顾中插入一个新的部分。 现在，我对临床试验中所有受试者逐月发生的不良事件有了新的看法。 |
| 因此，即使使用此自定义视图，权力之一仍然是该表仍然虚拟地加入到我们的主要组中，仍然可以完全 |
| 响应该虚拟连接全局主题过滤器。 因此，只需一点自定义 API JSL 代码，我们就可以获取这些非常标准的开箱即用报告，并使用我们自己的分析类型对其进行自定义。 |
| 所以我知道这是对 JMP Clinical 的大量概述，但是，以及该系统可以执行的临床不良事件分析类型，以及对于在制药行业或制药行业从事临床试验的人员来说很常见的分析， |
| 但我希望即使您不在制药领域工作，也能发现本节有价值且有趣。 最好的之一 |
| JMP Clinical 的示例只是 JSL 的极端扩展和强大功能，可创建令人难以置信的自定义应用程序。 |
| 因此，也许您没有处理不良事件，但您在这里看到的一些内容可以激发您在 JMP 中为您自己的分析类型创建自定义仪表板或自定义插件。 |
| 谢谢。 |
