分割圖我正在幫助一位同事分析一些數據，他以一種簡單的方式設置了他的實驗，但我從未見過這樣的實驗。 他在水族館裡養了珊瑚礁，想看看它們在什麼條件下生長得最好。 通常，你會有很多水箱，每個水箱都有自己的一套條件，但他使用了巨大的水箱（使它們更像“珊瑚礁”），其中水箱內的條件各不相同。 我特意指的是光。 他基本上將珊瑚放置在三個深度，以便它們能夠接收到不同的光照水平。 對我來說，這似乎是裂區設計的經典示例，但對我來說奇怪的是，實際上只有坦克（整個情節）和坦克內的燈光作為子情節，而我見過的大多數例子都是一種治療有效地嵌套在另一種治療中。 觀看了由 Jiang Cao 主持的關於 JMP 混合模型平台的精彩網絡研討會（ https://www.jmp.com/en_us/events/ondemand/mastering-jmp/linear-mixed-models-using-jmp-pro.html ），我已經完整觀看了不少於 5-7 次，看來我只需要在“隨機”混合模型對話框下將水箱嵌套在燈光中即可適應裂區設計。 該設計實際上更複雜，因為存在時間元素，並且對在不同時間點評估的珊瑚進行重複測量，但只要您使用允許隨機效應（例如，不等方差）的重複測量平台，JMP 就可以處理這個問題但不是非結構化的）。
我感到困惑的是（假設我在光中嵌套的水箱是正確的），輸出是：JMP 自動將我的重複測量（隨時間評估的珊瑚碎片）嵌套在我的隨機效應中（見圖）。 並且它被呈現為輕型（坦克）而不是坦克（輕型）。 為什麼重複測量會嵌套在裂區中，Wald p 值非常顯著的事實是否告訴我，由於隨機和重複因素導致的變異如此之高，以至於會出現問題？
實驗設計質量和工藝工程回复：分割圖感謝您的意見和建議。 我應該在最初的文章中更好地解釋這個實驗。 我猜他們之所以選擇這種奇怪的設計，是因為水族館太大了，很難維護，所以他們選擇了幾個帶有分割區的大型水族館，而不是 10-20 個單獨的水族館。 事實上，他們設計的奇怪本質是我這篇文章的主要推動力！
即使在匯總文件中匯集每個罐 x 光 x 食物（n=18 個樣本）內的碎片數據時，您仍然可以看到 1-2 個多元異常值。 其中之一我已經從 PCA 中標記出來了，因為它基本上是獨立存在的。 似乎是增長數據在推動它，所以我需要向學生詢問這一點。 也許有些碎片正在死去。
他們測量了三個級別的光（100、150 和 250 umol/m2/s 光合有效輻射），所以我並不擔心這一點，除非有人爭論這一點，因為深度本質上是不同的（30、20、和 10 厘米）這可能會使研究結果產生偏差。 如果其他東西在深度上發生變化（例如流量），那麼這是一個合理的擔憂。 別的不說，這對我來說是一次學習經歷，因為我從未見過這樣的實驗！ 無論如何，感謝您的所有幫助和建議。
回复：分割圖如果您願意的話，我還有一些額外的意見/問題：
1. 通常情況下，情況很難溝通，而且比最初描述的更複雜。 這並不意味著起訴。 我經常建議以圖形方式描述抽樣計劃。 我原本以為只有1個坦克。 不知道垃圾箱或碎片是什麼......我現在才意識到餵食不是隨機進行的，而且還需要移動到另一個水箱？
認識到所有結論、分析工具、可以回答的問題、對您推斷能力的信心都取決於您獲取數據的方式。
2. 您是否測量過3個深度之間的透光率？ 為什麼使用 3 個深度？ 為什麼不使用兩個極端來估計效果呢？
3. 我發現了多個異常數據點的實例（例如特殊原因）。 在進行任何定量分析之前，應該理解並正確處理這些問題。 我沒有在之前附加的文件中總結其他 Y。 我真的認為在總結之前你需要考慮那些“異常值”。
4.我總是“宣講”分析應該遵循3個步驟：
- 實用：數據有意義嗎？ 與預測相比如何？ 有什麼明顯的規律嗎？ 響應變量的變化是否足以有意義？ 實際意義總是比統計意義更重要。
- 圖形：您正在尋找響應變量中的模式，並將這些模式與自變量的變化進行匹配。 最好以圖形方式完成此操作。
- 定量：好的，所以您想增加對結果的信心。 我認為定量分析有兩個目的：1。 我是否錯過了一些模式，2。 我看到的圖案真的存在嗎？
5.任何時候你有主觀評價，你需要考慮檢查員內部和之間的錯誤。 是的，色標是一個有序數據集。 通過一些思考，使用序數尺度可以大大改善感官知覺。 我就這個主題寫了一些筆記並附上了這些筆記。
6. George Box 曾經告訴我，轉述如下：進行轉換的唯一原因是簡化模型，而不是改進統計分析。
回复：分割圖非常感謝您花這麼多時間查看我的數據。 請允許我回答您的一些問題。
實驗設計基本上是：5 個珊瑚群落分成 25 個 2 g 碎片，其中 18 個碎片用於實驗（n = 90 個珊瑚碎片）。 實際上，我採納了曹健的一些建議來查看嵌套隨機係數特徵，以確保珊瑚基本上都以相似的方式開始（這很可能不是這種情況，因為不同的碎片可能會顯示出從母體珊瑚上撕下來的不同恢復能力） 。
三個水箱中各放置了 30 個珊瑚碎片。 在每個水箱內，三個深度（對應於不同的光照水平）各放置 10 個碎片。 每個輕型x坦克組中的10個菌落中的一半被餵養。飼料實際上是通過將它們運輸到其他地方來完成的，因此每個水箱中並不存在物理分層的輕型食品“箱”。 所以我表中的“垃圾箱”實際上只是“坦克 x 燈 x 食物”= 3 x 3 x 2 = 18 個垃圾箱，每個垃圾箱有 5 個碎片。 換句話說，有六個固定因素治療（食物x光照組）和三個罐。 所以我認為你是對的：它是坦克作為整個情節和輕x食物作為坦克內的次要情節。 片段是重複的主體，時間是重複的度量。 這是否意味著，在混合模型平台的隨機效應下，我應該包括坦克和輕型x食物（坦克）？ 我認為這只是後者，因為光x食物（坦克）實際上是整個設計（嵌套在整個情節中的子情節）。 我已經用這個腳本附加了一個新的數據表。 最後一張可能沒有正確保存。
你的數字看起來和我的很相似。 顯而易見的是，食物的作用似乎比光更強。 事實上，這就是這項研究的要點。 我以前從未見過這些控製圖和變異圖，但這可能是顯示時間和坦克相對影響的好方法。 我通常對所有參數使用預測因子篩選或擬合模型+隨機效應，以不同的方式實現這一點（即哪些因素導致您的響應變化最大）。 實際上，如果你單獨看體重，光的影響比食物更強（這並不重要），這就是為什麼我所附的第二個表中發現的“特定增長率”可能是正確的選擇（即，尺寸增加的相對速率而不是原始尺寸數據）。
有兩個因素相互關聯，以至於顯得多餘。 我想我發送的文件中沒有包含其中之一（TLE）。 基本上，我們以不同的方式研究了 2-3 種尺寸，因為分析珊瑚的尺寸存在令人驚訝的爭議。 但最終，他們對治療的反應相似。 Fv/Fm 是光合作用的代表，雖然具有統計顯著性，但我們討論的範圍是 0.7=平均低至 0.74=平均高。 我在手稿中寫了一句話：“雖然受到實驗因素的影響很大，但尚不清楚這種差異是否具有生物學相關性。” 光合作用的人會屠殺我，因為根據這個響應變量的微小變化來構建巨大的故事已經成為常態（我顯然不同意）。 相比之下，重量在140天內從2克增加到9克（超過4倍），這很可能成為整張紙的賣點，因為它是前所未有的高。
我一直在對明顯非正態分佈的數據進行盒考克斯轉換。 顏色分數本身本質上是排名，我猜這使得顏色分析成為非參數化的。
第二個文件“按時間分割的線性擴展”實際上是“內容”，因為這將所有數據反映為相對或百分比變化（即，時間元素已被刪除）。 Fv/Fm 是個例外，我只顯示文件數據。 有人可能會說，與第二個表中顯示的總體效果相比，實際的時間變化並不那麼重要（並且可能最終會作為在線補充圖），因此我將使用此表嘗試上述分割圖（以及您的匯總摘要文件）。
回复：分割圖回复：分割圖我可能會補充說，在查看了您的情況後，我認為應該將摘要數據分析為裂區，其中坦克位於整個圖中，光和食物的階乘位於子圖中。 可以針對每個時間段進行該分析。 如果您需要幫助來執行此操作，請告訴我。回复：分割圖安德森，
附加的數據集沒有附加任何腳本？
我不知道任何響應變量的實際變化是什麼？ 所以先看數據。 響應變量的變化有沒有實際意義
我已經用 7 個腳本重新附加了您的數據集：
1. 多變量查看 3 個響應變量（還有馬氏離群值圖）。 注意一些異常值。 這些反應應該相關嗎？
2. 簡單的圖形生成器（2 種方法）在您過多擔心統計測試之前查看數據
3. 變異圖 3 個響應變量（按食物著色）
4. 重複範圍圖（我相信有5個？）
我還用我的最佳猜測總結了數據（數據摘要）。 這可以進一步分析，但在這樣做之前你需要先檢查一下。
回复：分割圖你好，
感謝您看到這一點。 我將數據表附加到腳本中，因為這可能會更好地解釋它。 BW=浮力（珊瑚大小），Fv/Fm 和顏色是兩個附加響應變量。 我認為我已經正確設置了重複測量部分（珊瑚碎片是隨著時間的推移反複評估的主題）。 我想我在想坦克實際上被分成了三個地塊，所以我需要在模型中以某種方式適應這一點，因為有人可能會說坦克內的光照水平不是彼此獨立的，因為它們位於同一個複製品中塊（即水箱）。 事實是，餵養效應是如此強烈，無論最終模型是什麼，結果都幾乎不會改變，但我仍然想確保我正確地呈現它！ 也許最重要的是展示坦克和燈光（坦克）的相互作用，以確保坦克之間的燈光效果相似。 我從未進行過這樣的實驗，所以我仍在嘗試解決它！
回复：分割圖抱歉，我可能會補充一點，您甚至可以將此數據視為抽樣計劃。 隨著時間的推移，罐到罐、罐內（與珊瑚到珊瑚/光源混淆）、測量系統（重複）回复：分割圖恕我直言，您不是在處理裂區設計。 你的燈嵌套在水箱裡；光（坦克）。 正如您所描述的那樣，在物理上不可能將坦克嵌套在光內。 隨著時間的推移，多種措施可以通過多種方式進行評估：
1. 創建一個響應變量來描述增長隨時間的變化（可能是直線的斜率，或其他一些變化率指標），
2.將每個時間響應視為一個單獨的響應變量，
3. 將時間視為模型中的隨機變量（不可分配）
我從你的描述中得知，在每個時間段，你也對珊瑚進行了多種測量。 這些將是重複的，可用於評估測量系統（可能與珊瑚變異性混淆）。
