分割图我正在帮助一位同事分析一些数据，他以一种简单的方式设置了他的实验，但我从未见过这样的实验。 他在水族馆里养了珊瑚礁，想看看它们在什么条件下生长得最好。 通常，你会有很多水箱，每个水箱都有自己的一套条件，但他使用了巨大的水箱（使它们更像“珊瑚礁”），其中水箱内的条件各不相同。 我特意指的是光。 他基本上将珊瑚放置在三个深度，以便它们能够接收到不同的光照水平。 对我来说，这似乎是裂区设计的经典示例，但对我来说奇怪的是，实际上只有坦克（整个情节）和坦克内的灯光作为子情节，而我见过的大多数例子都是一种治疗有效地嵌套在另一种治疗中。 观看了由 Jiang Cao 主持的关于 JMP 混合模型平台的精彩网络研讨会（ https://www.jmp.com/en_us/events/ondemand/mastering-jmp/linear-mixed-models-using-jmp-pro.html ），我已经完整观看了不少于 5-7 次，看来我只需要在“随机”混合模型对话框下将水箱嵌套在灯光中即可适应裂区设计。 该设计实际上更复杂，因为存在时间元素，并且对在不同时间点评估的珊瑚进行重复测量，但只要您使用允许随机效应（例如，不等方差）的重复测量平台，JMP 就可以处理这个问题但不是非结构化的）。
我感到困惑的是（假设我在光中嵌套的水箱是正确的），输出是：JMP 自动将我的重复测量（随时间评估的珊瑚碎片）嵌套在我的随机效应中（见图）。 并且它被呈现为轻型（坦克）而不是坦克（轻型）。 为什么重复测量会嵌套在裂区中，Wald p 值非常显着的事实是否告诉我，由于随机和重复因素导致的变异如此之高，以至于会出现问题？
实验设计质量和工艺工程回复：分割图感谢您的意见和建议。 我应该在最初的文章中更好地解释这个实验。 我猜他们之所以选择这种奇怪的设计，是因为水族馆太大了，很难维护，所以他们选择了几个带有分割区的大型水族馆，而不是 10-20 个单独的水族馆。 事实上，他们设计的奇怪本质是我这篇文章的主要推动力！
即使在汇总文件中汇集每个罐 x 光 x 食物（n=18 个样本）内的碎片数据时，您仍然可以看到 1-2 个多元异常值。 其中之一我已经从 PCA 中标记出来了，因为它基本上是独立存在的。 似乎是增长数据在推动它，所以我需要向学生询问这一点。 也许有些碎片正在死去。
他们测量了三个级别的光（100、150 和 250 umol/m2/s 光合有效辐射），所以我并不担心这一点，除非有人争论这一点，因为深度本质上是不同的（30、20、和 10 厘米）这可能会使研究结果产生偏差。 如果其他东西在深度上发生变化（例如流量），那么这是一个合理的担忧。 别的不说，这对我来说是一次学习经历，因为我从未见过这样的实验！ 无论如何，感谢您的所有帮助和建议。
回复：分割图如果您愿意的话，我还有一些额外的意见/问题：
1. 通常情况下，情况很难沟通，而且比最初描述的更复杂。 这并不意味着起诉。 我经常建议以图形方式描述抽样计划。 我原本以为只有1个坦克。 不知道垃圾箱或碎片是什么......我现在才意识到喂食不是随机进行的，而且还需要移动到另一个水箱？
认识到所有结论、分析工具、可以回答的问题、对您推断能力的信心都取决于您获取数据的方式。
2. 您是否测量过3个深度之间的透光率？ 为什么使用 3 个深度？ 为什么不使用两个极端来估计效果呢？
3. 我发现了多个异常数据点的实例（例如特殊原因）。 在进行任何定量分析之前，应该理解并正确处理这些问题。 我没有在之前附加的文件中总结其他 Y。 我真的认为在总结之前你需要考虑那些“异常值”。
4.我总是“宣讲”分析应该遵循3个步骤：
- 实用：数据有意义吗？ 与预测相比如何？ 有什么明显的规律吗？ 响应变量的变化是否足以有意义？ 实际意义总是比统计意义更重要。
- 图形：您正在寻找响应变量中的模式，并将这些模式与自变量的变化进行匹配。 最好以图形方式完成此操作。
- 定量：好的，所以您想增加对结果的信心。 我认为定量分析有两个目的：1。 我是否错过了一些模式，2。 我看到的图案真的存在吗？
5.任何时候你有主观评价，你需要考虑检查员内部和之间的错误。 是的，色标是一个有序数据集。 通过一些思考，使用序数尺度可以大大改善感官知觉。 我就这个主题写了一些笔记并附上了这些笔记。
6. George Box 曾经告诉我，转述如下：进行转换的唯一原因是简化模型，而不是改进统计分析。
回复：分割图非常感谢您花这么多时间查看我的数据。 请允许我回答您的一些问题。
实验设计基本上是：5 个珊瑚群落分成 25 个 2 g 碎片，其中 18 个碎片用于实验（n = 90 个珊瑚碎片）。 实际上，我采纳了曹健的一些建议来查看嵌套随机系数特征，以确保珊瑚基本上都以相似的方式开始（这很可能不是这种情况，因为不同的碎片可能会显示出从母体珊瑚上撕下来的不同恢复能力） 。
三个水箱中各放置了 30 个珊瑚碎片。 在每个水箱内，三个深度（对应于不同的光照水平）各放置 10 个碎片。 每个轻型x坦克组中的10个菌落中的一半被喂养。饲料实际上是通过将它们运输到其他地方来完成的，因此每个水箱中并不存在物理分层的轻型食品“箱”。 所以我表中的“垃圾箱”实际上只是“坦克 x 灯 x 食物”= 3 x 3 x 2 = 18 个垃圾箱，每个垃圾箱有 5 个碎片。 换句话说，有六个固定因素治疗（食物x光照组）和三个罐。 所以我认为你是对的：它是坦克作为整个情节和轻x食物作为坦克内的次要情节。 片段是重复的主体，时间是重复的度量。 这是否意味着，在混合模型平台的随机效应下，我应该包括坦克和轻型x食物（坦克）？ 我认为这只是后者，因为光x食物（坦克）实际上是整个设计（嵌套在整个情节中的子情节）。 我已经用这个脚本附加了一个新的数据表。 最后一张可能没有正确保存。
你的数字看起来和我的很相似。 显而易见的是，食物的作用似乎比光更强。 事实上，这就是这项研究的要点。 我以前从未见过这些控制图和变异图，但这可能是显示时间和坦克相对影响的好方法。 我通常对所有参数使用预测因子筛选或拟合模型+随机效应，以不同的方式实现这一点（即哪些因素导致您的响应变化最大）。 实际上，如果你单独看体重，光的影响比食物更强（这并不重要），这就是为什么我所附的第二个表中发现的“特定增长率”可能是正确的选择（即，尺寸增加的相对速率而不是原始尺寸数据）。
有两个因素相互关联，以至于显得多余。 我想我发送的文件中没有包含其中之一（TLE）。 基本上，我们以不同的方式研究了 2-3 种尺寸，因为分析珊瑚的尺寸存在令人惊讶的争议。 但最终，他们对治疗的反应相似。 Fv/Fm 是光合作用的代表，虽然具有统计显着性，但我们讨论的范围是 0.7=平均低至 0.74=平均高。 我在手稿中写了一句话：“虽然受到实验因素的影响很大，但尚不清楚这种差异是否具有生物学相关性。” 光合作用的人会屠杀我，因为根据这个响应变量的微小变化来构建巨大的故事已经成为常态（我显然不同意）。 相比之下，重量在140天内从2克增加到9克（超过4倍），这很可能成为整张纸的卖点，因为它是前所未有的高。
我一直在对明显非正态分布的数据进行盒考克斯转换。 颜色分数本身本质上是排名，我猜这使得颜色分析成为非参数化的。
第二个文件“按时间分割的线性扩展”实际上是“内容”，因为这将所有数据反映为相对或百分比变化（即，时间元素已被删除）。 Fv/Fm 是个例外，我只显示文件数据。 有人可能会说，与第二个表中显示的总体效果相比，实际的时间变化并不那么重要（并且可能最终会作为在线补充图），因此我将使用此表尝试上述分割图（以及您的汇总摘要文件）。
回复：分割图回复：分割图我可能会补充说，在查看了您的情况后，我认为应该将摘要数据分析为裂区，其中坦克位于整个图中，光和食物的阶乘位于子图中。 可以针对每个时间段进行该分析。 如果您需要帮助来执行此操作，请告诉我。回复：分割图安德森，
附加的数据集没有附加任何脚本？
我不知道任何响应变量的实际变化是什么？ 所以先看数据。 响应变量的变化有没有实际意义
我已经用 7 个脚本重新附加了您的数据集：
1. 多变量查看 3 个响应变量（还有马氏离群值图）。 注意一些异常值。 这些反应应该相关吗？
2. 简单的图形生成器（2 种方法）在您过多担心统计测试之前查看数据
3. 变异图 3 个响应变量（按食物着色）
4. 重复范围图（我相信有5个？）
我还用我的最佳猜测总结了数据（数据摘要）。 这可以进一步分析，但在这样做之前你需要先检查一下。
回复：分割图你好，
感谢您看到这一点。 我将数据表附加到脚本中，因为这可能会更好地解释它。 BW=浮力（珊瑚大小），Fv/Fm 和颜色是两个附加响应变量。 我认为我已经正确设置了重复测量部分（珊瑚碎片是随着时间的推移反复评估的主题）。 我想我在想坦克实际上被分成了三个地块，所以我需要在模型中以某种方式适应这一点，因为有人可能会说坦克内的光照水平不是彼此独立的，因为它们位于同一个复制品中块（即水箱）。 事实是，喂养效应是如此强烈，无论最终模型是什么，结果都几乎不会改变，但我仍然想确保我正确地呈现它！ 也许最重要的是展示坦克和灯光（坦克）的相互作用，以确保坦克之间的灯光效果相似。 我从未进行过这样的实验，所以我仍在尝试解决它！
回复：分割图抱歉，我可能会补充一点，您甚至可以将此数据视为抽样计划。 随着时间的推移，罐到罐、罐内（与珊瑚到珊瑚/光源混淆）、测量系统（重复）回复：分割图恕我直言，您不是在处理裂区设计。 你的灯嵌套在水箱里；光（坦克）。 正如您所描述的那样，在物理上不可能将坦克嵌套在光内。 随着时间的推移，多种措施可以通过多种方式进行评估：
1. 创建一个响应变量来描述增长随时间的变化（可能是直线的斜率，或其他一些变化率指标），
2.将每个时间响应视为一个单独的响应变量，
3. 将时间视为模型中的随机变量（不可分配）
我从你的描述中得知，在每个时间段，你也对珊瑚进行了多种测量。 这些将是重复的，可用于评估测量系统（可能与珊瑚变异性混淆）。
