Trame diviseSto aiutando un collega ad analizzare alcuni dati e lui ha impostato il suo esperimento in modo semplice, ma che non ho mai visto. Aveva coralli di barriera negli acquari e voleva vedere in quali condizioni crescono meglio. Normalmente, avresti avuto molti carri armati, ognuno con il proprio insieme di condizioni, ma ha usato serbatoi enormi (per renderli più "simili a una barriera corallina") in cui le condizioni variavano ALL'INTERNO del serbatoio. Mi riferisco in particolare alla luce. Fondamentalmente ha posizionato i coralli a tre profondità in modo che ricevessero diversi livelli di luce. A me questo sembrerebbe un classico esempio di disegno di una trama divisa, ma ciò che è strano per me è che in realtà c'è solo il carro armato (l'intera trama) e la luce all'interno del carro armato come sottotrama, mentre la maggior parte degli esempi che ho visto sono un trattamento effettivamente annidato all'interno di un altro. Dopo aver visto un fantastico webinar sulla piattaforma di modelli misti di JMP di Jian Cao ( https://www.jmp.com/en_us/events/ondemand/mastering-jmp/linear-mixed-models-using-jmp-pro.html ), che ho visto non meno di 5-7 volte nella sua interezza, sembrerebbe che avrei semplicemente bisogno di nidificare il serbatoio all'interno della luce sotto la finestra di dialogo del modello misto "casuale" per adattare il design della trama divisa. Il progetto è in realtà più complicato perché c'è un elemento temporale e misure ripetute effettuate su coralli che sono stati valutati in momenti diversi, ma JMP può gestirlo fintanto che si utilizza una piattaforma di misure ripetute che consente effetti casuali (ad es. varianze disuguali ma non destrutturato).
Ciò di cui sono confuso (supponendo che il mio annidamento del serbatoio all'interno della luce fosse corretto), è l'output: JMP ha annidato automaticamente la mia misura ripetuta (i frammenti di corallo valutati nel tempo) all'interno del mio effetto casuale (vedi immagine). Ed è stato presentato come light(tank) piuttosto che tank(light). Perché la misura ripetuta viene annidata all'interno della trama divisa e il fatto che il valore p di Wald sia molto significativo mi dice che la mia variazione dovuta a fattori casuali e ripetuti è così alta da essere problematica?
Progettazione di esperimentiQualità e ingegneria di processoRe: Trame diviseGrazie per i consigli e suggerimenti. Avrei dovuto spiegare meglio l'esperimento nel post iniziale. Immagino che abbiano optato per questo strano design perché gli acquari sono così grandi e così difficili da mantenere, quindi hanno scelto di averne alcuni grandi con trame divise, piuttosto che 10-20 singoli. In effetti, la strana natura del loro design è stata l'impulso principale del mio post per cominciare!
Anche quando si riuniscono i dati tra i frammenti all'interno di ogni vasca x luce x cibo (n=18 campioni) nel file di riepilogo, è comunque possibile vedere 1-2 valori anomali multivariati. Uno di loro l'avevo già segnalato dal PCA perché praticamente si ferma da solo. Sembra che siano i dati di crescita a guidarlo, quindi dovrò chiederlo allo studente. Forse alcuni frammenti stavano morendo.
Hanno misurato la luce ai tre livelli (100, 150 e 250 umol/m2/s di radiazione fotosinteticamente attiva), quindi non me ne preoccupo, a meno che non si sostenga che, poiché le profondità erano intrinsecamente diverse (30, 20, e 10 cm, rispettivamente) questo potrebbe falsare i risultati. Questa è una preoccupazione legittima se qualcos'altro varia attraverso le profondità (come il flusso). Se non altro, è stata un'esperienza di apprendimento per me perché non ho mai visto un esperimento impostato in questo modo! Comunque grazie per tutto l'aiuto e i consigli.
Re: Trame diviseSe vuoi concedermi, ho alcuni commenti/domande aggiuntivi:
1. Come spesso accade, la situazione è difficile da comunicare e più complicata di quanto originariamente descritto. Questa non vuole essere un'accusa. Suggerisco spesso di descrivere graficamente il piano di campionamento. Inizialmente pensavo ci fosse solo 1 serbatoio. Non ho idea di cosa fosse un bidone o un frammento... Solo ora sto riconoscendo che l'alimentazione non è stata fatta in modo casuale e che ha richiesto anche il trasferimento in un'altra vasca?
Renditi conto che TUTTE le conclusioni, gli strumenti per analizzare, le domande a cui è possibile rispondere, la fiducia nella tua capacità di estrapolare DIPENDONO da come hai acquisito i dati.
2. Ti è capitato di misurare la trasmittanza luminosa tra le 3 profondità? Perché hai usato 3 profondità? Perché non 2 estremi per stimare l'effetto?
3. Ho trovato più istanze di punti dati insoliti (causa speciale come). Questi dovrebbero essere compresi e quindi gestiti correttamente prima di eseguire qualsiasi analisi quantitativa. Non ho riassunto quelle altre Y nel file che ho allegato prima. Penso davvero che tu debba considerare quei "valori anomali" prima di riassumere.
4. Io "predico" sempre che l'analisi dovrebbe seguire 3 passaggi:
- Pratico: i dati hanno un senso? Come si confronta con le previsioni fatte? Qualche schema evidente? La variabile di risposta è variata abbastanza da essere significativa? La significatività pratica è SEMPRE più importante della significatività statistica.
- Grafico: stai cercando modelli nella variabile di risposta e fai corrispondere tali modelli ai cambiamenti nelle variabili indipendenti. È meglio farlo graficamente.
- Quantitativo: OK, quindi vuoi aumentare la tua fiducia nei risultati. Penso all'analisi quantitativa per 2 scopi: 1. Mi sono perso qualche schema, 2. Lo schema che vedo è davvero lì?
5. Ogni volta che hai una valutazione soggettiva, devi pensare a considerare gli errori all'interno e tra gli ispettori. Sì, la scala dei colori è un insieme di dati ordinali. L'uso di una scala ordinale per la percezione sensoriale può essere notevolmente migliorato con un po' di riflessione. Ho scritto alcune note sull'argomento e le ho allegate.
6. Una volta George Box mi ha detto, parafrasando: L'unica ragione per effettuare la trasformazione è semplificare il modello, non migliorare l'analisi statistica.
Re: Trame diviseGrazie mille per aver passato tutto questo tempo a guardare i miei dati. Permettetemi di rispondere ad alcune delle vostre domande.
Il disegno sperimentale è fondamentalmente: 5 colonie di corallo suddivise in 25 frammenti da 2 g, un sottoinsieme di 18 dei quali è stato utilizzato negli esperimenti (n=90 frammenti di corallo). In realtà ho preso alcuni dei suggerimenti di Jian Cao per esaminare la funzione dei coefficienti casuali di nidificazione per garantire che i coralli essenzialmente iniziassero tutti in modo simile (questo potrebbe benissimo NON essere il caso poiché frammenti diversi potrebbero mostrare un recupero differenziato dall'essere strappati dalla loro colonia madre) .
30 frammenti di corallo sono stati collocati in ciascuna delle tre vasche. All'interno di ciascuna vasca sono stati collocati 10 frammenti a ciascuna delle tre profondità (che corrispondono a diversi livelli di luce). Viene alimentata la metà delle 10 colonie in ciascun gruppo luce x acquario. L'alimentazione viene effettivamente effettuata trasportandoli da qualche altra parte, quindi non è come se ci fosse un "contenitore" luce x cibo fisicamente stratificato in ogni vasca. Quindi "bin" nella mia tabella è in realtà solo "serbatoio x luce x cibo" = 3 x 3 x 2 = 18 contenitori, ciascuno con 5 frammenti. In altre parole, ci sono sei trattamenti a fattore fisso (cibo x gruppi luce) con tre vasche. Quindi penso che tu abbia ragione: è tank come l'intera trama e light x food come sottotrama all'interno del serbatoio. Il frammento è il soggetto ripetuto e il tempo è la misura ripetuta. Ciò significa che, con effetti casuali nella piattaforma del modello misto, dovrei includere tank AND light x food(tank)? Penso che sia solo quest'ultimo poiché light x food (tank) è letteralmente l'intero design (sottotrama nidificata all'interno dell'intera trama). Ho allegato una nuova tabella di dati con questo script. L'ultimo forse non è stato salvato correttamente.
Le tue figure sono simili alle mie. Quello che salta fuori è che il cibo sembra avere un effetto più forte della luce. Questo è il punto principale dello studio, infatti. Non avevo mai visto prima questi grafici di controllo e variabilità, ma questo potrebbe essere un buon modo per mostrare l'influenza relativa del tempo e del serbatoio. Di solito utilizzo lo screening dei predittori o gli effetti casuali del modello di adattamento per tutti i parametri per arrivare a questo in un modo diverso (ad esempio, quali fattori hanno determinato la maggior variazione nelle risposte). In realtà, se guardi solo al peso corporeo, la luce ha un effetto più forte del cibo (che non è significativo), motivo per cui il "tasso di crescita specifico" trovato nella seconda tabella che allego potrebbe essere la strada da percorrere (es. tasso relativo di aumento delle dimensioni piuttosto che dati grezzi sulle dimensioni).
Due fattori correlati tanto da essere ridondanti. Penso di non averne incluso uno (TLE) nel file che ho inviato. Fondamentalmente, abbiamo esaminato la dimensione 2-3 in modi diversi poiché l'analisi della dimensione dei coralli è sorprendentemente contestata. Ma alla fine, rispondono in modo simile al trattamento. Fv/Fm è un proxy per la fotosintesi e, sebbene statisticamente significativo, stiamo parlando di un intervallo da 0,7=media bassa a 0,74=media alta. Ho letteralmente scritto una frase nel manoscritto dicendo che "Sebbene influenzata in modo molto significativo dai fattori sperimentali, non era chiaro se tali differenze fossero biologicamente rilevanti". Le persone della fotosintesi mi macelleranno perché è diventata la norma costruire storie enormi su minuscoli cambiamenti in questa variabile di risposta (con cui ovviamente non sono d'accordo). Al contrario, il peso è aumentato da 2 ga 9 g in 140 giorni (oltre 4 volte), che sarà probabilmente il punto di forza dell'intero giornale perché è senza precedenti.
Sono stato box-cox a trasformare i dati decisamente non distribuiti normalmente. I punteggi dei colori sono essi stessi essenzialmente ranghi, il che suppongo renda l'analisi del colore non parametrica.
Il secondo file "estensione lineare divisa per tempo" è in realtà la "carne" perché riflette tutti i dati come variazione relativa o percentuale (ovvero, l'elemento temporale è stato rimosso). L'eccezione è Fv/Fm, dove mostro solo i dati del file. Si potrebbe obiettare che i cambiamenti temporali effettivi di volta in volta sono meno importanti (e probabilmente finiranno come una cifra supplementare online) rispetto agli effetti complessivi mostrati in questa seconda tabella, quindi proverò la suddetta trama divisa con questa tabella (così come con il tuo file di riepilogo in pool).
Re: Trame diviseRe: Trame divisePotrei aggiungere che dopo aver esaminato la tua situazione, penso che i dati di riepilogo dovrebbero essere analizzati come una trama divisa in cui Tank è nell'intera trama e il fattoriale di luce e cibo è nella sottotrama. Questa analisi potrebbe essere fatta per ogni periodo di tempo. Fammi sapere se hai bisogno di aiuto per farlo.Re: Trame diviseAnderson,
Il set di dati allegato non aveva script allegati?
Non so quale sarebbe un cambiamento pratico in una qualsiasi delle variabili di risposta? Quindi guarda prima i dati. C'è qualche significato pratico per i cambiamenti nelle variabili di risposta
Ho ricollegato il tuo set di dati con 7 script:
1. Multivariata guardando le 3 variabili di risposta (anche il grafico anomalo di Mahalonobis). Nota alcuni dei valori anomali. Queste risposte dovrebbero essere correlate?
2. Semplice costruttore di grafici (2 modi) per guardare i dati prima di preoccuparti troppo dei test statistici
3. Grafico della variabilità 3 variabili di risposta (colorate in base al cibo)
4. Grafico dell'intervallo per le ripetizioni (credo che ce ne siano 5?)
Ho anche riassunto i dati con la mia ipotesi migliore (Riepilogo dati). Questo può essere ulteriormente analizzato, ma è necessario esaminarlo prima di farlo.
Re: Trame diviseCiao,
Grazie per averlo guardato. Sto allegando la tabella dei dati con uno script poiché potrebbe spiegarlo meglio. BW=peso galleggiante (dimensione del corallo) e Fv/Fm e colore sono due ulteriori variabili di risposta. Penso di aver impostato bene la parte delle misure ripetute (il frammento di corallo è il soggetto che viene valutato ripetutamente nel tempo). Immagino di aver pensato che il serbatoio fosse letteralmente diviso in tre trame, quindi avrei dovuto adattarlo in qualche modo nel modello poiché si potrebbe sostenere che i livelli di luce all'interno del serbatoio non sono indipendenti l'uno dall'altro poiché si trovano all'interno della stessa replica blocco (cioè il serbatoio). Il nocciolo della questione è che l'effetto di alimentazione è così forte che non importa quale sia il modello finale, i risultati difficilmente cambiano, ma voglio comunque assicurarmi di presentarlo correttamente! Forse ciò che sarà importante mostrare è l'interazione tra serbatoio e luce (serbatoio) per garantire che gli effetti di luce siano simili tra i serbatoi. Non ho mai organizzato un esperimento come questo, quindi sto ancora cercando di capirci qualcosa!
Re: Trame diviseScusa, potrei aggiungere, potresti anche considerare questi dati come un piano di campionamento. Da serbatoio a serbatoio nel tempo, all'interno del serbatoio (confuso con corallo a corallo/sorgente di luce), sistema di misurazione (ripetizioni)Re: Trame diviseIMHO, non hai a che fare con un design a trama divisa. Hai la luce annidata all'interno del serbatoio; leggero(serbatoio). Sarebbe fisicamente impossibile nidificare il serbatoio all'interno della luce come l'hai descritto. Le molteplici misure nel tempo possono essere valutate in più modi:
1. Creare una variabile di risposta che descriva la variazione della crescita nel tempo (forse la pendenza della linea o qualche altra metrica relativa al tasso di variazione),
2. Tratta ogni risposta temporale come una variabile di risposta separata,
3. Trattare il tempo come una variabile casuale nel modello (che sarebbe non assegnabile)
Presumo dalla tua descrizione che in ogni periodo di tempo hai anche più misure dei coralli. Queste sarebbero ripetizioni e possono essere utilizzate per valutare il sistema di misurazione (possibilmente confuso con la variabilità all'interno del corallo).
