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Es kann keine Liste mit Spalten geladen werden, um eine Kontingenzanalyse durchzuführen

Hallo,

 

Ich möchte eine Kontingenzanalyse durchführen. Ich habe eine Liste von Spaltennamen (Anmerkungen), die für Y verwendet werden sollen. Leider wird mit der (falschen) Synthax nur der erste Spaltenname gelesen und der Rest wird ignoriert.

 

Der Rest des Skripts funktioniert gut.

 

Vorschläge zur Korrektur der Synthax sind willkommen.

 

Vielen Dank

 

Sebastien

 

annotationls = {Name("N(BDNF signaling pathway)"), Name("N(Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes))"), Name("N(Immune system)"), Name("N(Inflammasomes)"), Name("N(Inflammatory response pathway)"), Name("N(Innate immune system)"), Name("N(Integrin alpha-2b beta-3 signaling)"), Name("N(Integrin beta-2 pathway)"), Name("N(Integrin beta-4 pathway)"), Name("N(Integrin beta-5 pathway)"), Name("N(Integrin cell surface interactions)"), Name("N(Integrin family cell surface interactions)"), Name("N(Integrin signaling pathway)"), Name("N(Integrin-linked kinase signaling)"), Name("N(Integrin-mediated cell adhesion)")};

modulals = {Name("Modulation - Abs(Fold change)> 1.5 & LogWorth Adj pvalue> 0.01")};
d={"test_article"};
u={"specimen_material_type"};

DGEsum = Data Table( "summary of DGE" );

enrich=DGEsum<<CONTINGENCY></CONTINGENCY>

SkriptingBetreff: Es kann keine Liste mit Spalten geladen werden, um eine Kontingenzanalyse durchzuführen

Sie sollten die Eval () - Funktion verwenden, um die Eingabelisten zu erweitern.

names default to here(1);

annotationls = {Name("N(BDNF signaling pathway)"), 
 Name("N(Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes))"), 
 Name("N(Immune system)"), Name("N(Inflammasomes)"), 
 Name("N(Inflammatory response pathway)"), 
 Name("N(Innate immune system)"),
 Name("N(Integrin alpha-2b beta-3 signaling)"), 
 Name("N(Integrin beta-2 pathway)"), 
 Name("N(Integrin beta-4 pathway)"), 
 Name("N(Integrin beta-5 pathway)"), 
 Name("N(Integrin cell surface interactions)"), 
 Name("N(Integrin family cell surface interactions)"), 
 Name("N(Integrin signaling pathway)"), 
 Name("N(Integrin-linked kinase signaling)"), 
 Name("N(Integrin-mediated cell adhesion)")
};

modulals = {Name("Modulation - Abs(Fold change)> 1.5 & LogWorth Adj pvalue> 0.01")};
d={"test_article"};
u={"specimen_material_type"};

byList = d||u;

DGEsum = Data Table( "summary of DGE" );

enrich=DGEsum<<CONTINGENCY></CONTINGENCY>