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Impossible de charger une liste de colonnes pour effectuer une analyse d'urgence

Bonjour,

 

Je veux exécuter une analyse de contingence. J'ai une liste de noms de colonnes (annotations) à utiliser pour Y. Malheureusement avec le (mauvais) synthax j'utilise seulement le premier nom de colonne est lu et le reste est ignoré.

 

Le reste du script fonctionne bien.

 

Toute suggestion pour corriger le synthax serait appréciée.

 

Merci

 

Sébastien

 

annotationls = {Name("N(BDNF signaling pathway)"), Name("N(Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes))"), Name("N(Immune system)"), Name("N(Inflammasomes)"), Name("N(Inflammatory response pathway)"), Name("N(Innate immune system)"), Name("N(Integrin alpha-2b beta-3 signaling)"), Name("N(Integrin beta-2 pathway)"), Name("N(Integrin beta-4 pathway)"), Name("N(Integrin beta-5 pathway)"), Name("N(Integrin cell surface interactions)"), Name("N(Integrin family cell surface interactions)"), Name("N(Integrin signaling pathway)"), Name("N(Integrin-linked kinase signaling)"), Name("N(Integrin-mediated cell adhesion)")};

modulals = {Name("Modulation - Abs(Fold change)> 1.5 & LogWorth Adj pvalue> 0.01")};
d={"test_article"};
u={"specimen_material_type"};

DGEsum = Data Table( "summary of DGE" );

enrich=DGEsum<<CONTINGENCY></CONTINGENCY>

ScriptingRe: Impossible de charger une liste de colonnes pour effectuer une analyse de contingence

Vous voudrez utiliser la fonction Eval () pour développer les listes d'entrée.

names default to here(1);

annotationls = {Name("N(BDNF signaling pathway)"), 
 Name("N(Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes))"), 
 Name("N(Immune system)"), Name("N(Inflammasomes)"), 
 Name("N(Inflammatory response pathway)"), 
 Name("N(Innate immune system)"),
 Name("N(Integrin alpha-2b beta-3 signaling)"), 
 Name("N(Integrin beta-2 pathway)"), 
 Name("N(Integrin beta-4 pathway)"), 
 Name("N(Integrin beta-5 pathway)"), 
 Name("N(Integrin cell surface interactions)"), 
 Name("N(Integrin family cell surface interactions)"), 
 Name("N(Integrin signaling pathway)"), 
 Name("N(Integrin-linked kinase signaling)"), 
 Name("N(Integrin-mediated cell adhesion)")
};

modulals = {Name("Modulation - Abs(Fold change)> 1.5 & LogWorth Adj pvalue> 0.01")};
d={"test_article"};
u={"specimen_material_type"};

byList = d||u;

DGEsum = Data Table( "summary of DGE" );

enrich=DGEsum<<CONTINGENCY></CONTINGENCY>