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Marcador de ciclo para datos de ensayos clínicos

 

Marcadores de ciclo para datos de ensayos clínicos

Solución programada y complemento para ciclos de disminución gradual

 

En algunos ensayos, un sujeto recibe una serie de dosis que se reducen de mayor a menor. Dependiendo de la prueba, el sujeto puede recibir múltiples conjuntos de dosis cónicas. Identificar o etiquetar los ciclos es actualmente una tarea tediosa si se realiza manualmente, o una tarea compleja se realiza mediante programación.  En este blog, describiré un método para agregar la anotación de marcador de ciclo a las tablas JMP. Esta versión de la solución está diseñada para ser robusta a los datos de dosis faltantes y las dosis duplicadas. La solución con script se incluye en un complemento JMP que proporciona un método basado en un diálogo de columna sin script para agregar el marcador de columna.

 

 

names default to here(1);

dt = Current Data Table();
//dt = Open( "cm Subset for Cycle Marker Script Testing 2.jmp" );

cnames = dt << Get Column Names( String );

cd = Column Dialog(
 colid = ColList( "Unique Subject ID", max Col( 1 ) ),
 colcmd = ColList( "CM Dose", max Col( 1 ) ),
 colseq = ColList( "CM Dose Sequence", max Col( 1 ) ),
 Text Box(
  "Note: Data will be sorted by USUBJID and CMSEQ. 
         A Cycle Marker column will be added to the end of the data table."
 )
);


Eval( cd[1] ); 
Eval( cd[2] );
Eval( cd[3] );
Show( colid, colcmd, colseq );
cols = Expr( columns() );
subs = Expr(
 subset( all rows, private )
 //subset( all rows )
);
Insert Into( cols, colid[1] );
Insert Into( cols, colcmd[1] );
Insert Into( cols, colseq[1] );
Insert Into( subs, Eval Expr( cols ) );
Show( subs );
dt ss = subs;  

dt ss so = dtss << Sort(
 By( colid[1], colseq[1] ),
 Order( Ascending, Ascending ), 
 Output Table( "Sorted cm" ),private
 //Output Table( "Sorted cm" )
);
Close( dtss, nosave ); //don't need dtss anymore

//Technically we don't know the actual names of the columns yet
Eval Expr( colid[1] ) << set name( "USUBJID" );
Eval Expr( colcmd[1] ) << set name( "CMDOSE" );
Eval Expr( colseq[1] ) << set name( "CMSEQ" );

checkunique = Expr(
 dtssso << New Column( "UniquieCheck", formula( :USUBJID || " " || Char( :CMSEQ ) ) );
 dtssso << New Column( "UC_Count", formula( Col Number( :Name( "UniquieCheck" ), :Name( "UniquieCheck" ) ) ) );
);

makecm = Expr(
 dtssso << New Column( "Cycle Marker",
  Numeric,
  "Continuous",
  Format( "Best", 12 ),
  Formula(
   If( Row() == 1,
    1,
    If( :USUBJID != Lag( :USUBJID, 1 ),
     1,
     If( Is Missing( :CMDOSE ) == 1,
      Lag( :Cycle Marker, 1 ),
      If( :CMDOSE <= Lag( :CMDOSE, 1 ) | Is Missing( Lag( :CMDOSE, 1 ) == 1 ),
       Lag( :Cycle Marker, 1 ),
       Lag( :Cycle Marker, 1 ) + 1
      )
     )
    )
   )
  ),
  Set Selected,
  Set Display Width( 61 )
 )
);
checkunique;

update cm with cycle marker=expr(dt <<
Update(
 With( dtssso ),
 Match Columns( colid[1] = :USUBJID, colseq[1] = :CMSEQ ),
 Add Columns from Update Table( :Cycle Marker )
););

If( Col Maximum( dtssso:UC_Count ) > 1,
 error=New Window( "ERROR", Text Box( "Duplicated data detected across uniquie subject ID and CM sequence" ),
 buttonbox("Acknowledge", error<<CLOSEWINDOW></CLOSEWINDOW>

 

 

  If( Row() == 1,
 1,
 If( :USUBJID != Lag( :USUBJID, 1 ),
  1,
  If( Is Missing( :CMDOSE ) == 1,
   Lag( :Cycle Marker, 1 ),
   If( :CMDOSE <= Lag( :CMDOSE, 1 ) | Is Missing( Lag( :CMDOSE, 1 ) == 1 ),
    Lag( :Cycle Marker, 1 ),
    Lag( :Cycle Marker, 1 ) + 1
   )
  )
 )
)

 

Agregue una columna Cycle Marker a un estudio donde los sujetos reciben múltiples dosis cónicas. Para cada sujeto, a un ciclo cónico se le asigna un número de Marcador de ciclo secuencial.  

Complemento, Script y documentación de Script