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Indicatore di ciclo per dati di sperimentazione clinica

 

Marker di ciclo per dati di sperimentazione clinica

Soluzione con script e componente aggiuntivo per cicli conici verso il basso

 

In alcune prove un soggetto riceve una serie di dosi che sono rastremate dal più alto al più basso. A seconda del processo, il soggetto può ricevere più serie di dosi affusolate. L'identificazione o l'etichettatura dei cicli è attualmente un'attività noiosa se eseguita manualmente o un'attività complessa viene eseguita a livello di programmazione.  In questo blog descriverò un metodo per aggiungere l'annotazione del marker di ciclo alle tabelle JMP. Questa versione della soluzione è stata scritta per essere robusta in caso di dati mancanti sulla dose e dosi duplicate. La soluzione con script è inclusa in un componente aggiuntivo JMP che fornisce un metodo basato su una finestra di dialogo senza script per l'aggiunta del marcatore di colonna.

 

 

names default to here(1);

dt = Current Data Table();
//dt = Open( "cm Subset for Cycle Marker Script Testing 2.jmp" );

cnames = dt << Get Column Names( String );

cd = Column Dialog(
 colid = ColList( "Unique Subject ID", max Col( 1 ) ),
 colcmd = ColList( "CM Dose", max Col( 1 ) ),
 colseq = ColList( "CM Dose Sequence", max Col( 1 ) ),
 Text Box(
  "Note: Data will be sorted by USUBJID and CMSEQ. 
         A Cycle Marker column will be added to the end of the data table."
 )
);


Eval( cd[1] ); 
Eval( cd[2] );
Eval( cd[3] );
Show( colid, colcmd, colseq );
cols = Expr( columns() );
subs = Expr(
 subset( all rows, private )
 //subset( all rows )
);
Insert Into( cols, colid[1] );
Insert Into( cols, colcmd[1] );
Insert Into( cols, colseq[1] );
Insert Into( subs, Eval Expr( cols ) );
Show( subs );
dt ss = subs;  

dt ss so = dtss << Sort(
 By( colid[1], colseq[1] ),
 Order( Ascending, Ascending ), 
 Output Table( "Sorted cm" ),private
 //Output Table( "Sorted cm" )
);
Close( dtss, nosave ); //don't need dtss anymore

//Technically we don't know the actual names of the columns yet
Eval Expr( colid[1] ) << set name( "USUBJID" );
Eval Expr( colcmd[1] ) << set name( "CMDOSE" );
Eval Expr( colseq[1] ) << set name( "CMSEQ" );

checkunique = Expr(
 dtssso << New Column( "UniquieCheck", formula( :USUBJID || " " || Char( :CMSEQ ) ) );
 dtssso << New Column( "UC_Count", formula( Col Number( :Name( "UniquieCheck" ), :Name( "UniquieCheck" ) ) ) );
);

makecm = Expr(
 dtssso << New Column( "Cycle Marker",
  Numeric,
  "Continuous",
  Format( "Best", 12 ),
  Formula(
   If( Row() == 1,
    1,
    If( :USUBJID != Lag( :USUBJID, 1 ),
     1,
     If( Is Missing( :CMDOSE ) == 1,
      Lag( :Cycle Marker, 1 ),
      If( :CMDOSE <= Lag( :CMDOSE, 1 ) | Is Missing( Lag( :CMDOSE, 1 ) == 1 ),
       Lag( :Cycle Marker, 1 ),
       Lag( :Cycle Marker, 1 ) + 1
      )
     )
    )
   )
  ),
  Set Selected,
  Set Display Width( 61 )
 )
);
checkunique;

update cm with cycle marker=expr(dt <<
Update(
 With( dtssso ),
 Match Columns( colid[1] = :USUBJID, colseq[1] = :CMSEQ ),
 Add Columns from Update Table( :Cycle Marker )
););

If( Col Maximum( dtssso:UC_Count ) > 1,
 error=New Window( "ERROR", Text Box( "Duplicated data detected across uniquie subject ID and CM sequence" ),
 buttonbox("Acknowledge", error<<CLOSEWINDOW></CLOSEWINDOW>

 

 

  If( Row() == 1,
 1,
 If( :USUBJID != Lag( :USUBJID, 1 ),
  1,
  If( Is Missing( :CMDOSE ) == 1,
   Lag( :Cycle Marker, 1 ),
   If( :CMDOSE <= Lag( :CMDOSE, 1 ) | Is Missing( Lag( :CMDOSE, 1 ) == 1 ),
    Lag( :Cycle Marker, 1 ),
    Lag( :Cycle Marker, 1 ) + 1
   )
  )
 )
)

 

Aggiungi una colonna Marker di ciclo a uno studio in cui i soggetti ricevono dosi multiple affusolate. A ciascun soggetto viene assegnato un numero di marker di ciclo sequenziale a un ciclo conico.  

Documentazione aggiuntiva, script e script