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Zyklusmarker für klinische Versuchsdaten

 

Zyklusmarker für Daten klinischer Studien

Skriptlösung und Add-In für Verjüngungszyklen

 

In einigen Studien erhält ein Proband eine Reihe von Dosen, die sich von hoch nach niedrig verjüngen. Abhängig von der Studie kann das Subjekt mehrere Sätze von sich verjüngenden Dosen erhalten. Das Identifizieren oder Beschriften der Zyklen ist derzeit eine mühsame Aufgabe, wenn sie manuell ausgeführt wird, oder eine komplexe Aufgabe wird programmgesteuert ausgeführt.  In diesem Blog werde ich eine Methode zum Hinzufügen der Zyklusmarkierungsanmerkung zu JMP-Tabellen beschreiben. Diese Version der Lösung ist so konzipiert, dass sie gegenüber fehlenden Dosisdaten und doppelten Dosen robust ist. Die Skriptlösung ist in einem JMP-Add-In enthalten, das eine skriptlose spaltendialogbasierte Methode zum Hinzufügen der Spaltenmarkierung bereitstellt.

 

 

names default to here(1);

dt = Current Data Table();
//dt = Open( "cm Subset for Cycle Marker Script Testing 2.jmp" );

cnames = dt << Get Column Names( String );

cd = Column Dialog(
 colid = ColList( "Unique Subject ID", max Col( 1 ) ),
 colcmd = ColList( "CM Dose", max Col( 1 ) ),
 colseq = ColList( "CM Dose Sequence", max Col( 1 ) ),
 Text Box(
  "Note: Data will be sorted by USUBJID and CMSEQ. 
         A Cycle Marker column will be added to the end of the data table."
 )
);


Eval( cd[1] ); 
Eval( cd[2] );
Eval( cd[3] );
Show( colid, colcmd, colseq );
cols = Expr( columns() );
subs = Expr(
 subset( all rows, private )
 //subset( all rows )
);
Insert Into( cols, colid[1] );
Insert Into( cols, colcmd[1] );
Insert Into( cols, colseq[1] );
Insert Into( subs, Eval Expr( cols ) );
Show( subs );
dt ss = subs;  

dt ss so = dtss << Sort(
 By( colid[1], colseq[1] ),
 Order( Ascending, Ascending ), 
 Output Table( "Sorted cm" ),private
 //Output Table( "Sorted cm" )
);
Close( dtss, nosave ); //don't need dtss anymore

//Technically we don't know the actual names of the columns yet
Eval Expr( colid[1] ) << set name( "USUBJID" );
Eval Expr( colcmd[1] ) << set name( "CMDOSE" );
Eval Expr( colseq[1] ) << set name( "CMSEQ" );

checkunique = Expr(
 dtssso << New Column( "UniquieCheck", formula( :USUBJID || " " || Char( :CMSEQ ) ) );
 dtssso << New Column( "UC_Count", formula( Col Number( :Name( "UniquieCheck" ), :Name( "UniquieCheck" ) ) ) );
);

makecm = Expr(
 dtssso << New Column( "Cycle Marker",
  Numeric,
  "Continuous",
  Format( "Best", 12 ),
  Formula(
   If( Row() == 1,
    1,
    If( :USUBJID != Lag( :USUBJID, 1 ),
     1,
     If( Is Missing( :CMDOSE ) == 1,
      Lag( :Cycle Marker, 1 ),
      If( :CMDOSE <= Lag( :CMDOSE, 1 ) | Is Missing( Lag( :CMDOSE, 1 ) == 1 ),
       Lag( :Cycle Marker, 1 ),
       Lag( :Cycle Marker, 1 ) + 1
      )
     )
    )
   )
  ),
  Set Selected,
  Set Display Width( 61 )
 )
);
checkunique;

update cm with cycle marker=expr(dt <<
Update(
 With( dtssso ),
 Match Columns( colid[1] = :USUBJID, colseq[1] = :CMSEQ ),
 Add Columns from Update Table( :Cycle Marker )
););

If( Col Maximum( dtssso:UC_Count ) > 1,
 error=New Window( "ERROR", Text Box( "Duplicated data detected across uniquie subject ID and CM sequence" ),
 buttonbox("Acknowledge", error<<CLOSEWINDOW></CLOSEWINDOW>

 

 

  If( Row() == 1,
 1,
 If( :USUBJID != Lag( :USUBJID, 1 ),
  1,
  If( Is Missing( :CMDOSE ) == 1,
   Lag( :Cycle Marker, 1 ),
   If( :CMDOSE <= Lag( :CMDOSE, 1 ) | Is Missing( Lag( :CMDOSE, 1 ) == 1 ),
    Lag( :Cycle Marker, 1 ),
    Lag( :Cycle Marker, 1 ) + 1
   )
  )
 )
)

 

Fügen Sie einer Studie, in der die Probanden mehrere konische Dosen erhalten, eine Cycle-Marker-Spalte hinzu. Für jedes Subjekt wird einem Verjüngungszyklus eine fortlaufende Zyklusmarkierungsnummer zugewiesen.  

Add-In, Skript und Skriptdokumentation