グラフビルダーで階層クラスタリングからカラーマップを再作成するJMPコミュニティの皆様
階層クラスターの双方向クラスター オプションは、各列を個別にスケールする非常に優れたカラー マップを提供します。これにより、高い値を持つ列がある場合でも、残りの列が影を落とすことがなくなります。 一方、グラフビルダーでヒートマップなどのプロットを作成しようとすると、変数が一緒にスケーリングされ、極端なケースのみが表示されるため、多くのデータが失われます。 問題は、階層クラスターがラベルの順序を乱すことです。
では、データ テーブルと同じラベル順序を維持しながら、各変数を個別にスケーリングする独自の機能を備えたカラー マップを再作成するにはどうすればよいでしょうか?
ありがとう！
グラフィックスRe: グラフビルダーで階層クラスタリングからカラーマップを再作成する返信が遅れて申し訳ありません。私はフォーラムに初めて参加します。私は他の人たちの意見に同意します。これを [グラフ]>[セル プロット] で行うと、スケーリングを制御してカスタマイズ可能なヒートマップを作成できます。ただし、簡単なヒントがいくつかあります。まず、スケールを制御する変数を列として、その他の変数を X 次元に持つ行列としてデータを表します。 [グラフの下のセル プロット] を選択した場合は、すべての列変数を [Y、応答] ボックスに配置し、他の変数 (行) がリストされている 1 つの列見出しを選択し、それを (X ではなく) 「ラベル」と表示されるボックスに配置します。 。均一にスケールするという下のボックスの選択を必ず解除してください。これで、すべての Y カテゴリが互いに独立してスケーリングされます。逆さまの赤い三角形をクリックすると、「凡例」を選択して、個々の列のスケールを引き上げることができます。 外れ値の色が他の値を洗い流しているため、単一の列内にまだ問題がある場合は、前の回答でほのめかしたように Z スコアをプロットする必要があります。ただし、それでも色が抜けてしまう可能性はあります。通常、人々が行うことは、許容される上限値と下限値の制限を設定することです。Z 値の場合、通常はその制限を Z =-3 と +3 に設定して、すべての値がその間に収まるようにします。凡例が、値が選択した制限以上 (または以下) である可能性があることを示していることを確認してください。Excel では、数式 = median (-X, cell value, Y) を使用して値を簡単に変換できます。ここで、X と Y は許容される下限と上限です。 この方法で作成したヒートマップの例を添付します。 上限と下限を 3、-3 に設定しているため、スケールはすべて同じに見えます。すべての Y 値の上限と下限が同じである場合は、スケールを均一にチェックするボックスをオンにするとよいでしょう。 ただし、ここでも各列に任意の上限と下限を設定できます。Excel でデータを変換して、プロットする前にこれを手動で行うだけです。 また、ヒートマップを右クリックして、セルまたは正方形の間の境界線を削除することもできます。それが役立つことを願っています。
ミッチ
Re: グラフビルダーで階層クラスタリングからカラーマップを再作成するやあ@ezorlo 、
ビジュアライゼーションから確実に判断することは困難ですが、提供したヒート マップ出力に基づくと、データは「スタック」形式である可能性があります。 クラスタリングはデータを「積み上げた」 (縦長) または「通常どおり」 (横長) のどちらでも実行できるため、データがどのように配置されているかを確認するにはサンプル テーブルを参照すると便利です。 。
作成する「カラー マップ」は、グラフ -> セル プロット プラットフォームを使用して実行できますが、データは「ワイド」形式である必要があります。 私の仮定が正しく、データがスタックされている場合は、[テーブル] -> [分割] ユーティリティを使用して、分割ロールに「開発」、列分割ロールに「データ」、グループに「ラベル」を配置してデータを再配置します。ロール (これらのロールは、提供されたヒート マップ出力に基づいています)。 必要な順序に一致するように、結果のテーブルを再ソートする必要がある場合があります。
次に、新しいテーブルで [グラフ] -> [セル プロット] プラットフォームを使用します。新しいデータ列 (なし、若いなど) を Y、応答ロールに配置し、「ラベル」をラベル ロールに配置します。 これにより、探しているセル プロットが生成されるはずです。
繰り返しになりますが、これがうまくいかない場合は、さらに情報 (できればサンプル データ) を提供する必要があるかもしれません。
-ジェリー
Re: グラフビルダーで階層クラスタリングからカラーマップを再作成するラベルを含む列の行順序プロパティをオンにしてみましたか?
Re: グラフビルダーで階層クラスタリングからカラーマップを再作成するやあ、
私が正しいかどうかはわかりませんが、再作成されたヒートマップは元のスケールを使用している一方で、双方向クラスタリング データは列によって標準化されているように見えます (階層クラスタリングの標準オプション)。
この場合、データ列を選択し、ヘッダーを右クリックし、[新しい数式列] > [分布] > [標準化] を選択することで、データを簡単に標準化できます。 次に、標準化された列をヒートマップの Color 変数として使用します。
お役に立てれば幸いです。
一番、
TS
