分析工具嗨！
我对JMP和统计资料都是陌生的，希望对分析某些数据有帮助（请参阅附件）。
我是一名微生物学家，在每个发酵罐的2个不同载玻片上，对4种不同发酵产生的细菌进行了染色。染色导致细胞结构变色，我在每个载玻片上拍摄了两张照片。我现在想知道：
1）如果照片上染色的细胞结构数量的差异取决于发酵罐（A / B / C / D）或仅取决于载玻片。
2）如果发酵罐之间的染色结构总量差异显着。
如何在JMP中执行此操作？我非常感谢您的帮助！
最好的祝福，
乌利卡
分析工具回复：分析我只需要说这种进行研究然后考虑进行分析的常见做法是有风险的。这是倒退。确保来自研究的数据将支持分析的唯一方法是从考虑分析开始！
图片是最低级别的试点 ”，因此请勿直接进入分析。它们将用于估计在任何假设检验中使用的实验误差。幻灯片是实验单元的下一个级别，并以“ 随机效应 。”因此，实际上您有一个具有四个级别的分类发酵罐，另一个（嵌套的）分类因子Slide具有两个级别。我假设这是仅有的四个发酵罐，所以您想了解固定效果（例如，发酵罐A的响应是否高于其他发酵罐）。通过“方差的双向分析”可以轻松处理这种情况。
我只是看了你的数据表。似乎是从电子表格导入的，可能是因为缺少了在设计JMP实验时由JMP创建的预期列属性。而且，排序消除了检查误差的独立性以验证回归模型假设的可能性。排序还引出了您如何实际运行研究的问题：它是完全随机的还是某些因素发生的变化更少？这个答案在分析中有很大的不同。
这是这种模型的结果：
发酵罐或载玻片之间似乎没有显着差异。我为“拟合模型”对话框和“拟合最小二乘”平台附加了修改后的数据表和保存的脚本。
回复：分析加到 @马克贝利的绝佳建议，以下是一些需要考虑的事项：
1。响应变量（彩色结构）的多少变化具有实际意义？您关心或具有科学意义的最小变化增量是多少？
2。图片可以被认为是测量系统的组成部分。 图片如何处理？如何从图片中量化响应？
3。 这是数据集的变异图：
如您所见，有很多可变性幻灯片内 s 4和8（此测量错误吗？）。 这最终将对任何定量分析产生重大影响。 这也可能使检测发酵罐之间的变异性变得困难。
回复：分析非常感谢 @markbailey 您的帮助！您真的让我以另一种方式看待我的数据。图片中彩色结构的计数是手动执行的，但是图片由我的同事编码以避免任何偏差。从一种发酵物中同时对两张载玻片进行染色，从而产生不同的载玻片。然后对另外两个载玻片进行染色，但对另一个发酵液进行染色等等。是的，数据是从Excel工作表导入的。
我将调查您在这里写的内容，并阅读更多有关统计的信息。再次感谢您的帮助！
最好的祝福，
乌利卡
回复：分析非常感谢 @statman 供您输入！
我不确定h 因为响应变量的大部分变化都具有实际意义。我希望看到发酵罐之间的差异比我获得的:)大。谢谢你的情节！更清楚地表明，我可能无法看到该实验的任何区别。
最好的祝福，
乌利卡
