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Placa de pocillos Multiplex MSD de 96 con archivo de mapa de puntos

Utilicé sus archivos y creé un archivo de mapa para placas multiplexadas de 96 pocillos MSD con 10 puntos por pocillo. He nombrado los 10 puntos "1" a "10" y el conjunto "11", todo en la columna ID de pieza. Los ID de forma siguen siendo los 96 pocillos que utilizan la notación LetterNumber.Esto se ve EXCELENTE, pero cuando voy a usarlo, especificando el pozo en cuanto a la función del mapa, solo coloreo todo el pozo, no los puntos individuales dentro de cada pozo.¿Cómo accedo a la parte de ID de pieza del archivo de forma en la función del mapa?

 

Gracias,

Martín

@Mark_Bailey

Re: Placa de pocillos Multiplex MSD de 96 con archivo de mapa de puntos

Si, eso es correcto. Hay una columna que usa el mismo nombre que la que se usa para definir el Nombre y el archivo XY. Podrías crear un esquema fácil de usar basado en la concatenación. Fácil para ti (Pozo y Spot), fácil para JMP (Ubicación). Por ejemplo:

 

Capture.JPG

 

Entonces, el valor de ubicación es el nombre utilizado en los archivos Nombre y Forma XY. Pero el plan depende totalmente de usted. Intenté hacer que mi esquema original fuera lo más sencillo y sencillo posible porque tenía la intención de publicarlo en la comunidad JMP.

Re: Placa de pocillos Multiplex MSD de 96 con archivo de mapa de puntossi te entiendo @Mark_Bailey , Cada uno de mis 10 puntos dentro de cada uno de los 96 pocillos obtendrá su propia ID de forma (960 en total). Esto significa que necesito darle a cada forma un nombre único en el archivo Nombre. Normalmente, mis análisis tienen dos columnas: una para Bueno, por ejemplo, B5 o H10, y otra para Spot, por ejemplo, 1 u 8. Supongo que tendré que crear una nueva columna en mi tabla de análisis que utilice un identificador de pozo/punto y pueda hacer coincidir con la segunda columna del archivo de nombre del mapa. ¿Es eso correcto? ¿O hay alguna manera de tener dos columnas en el archivo de nombre del mapa que representen el pozo y el lugar que puedan usarse en la función del mapa en mi tabla de análisis?Re: Placa de pocillos Multiplex MSD de 96 con archivo de mapa de puntos

Sí, esa es la idea. Pero no tienes áreas no contiguas. El ID de pieza siempre será 1.

 

La forma correspondiente a una única respuesta es una mancha en el pozo. Es de suponer que cada forma tiene solo una parte. Este mapeo uno a uno es el mismo que usé para la placa original.

Re: Placa de pocillos Multiplex MSD de 96 con archivo de mapa de puntosDe acuerdo. ¿Para qué se utiliza entonces el ID de pieza? ¿Solo para áreas no contiguas, por ejemplo, EE. UU. con los EE. UU. continentales, Hawái y Alaska como parte del mismo país?

Entonces, ¿el ID de forma representaría el país y el ID de pieza serían solo las áreas no contiguas?

Gracias por la ayuda.Re: Placa de pocillos Multiplex MSD de 96 con archivo de mapa de puntos

Pido disculpas. Cometí un error. El mapa de un valor de respuesta a una forma es clave. Por lo tanto, no debes utilizar la función de pieza para cada lugar. Cada punto debe tener su propia forma. Entonces el mapeo funcionará.

Re: Placa de pocillos Multiplex MSD de 96 con archivo de mapa de puntos

Entonces, las formas a las que se hace referencia en su tabla de datos se basan en la segunda columna del archivo Nombre, ¿verdad?Este es un clip de mi archivo de nombre:

Martin_0-1590164395266.png

 

pero lo que hice fue agregar 10 ID de pieza adicionales (uno para cada punto dentro de cada uno de los 96 pocillos) para cada ID de forma en mi archivo XY.Entonces, para cada ID de forma en el archivo XY, tengo 11 ID de pieza (10 para puntos y 1 para el círculo exterior).Mi gráfico final se ve así:

Martin_1-1590164672420.png

 

Para utilizar los puntos individuales, en lugar de los 96 pocillos externos, ¿cómo utilizamos la combinación de Número de pozo y Número de punto?Pensé que era con diferentes ID de pieza, pero parece que no puedo usarlos.

 

 

 

Re: Placa de pocillos Multiplex MSD de 96 con archivo de mapa de puntos

Graph Builder utiliza archivos de formas para representar datos con una interpretación geométrica. Las formas están definidas por dos tablas de datos JMP (Nombre y XY). JMP publicó la especificación para el formato requerido de estos archivos. JMP se instala con muchos pares de archivos de formas para entidades geográficas. Pero puedes crear tus propios archivos de formas para cualquier geometría personalizada. Sólo necesitas seguir las especificaciones y debería funcionar sin ningún problema.

 

Utilicé la especificación para crear archivos de formas para placas estándar de 96 pocillos. La especificación proporciona los medios para que cada forma esté compuesta por más de una parte. Por lo tanto, podría crear sus propios archivos de formas con 10 partes (punto) por forma (pozo de placa) para mostrar sus datos anidados.

Re: Placa MSD Multiplex de 96 pocillos con archivo de mapa de puntos

Según lo que has descrito, parece que tu archivo de forma está configurado correctamente con 10 partes individuales (puntos) por pocillo, etiquetadas del 1 al 10, además del pocillo completo, etiquetado como "11" en la columna "ID de pieza". El problema radica en que, al asignar "Pozo" como Rol de Mapa, JMP solo reconoce el pocillo completo y no los puntos individuales que lo componen. Esto se debe a que JMP utiliza el valor del Rol de Mapa para que coincida con el de la columna " Nombre" de tu archivo de forma, no con el de la columna "ID de pieza" .

Para visualizar puntos individuales dentro de cada plantilla de placa de 96 pocillos , deberá asegurarse de que cada punto (es decir, cada parte dentro de un pocillo) tenga un identificador único que combine la información del pocillo y del punto en un formato que coincida con su tabla de datos. Por ejemplo, puede concatenar la posición del pocillo (como A1, B1, etc.) con el número de punto (algo como "A1_1", "A1_2", etc.) y usar ese valor combinado tanto en la columna Nombre de su archivo de forma como en su tabla de datos. Luego, en el Constructor de Gráficos, puede asignar este valor combinado como la Función de Mapa y JMP asignará cada punto individualmente.

Me encontré con una situación similar con un panel de citocinas: necesitaba mostrar la intensidad de la señal por punto en una plantilla de placa de 96 pocillos , y usar esta estrategia de nomenclatura funcionó a la perfección. Si necesitas un punto de partida visual o inspiración, este sitio ofrece diversas plantillas que me ayudaron a revisar la lógica de mi diseño.

Re: Placa de 96 pocillos MSD multiplex con archivo de mapa de puntos

El punto clave es que la función de mapeo debe hacer referencia al campo que identifica las partes individuales de la forma, en lugar de solo al pozo principal. Dado que su archivo de forma contiene 10 identificadores puntuales más el identificador general del pozo en la columna ID de parte, el mapeo solo por pozo tratará la forma completa de 96 pozos como un solo objeto.

Mantendría los identificadores de pozo y punto separados en la tabla de datos y crearía una clave de mapeo única que combine ambos valores. Luego, usaría esa misma clave de forma consistente en la definición de forma y el rol de mapeo. Esto debería permitir que JMP distinga, por ejemplo, A01-1 de A01-2, conservando A01 como el pozo principal.

Este tipo de mapeo de placas estructurado también facilita la verificación de coordenadas y diseños antes de importarlos a JMP. Una plantilla de placa de 96 pozos ( https://96wellplatetemplate.com ) puede ser útil para comprobar la disposición estándar de pozos A-H y 1-12 junto con la estructura de puntos personalizada, especialmente al validar un diseño multiplex.

Lo importante es asegurarse de que el valor utilizado por Map Role corresponda al identificador de forma individual, y no solo al ID de forma que representa los 96 pozos.