マルチプレックス MSD 96 ウェル プレート (スポット マップ ファイル付き)あなたのファイルを使用して、ウェルあたり 10 個のスポットを持つ MSD 96 ウェル マルチプレックス プレート用のマップ ファイルを作成しました。 Part ID 列では、10 個のスポットに「1」から「10」、ウェル全体に「11」という名前を付けました。 Shape ID はすべて、LetterNumber 表記を使用した 96 ウェルのままです。これは素晴らしく見えますが、実際に使用してみると、マップ ロールに関しては、各ウェル内の個々のスポットではなく、ウェル全体に色を付けるだけです。マップ ロールのシェイプ ファイルのパーツ ID 部分にアクセスするにはどうすればよいですか?
ありがとう、
マーティン
@Mark_Bailey
Re: スポット マップ ファイル付きマルチプレックス MSD 96 ウェル プレートはい、その通りです。 名前と XY ファイルの定義に使用されたものと同じ名前を使用する列が 1 つあります。 連結に基づいて使いやすいスキームを作成できるかもしれません。 あなたにとっては簡単（井戸とスポット）、JMPにとっても簡単（場所）。 例えば：
Capture.JPG
したがって、場所の値は、名前ファイルと XY シェイプ ファイルで使用される名前になります。 しかし、その計画は完全にあなた次第です。 JMP コミュニティでリリースするつもりだったので、元のスキームをできるだけわかりやすく簡単にしようとしました。
Re: スポット マップ ファイル付きマルチプレックス MSD 96 ウェル プレート私があなたのことを理解できたら@Mark_Bailey , 96 個のウェルのそれぞれ内の 10 個のスポットには、それぞれ独自の Shape ID (合計 960) が付けられます。 これは、Name ファイルで各シェイプに一意の名前を付ける必要があることを意味します。 通常、私の分析には 2 つの列があります。1 つはウェル (例: B5 または H10) で、もう 1 つはスポット (例: 1 または 8) です。 分析テーブルに井戸/スポット識別子を使用する新しい列を作成する必要があると思います。マップ名ファイルの 2 番目の列と一致させることができます。 あれは正しいですか？ または、分析テーブルのマップの役割で使用できるウェルとスポットを表すマップ名ファイルに 2 つの列を作成する方法はありますか?Re: スポット マップ ファイル付きマルチプレックス MSD 96 ウェル プレートはい、それがアイデアです。 ただし、不連続な領域はありません。 パーツ ID は常に 1 になります。
単一の応答に対応する形状はウェル内のスポットです。 それぞれの形状には、おそらく部品が 1 つだけあります。 この 1 対 1 マッピングは、元のプレート ウェルに使用したものと同じです。
Re: スポット マップ ファイル付きマルチプレックス MSD 96 ウェル プレートわかりました。 では、パーツ ID は何に使用されるのでしょうか? 隣接していない地域、たとえば米国本土、ハワイ、アラスカがすべて同じ国の一部である米国のみですか?
つまり、Shape ID は国を表し、Part ID は単に不連続な領域を表すことになるのでしょうか?
助けてくれてありがとう。Re: スポット マップ ファイル付きマルチプレックス MSD 96 ウェル プレート謝罪します。 私が間違えました。 応答値を形状にマップすることが重要です。 したがって、スポットごとにパーツ機能を使用するべきではありません。 それぞれのスポットは独自の形状である必要があります。 その後、マッピングが機能します。
Re: スポット マップ ファイル付きマルチプレックス MSD 96 ウェル プレートデータ テーブルで参照される図形は、Name ファイルの 2 番目の列に基づいているということですね。これは私の Name ファイルからのクリップです。
Martin_0-1590164395266.png
しかし、私がやったのは、XY ファイルの各形状 ID に対して 10 個のパーツ ID (96 ウェルのそれぞれ内のスポットごとに 1 つ) を追加することです。したがって、XY ファイル内の各シェイプ ID に対して、11 個のパーツ ID (スポットに 10 個、外側の円に 1 個) があります。最終的なグラフは次のようになります。
Martin_1-1590164672420.png
外側の 96 ウェルではなく個々のスポットを使用するには、ウェル番号とスポット番号の組み合わせをどのように使用すればよいでしょうか?パーツIDが違うのかと思いましたが、使用できないようです。
Re: スポット マップ ファイル付きマルチプレックス MSD 96 ウェル プレートグラフ ビルダーは、シェイプ ファイルを使用して、幾何学的解釈でデータをレンダリングします。 形状は 2 つの JMP データ テーブル (名前と XY) によって定義されます。 JMP は、これらのファイルに必要な形式の仕様を公開しました。 JMP は、地理的エンティティのシェープ ファイルの多数のペアとともにインストールされます。 ただし、任意のカスタム ジオメトリ用に独自のシェイプ ファイルを作成できます。 仕様に従うだけで問題なく動作するはずです。
この仕様を使用して、標準の 96 ウェル プレート用の形状ファイルを作成しました。 この仕様では、各形状を複数の部品で構成するための手段を提供します。 したがって、ネストされたデータを表示するために、形状 (プレート ウェル) ごとに 10 個のパーツ (スポット) を含む独自の形状ファイルを作成できます。
Re: スポットマップファイル付きマルチプレックス MSD 96 ウェルプレートご説明いただいた内容から判断すると、シェイプファイルは、ウェルごとに10個のパーツ（スポット）（それぞれ1～10のラベルが付けられている）と、パーツID列に「11」のラベルが付けられたウェル全体で構成され、正しく設定されているようです。問題は、「ウェル」をマップロールに割り当てると、JMPがウェル全体しか認識せず、ウェル内の個々のスポットを認識しないことです。これは、JMPがマップロールの値を使用して、シェイプファイルのパーツID列ではなく名前列の値と照合するためです。
96ウェルプレートテンプレート内の個々のスポットを視覚化するには、各スポット（つまり、ウェル内の各部分）に、データテーブルと一致する形式でウェルとスポットの情報を組み合わせた一意の識別子を割り当てる必要があります。例えば、ウェルの位置（A1、B1など）とスポット番号（「A1_1」、「A1_2」など）を連結し、その結合した値をシェイプファイルの「名前」列とデータテーブルの両方で使用します。その後、グラフビルダーでこの結合した値をマップの役割に割り当てると、JMPは各スポットを個別に照合します。
サイトカインパネルで、 96ウェルプレートテンプレート上のスポットごとにシグナル強度を表示する必要があった際に、同様の状況に遭遇しました。この命名戦略は完璧に機能しました。視覚的な出発点やインスピレーションが必要な場合は、このサイトで様々なテンプレートを提供しており、レイアウトロジックを再確認するのに役立ちました。
件名：マルチプレックスMSD 96ウェルプレート（スポットマップファイル付き）重要な点は、マップロールが親ウェルだけでなく、個々の形状パーツを識別するフィールドを参照する必要があるということです。形状ファイルには10個のスポットIDとパーツID列に全体のウェルIDが含まれているため、ウェルのみでマッピングすると、96個のウェルからなる形状全体が単一のオブジェクトとして扱われてしまいます。
データテーブルでは、井戸とスポットの識別子を分けて管理し、両方の値を組み合わせた一意のマッピングキーを作成します。そして、そのキーを形状定義とマップロールで一貫して使用します。そうすることで、JMPはA01-1とA01-2を区別しつつ、A01を親井戸として保持できるようになります。
このタイプの構造化されたプレートマッピングを使用すると、JMPにインポートする前に座標とレイアウトを簡単に確認できます。96ウェルプレートテンプレート（ https://96wellplatetemplate.com ）は、特にマルチプレックスレイアウトを検証する際に、カスタムスポット構造と並行して標準的なA～Hおよび1～12ウェルの配置を確認するのに役立ちます。
重要なのは、マップロールで使用される値が、96個の井戸を表すシェイプIDだけでなく、個々のシェイプ識別子に対応していることを確認することです。
