Piastra MSD multiplex da 96 pozzetti con file mappa spotHo utilizzato i tuoi file e creato un file di mappa per piastre multiplex MSD a 96 pozzetti con 10 punti per pozzetto. Ho denominato i 10 punti da "1" a "10" e l'intero pozzo "11" nella colonna ID parte. Gli Shape ID sono ancora tutti i 96 pozzetti che utilizzano la notazione LetterNumber.Sembra FANTASTICO, ma quando lo uso, specificando Bene come per il Ruolo della mappa, colorerò solo l'intero pozzo, non i singoli punti all'interno di ciascun pozzo.Come posso accedere alla parte ID parte del file di forma nel ruolo mappa?
Grazie,
Martino
@Mark_Bailey
Ri: Piastra Multiplex MSD da 96 pozzetti con file mappa spotSi, è corretto. Esiste una colonna che utilizza lo stesso nome di quella utilizzata per definire il Nome e il file XY. Potresti creare uno schema facile da usare basato sulla concatenazione. Facile per te (Well and Spot), facile per JMP (Location). Per esempio:
Capture.JPG
Quindi il valore della posizione è il nome utilizzato nei file Nome e forma XY. Ma lo schema dipende interamente da te. Ho cercato di rendere il mio schema originale il più semplice e diretto possibile perché intendevo pubblicarlo nella comunità JMP.
Ri: Piastra Multiplex MSD da 96 pozzetti con file mappa spotSe ti capisco @Mark_Bailey , Ciascuno dei miei 10 punti all'interno di ciascuno dei 96 pozzetti avrà il proprio Shape ID (960 in tutto). Ciò significa che devo assegnare a ciascuna forma un nome univoco nel file Nome. Normalmente le mie analisi hanno due colonne: una per Bene, ad esempio B5 o H10, e una per Spot, ad esempio 1 o 8. Immagino che dovrò creare una nuova colonna nella mia tabella di analisi che utilizzi un identificatore Pozzo/Punto e posso abbinarla alla seconda colonna del file Nome della mappa. È corretto? Oppure esiste un modo per avere due colonne nel file Nome della mappa che rappresentano Well e Spot che possono essere utilizzate nel ruolo della mappa nella mia tabella di analisi?Ri: Piastra Multiplex MSD da 96 pozzetti con file mappa spotSì, questa è l'idea. Ma non ci sono aree non contigue. L'ID della parte sarà sempre 1.
La forma corrispondente ad una singola risposta è un punto nel pozzo. Ogni forma ha presumibilmente solo una parte. Questa mappatura uno a uno è la stessa che ho usato per il pozzetto della piastra originale.
Ri: Piastra Multiplex MSD da 96 pozzetti con file mappa spotOK. A cosa serve allora l'ID parte? Solo per aree non contigue, ad esempio gli Stati Uniti con gli Stati Uniti continentali, le Hawaii e l'Alaska che fanno tutti parte dello stesso paese?
Quindi l'ID forma rappresenterebbe il paese e l'ID parte rappresenterebbe solo le aree non contigue?
Grazie per l'aiuto.Ri: Piastra Multiplex MSD da 96 pozzetti con file mappa spotChiedo scusa. Ho fatto un errore. La mappa di un valore di risposta a una forma è fondamentale. Quindi non dovresti usare la funzione parte per ogni punto. Ogni punto dovrebbe avere la sua forma. Allora la mappatura funzionerà.
Ri: Piastra Multiplex MSD da 96 pozzetti con file mappa spotQuindi le forme a cui si fa riferimento nella tabella dati si basano sulla seconda colonna nel file Nome, giusto?Questa è una clip dal mio file Nome:
Martin_0-1590164395266.png
ma quello che ho fatto è aggiungere 10 ID parte aggiuntivi (uno per ogni punto all'interno di ciascuno dei 96 pozzetti) per ogni ID forma nel mio file XY.Quindi, per ogni ID forma nel file XY, ho 11 ID parte (10 per i punti e 1 per il cerchio esterno).Il mio grafico finale è simile a questo:
Martin_1-1590164672420.png
Per utilizzare i singoli spot, invece dei 96 pozzetti esterni, come utilizziamo la combinazione di Well Number e Spot Number?Pensavo che avesse ID parte diversi, ma non riesco a usarli.
Ri: Piastra Multiplex MSD da 96 pozzetti con file mappa spotIl Costruttore di grafici utilizza file di forma per eseguire il rendering dei dati con un'interpretazione geometrica. Le forme sono definite da due tabelle dati JMP (Nome e XY). JMP ha pubblicato le specifiche per il formato richiesto di questi file. JMP viene installato con molte coppie di file di forma per entità geografiche. Ma puoi creare i tuoi file di forma per qualsiasi geometria personalizzata. Devi solo seguire le specifiche e dovrebbe funzionare senza problemi.
Ho utilizzato le specifiche per creare file di forma per piastre standard a 96 pozzetti. La specifica fornisce i mezzi affinché ciascuna forma sia composta da più di una parte. Quindi potresti creare i tuoi file di forma con 10 parti (spot) per forma (pozzo della piastra) per visualizzare i tuoi dati nidificati.
Re: Piastra Multiplex MSD a 96 pozzetti con file di mappatura degli spotDa quanto descritto, sembra che il tuo shapefile sia configurato correttamente con 10 singole parti (spot) per pozzetto, etichettate da 1 a 10, più il pozzetto nel suo complesso etichettato "11" nella colonna ID Parte. Il problema che stai affrontando è che quando assegni "Pozzetto" come Ruolo Mappa, JMP riconosce solo l'intero pozzetto e non i singoli spot al suo interno. Questo accade perché JMP utilizza il valore nel Ruolo Mappa per far corrispondere il valore presente nella colonna Nome del tuo shapefile, non nella colonna ID Parte .
Per visualizzare i singoli spot all'interno di ciascun modello di piastra a 96 pozzetti , è necessario assicurarsi che ogni spot (ovvero ogni parte all'interno di un pozzetto) abbia un identificatore univoco che combini sia le informazioni sul pozzetto che quelle sullo spot in un formato allineato alla tabella dati. Ad esempio, è possibile concatenare la posizione del pozzetto (come A1, B1, ecc.) con il numero dello spot, ad esempio "A1_1", "A1_2", ecc., e utilizzare tale valore combinato sia nella colonna Nome del file shape che nella tabella dati. Quindi, in Graph Builder, è possibile assegnare questo valore combinato come Ruolo Mappa e JMP abbinerà ogni spot singolarmente.
Mi sono imbattuto in una situazione simile con un pannello di citochine, dove dovevo visualizzare l'intensità del segnale per spot su un modello di piastra a 96 pozzetti , e questa strategia di denominazione ha funzionato perfettamente. Se avete bisogno di un punto di partenza visivo o di ispirazione, questo sito offre una varietà di modelli che mi hanno aiutato a ricontrollare la logica del mio layout.
Oggetto: Piastra multi-pozzetto MSD a 96 pozzetti con file di mappa dei puntiIl punto chiave è che il ruolo di mappatura deve fare riferimento al campo che identifica le singole parti della forma, piuttosto che solo al pozzo principale. Poiché il file shape contiene 10 ID di punti più l'ID complessivo del pozzo nella colonna ID parte, la mappatura solo per pozzo tratterà naturalmente l'intera forma a 96 pozzetti come un singolo oggetto.
Consiglierei di mantenere separati gli identificatori del pozzo e del punto nella tabella dati e di creare una chiave di mappatura univoca che combini entrambi i valori, per poi utilizzare la stessa chiave in modo coerente nella definizione della forma e nel ruolo di mappatura. Questo dovrebbe consentire a JMP di distinguere, ad esempio, A01-1 da A01-2, mantenendo A01 come pozzo principale.
Questo tipo di mappatura strutturata delle piastre facilita anche la verifica delle coordinate e dei layout prima dell'importazione in JMP. Un modello di piastra a 96 pozzetti ( https://96wellplatetemplate.com ) può essere utile per controllare la disposizione standard dei pozzetti A-H e 1-12 insieme alla struttura personalizzata dei punti, soprattutto durante la convalida di un layout multiplex.
L'aspetto fondamentale è assicurarsi che il valore utilizzato da Map Role corrisponda all'identificativo della forma individuale, e non solo all'ID della forma che rappresenta i 96 pozzi.
