Multiplex MSD 96-Well-Platte mit Spots-Map-DateiIch habe Ihre Dateien verwendet und eine Kartendatei für MSD 96-Well-Multiplexplatten mit 10 Spots pro Well erstellt. Ich habe die 10 Stellen in der Spalte „Teile-ID“ mit „1“ bis „10“ und den Brunnen als Ganzes mit „11“ bezeichnet. Bei den Shape-IDs handelt es sich immer noch um die 96 Wells mit der LetterNumber-Notation.Das sieht großartig aus, aber wenn ich es verwende und die Kartenrolle spezifiziere, färbe ich nur das gesamte Feld ein, nicht die einzelnen Stellen innerhalb jedes Felds.Wie greife ich in der Map-Rolle auf den Teil-ID-Teil der Formdatei zu?
Danke,
Martin
@Mark_Bailey
Betreff: Multiplex MSD 96-Well-Platte mit Spots-Map-DateiJa, das ist richtig. Es gibt eine Spalte, die denselben Namen verwendet wie die Spalte, die zum Definieren des Namens und der XY-Datei verwendet wird. Sie könnten ein benutzerfreundliches Schema erstellen, das auf Verkettung basiert. Einfach für Sie (Well and Spot), einfach für JMP (Location). Zum Beispiel:
Capture.JPG
Der Standortwert ist also der Name, der in den Namens- und XY-Formdateien verwendet wird. Aber das Schema liegt ganz bei Ihnen. Ich habe versucht, mein ursprüngliches Schema so unkompliziert und einfach wie möglich zu gestalten, da ich beabsichtigte, es in der JMP-Community zu veröffentlichen.
Betreff: Multiplex MSD 96-Well-Platte mit Spots-Map-DateiWenn ich dich verstehe @Mark_Bailey , Jeder meiner 10 Spots in jedem der 96 Wells erhält eine eigene Shape-ID (insgesamt 960). Das bedeutet, dass ich jeder Form in der Namensdatei einen eindeutigen Namen geben muss. Normalerweise haben meine Analysen zwei Spalten: eine für Well, z. B. B5 oder H10, und eine für Spot, z. B. 1 oder 8. Ich denke, ich muss in meiner Analysetabelle eine neue Spalte erstellen, die eine Well/Spot-Kennung verwendet, und ich kann sie mit der zweiten Spalte der Kartennamendatei abgleichen. Ist das korrekt? Oder gibt es eine Möglichkeit, zwei Spalten in der Kartennamendatei zu haben, die Bohrloch und Spot darstellen und in der Kartenrolle in meiner Analysetabelle verwendet werden können?Betreff: Multiplex MSD 96-Well-Platte mit Spots-Map-DateiJa, das ist die Idee. Es gibt jedoch keine nicht zusammenhängenden Bereiche. Die Teile-ID ist immer 1.
Die Form, die einer einzelnen Antwort entspricht, ist ein Punkt im Brunnen. Jede Form hat vermutlich nur einen Teil. Diese Eins-zu-eins-Zuordnung ist dieselbe, die ich für die ursprüngliche Plattenvertiefung verwendet habe.
Betreff: Multiplex MSD 96-Well-Platte mit Spots-Map-DateiOK. Wofür wird dann die Teile-ID verwendet? Nur für nicht zusammenhängende Gebiete, z. B. die USA mit den kontinentalen USA, Hawaii und Alaska, die alle zum selben Land gehören?
Die Form-ID würde also das Land darstellen und die Teile-ID nur die nicht zusammenhängenden Bereiche?
Danke für die Hilfe.Betreff: Multiplex MSD 96-Well-Platte mit Spots-Map-DateiIch entschuldige mich. Ich machte einen Fehler. Die Zuordnung eines Antwortwerts zu einer Form ist entscheidend. Daher sollten Sie die Teilefunktion nicht für jede Stelle verwenden. Jeder Punkt sollte seine eigene Form haben. Dann funktioniert die Zuordnung.
Betreff: Multiplex MSD 96-Well-Platte mit Spots-Map-DateiDie Formen, auf die in Ihrer Datentabelle verwiesen wird, basieren also auf der zweiten Spalte in der Namensdatei, oder?Dies ist ein Clip aus meiner Namensdatei:
Martin_0-1590164395266.png
Aber ich habe für jede Form-ID in meiner XY-Datei 10 zusätzliche Teile-IDs (eine für jeden Punkt in jedem der 96 Wells) hinzugefügt.Für jede Form-ID in der XY-Datei habe ich also 11 Teile-IDs (10 für Punkte und 1 für den äußeren Kreis).Mein endgültiges Diagramm sieht so aus:
Martin_1-1590164672420.png
Wie verwenden wir die Kombination aus Well-Nummer und Spot-Nummer, um die einzelnen Spots anstelle der äußeren 96 Wells zu verwenden?Ich dachte, es hätte unterschiedliche Teile-IDs, aber ich kann sie anscheinend nicht verwenden.
Betreff: Multiplex MSD 96-Well-Platte mit Spots-Map-DateiGraph Builder verwendet Formdateien, um Daten mit einer geometrischen Interpretation darzustellen. Die Formen werden durch zwei JMP-Datentabellen (Name und XY) definiert. JMP hat die Spezifikation für das erforderliche Format dieser Dateien veröffentlicht. JMP wird mit vielen Formdateipaaren für geografische Einheiten installiert. Sie können jedoch Ihre eigenen Formdateien für jede benutzerdefinierte Geometrie erstellen. Sie müssen nur die Spezifikation befolgen und es sollte problemlos funktionieren.
Ich habe die Spezifikation verwendet, um die Formdateien für Standard-96-Well-Platten zu erstellen. Die Spezifikation sieht vor, dass jede Form aus mehr als einem Teil bestehen kann. Sie könnten also Ihre eigenen Formdateien mit 10 Teilen (Punkt) pro Form (Plattenvertiefung) erstellen, um Ihre verschachtelten Daten anzuzeigen.
Betreff: Multiplex MSD 96-Well-Platte mit Spots-Map-DateiNach Ihrer Beschreibung scheint Ihre Shape-Datei korrekt eingerichtet zu sein: 10 einzelne Teile (Spots) pro Brunnen, beschriftet mit 1–10, plus der Brunnen als Ganzes mit der Bezeichnung „11“ in der Spalte „Teile-ID“. Das Problem besteht darin, dass JMP bei der Zuweisung von „Brunnen“ als Kartenrolle nur den gesamten Brunnen erkennt, nicht aber die einzelnen Spots darin. Dies liegt daran, dass JMP den Wert in der Kartenrolle verwendet, um ihn mit dem Wert in der Spalte „Name“ Ihrer Shape-Datei abzugleichen, nicht mit dem in der Spalte „Teile-ID“ .
Um einzelne Spots in jeder 96-Well-Plattenvorlage zu visualisieren, müssen Sie sicherstellen, dass jeder Spot (d. h. jeder Teil innerhalb eines Wells) eine eindeutige Kennung hat, die sowohl die Well- als auch die Spot-Informationen in einem mit Ihrer Datentabelle übereinstimmenden Format kombiniert. Beispielsweise können Sie die Well-Position (z. B. A1, B1 usw.) mit der Spot-Nummer verknüpfen – etwa „A1_1“, „A1_2“ usw. – und diesen kombinierten Wert sowohl in der Spalte „Name“ Ihrer Shape-Datei als auch in Ihrer Datentabelle verwenden. Anschließend können Sie im Graph Builder diesen kombinierten Wert als Kartenrolle zuweisen, und JMP ordnet jeden Spot einzeln zu.
Ich hatte eine ähnliche Situation mit einem Zytokin-Panel, bei dem ich die Signalintensität pro Punkt auf einer 96-Well-Plattenvorlage darstellen musste. Diese Benennungsstrategie funktionierte perfekt. Falls Sie einen visuellen Ausgangspunkt oder Inspiration benötigen, bietet diese Website verschiedene Vorlagen, die mir bei der Überprüfung meiner Layoutlogik geholfen haben.
Betreff: Multiplex MSD 96-Well-Platte mit Spot-Map-DateiEntscheidend ist, dass die Kartenrolle auf das Feld verweist, das die einzelnen Formteile identifiziert, und nicht nur auf das übergeordnete Bohrloch. Da Ihre Shape-Datei 10 Spot-IDs sowie die Gesamtbohrloch-ID in der Spalte „Teil-ID“ enthält, wird die gesamte Form mit 96 Bohrlöchern bei einer reinen Bohrlochzuordnung naturgemäß als ein einzelnes Objekt behandelt.
Ich würde die Bohrloch- und Messstellenkennungen in der Datentabelle getrennt halten und einen eindeutigen Zuordnungsschlüssel erstellen, der beide Werte kombiniert. Diesen Schlüssel würde ich dann konsistent in der Formdefinition und der Zuordnungsrolle verwenden. Dadurch sollte JMP beispielsweise A01-1 von A01-2 unterscheiden können, während A01 als übergeordnetes Bohrloch erhalten bleibt.
Diese Art der strukturierten Plattenzuordnung erleichtert zudem die Überprüfung von Koordinaten und Layouts vor dem Import in JMP. Eine 96-Well-Plattenvorlage ( https://96wellplatetemplate.com ) kann hilfreich sein, um die Standardanordnung der Wells A–H und 1–12 zusammen mit der benutzerdefinierten Spot-Struktur zu überprüfen, insbesondere bei der Validierung eines Multiplex-Layouts.
Wichtig ist, dass der von Map Role verwendete Wert dem einzelnen Shape-Identifikator entspricht und nicht nur der Shape-ID, die die 96 Bohrungen repräsentiert.
